漠南蒙古包括内蒙古与套西蒙古二区。在清军入关之前，内蒙古即已归附清朝，范围包括东起科尔沁、西到鄂尔多斯的地区，一共有二十四部四十九旗。其中科尔沁、郭尔罗斯、杜尔伯特、扎赉特等四部十旗合为哲里木盟，喀喇沁、土默特等二部五旗合为卓索图盟，扎鲁特、巴林、阿鲁科尔沁、克什克腾、翁牛特、喀尔喀、奈曼、敖汉等八部十一旗合为昭乌达盟，乌珠穆沁、浩齐特、阿巴哈纳尔、阿巴噶、苏尼特等五部十旗合为锡林郭勒盟，喀尔喀、茂明安、乌喇特部落等四部六旗合为乌兰察布盟，鄂尔多斯一部七旗为伊克昭盟。这六个盟直属于清朝中央政府的理藩院。各旗设扎萨克，管理全旗的政务。还设置有热河都统，驻防直隶承德府。

在上述六盟之外，又有归化城土默特，由山西绥远城将军统辖。在宣府、大同边外，还有察哈尔八旗，各设总管，隶属于察哈尔都统，驻直隶张家口。

在河套西部的阿拉善厄鲁特旗和额济纳土尔扈特旗，合称为套西二旗，游牧于河套贺兰山以西，各自为部，不设盟（参见《清乌里雅苏台将军辖区、内蒙古与套西蒙古示意图》）。