在兵力不足的情况下，向荣很难从陆上对南京造成威胁，这时候他就想到了从水面发起攻势。

从当初沿江东下，追击太平军起，向荣便饱受缺乏水师之苦，一直计划打造战船，但他出身行伍，除了打仗，所知有限，根本不可能像曾国藩在衡阳时那样办船厂，造战船。

好不容易，朝廷从广东给他调派了五十只“红单船”。

红单船据传是广东顺德人发明的。顺德商人经常到南洋贩货，沿路不仅要经受惊涛骇浪的考验，还得跟穷凶极恶的海盗打交道，为了保护自己，他们就下功夫独立研发和制造船只。因私人造船需报海关批准，给予红单后才可开工，所以这种船只被外界称为“红单船”。

广东的红单船每艘可装2~30门炮，而在鸦片战争中，即便水师提督关天培坐的旗舰，也不过才装了十多门炮。此外，从船只的牢度、速度，到船员发炮的娴熟程度，一应指标都超过了当时的广东水师。更值得一提的是，红单船上的舵工和水手都是父子兄弟，一家人，作战时他们能够做到攻则合力向前，退则你帮我扶，没有通常水师官兵互相推诿溃散的情况。

得到红单船相助，向荣喜出望外，他赶快将红单船部署于南京附近江面，以切断南京与长江上游的联系。

红单船现身后果然不同凡响，尽管杨秀清使用了沿江设置铁链、派水营出击等各种办法，但无一能够奏效——上铁链，铁链被斩断，出水营，水营被击退。

向荣的这一招等于掐住了太平天国的脖子，时间一长，南京就出现了供给不足的情况，城内粮食也开始匮乏起来。趁此机会，向荣将江南大营不断扩展，占领了太平军在雨花台的各座壁垒，以至于在一段时间内，太平军都不敢出城了。

杨秀清再也无法忽视江南大营的存在，他决心从西征战场上抽调重兵，将江南大营予以彻底摧毁。

首批回援的是原在安徽战场的燕王秦日纲，杨秀清交给他的任务是打通南京与镇江之间的通道。镇江位于长江南岸，是南京的东南屏障，一如鸦片战争时，英军欲占南京，必先攻镇江，但此时向荣已将南京与镇江分隔开来。

为应对太平军的反击，向荣与江苏巡抚吉尔杭阿分工，向荣负责率江南大营阻击秦日纲东下，吉尔杭阿负责阻击镇江太平军西进。

秦日纲虽然曾在田家镇败于湘军手下，但他的部队长期在安徽一线鏖战，其战斗力十分强劲。经过一个多月的激烈拼杀，秦日纲终于突破防线，到达镇江，之后他马不停蹄，乘夜渡过长江，猛攻江北大营。

曾经统领江北大营的琦善早已病死在扬州。戎马倥偬的生活、高度紧张的环境，显然对他的健康造成了很大伤害，若是他能在京城或哪个安静一些的地方颐养天年，以爵爷的乐天，当不致如此短寿。

如果琦善还在，江北大营是能抵挡一下的，换成别人，就是另外一回事了。继任的托明阿有过很多次打仗的经历，但仅仅一个照面，他的江北大营便陷于崩溃，扬州也再度被太平军所占领。

江北大营如此软蛋，是向荣此前想不到的，他被迫抽调主力渡江北援，才稍稍稳住了北岸局面。刚把兵派出去，他就又得到了一个令他胆战心惊的消息，第二批西征军来了，从江西战场回援的翼王石达开即将赶到。

石达开的能力和战绩还远在秦日纲之上，向荣急忙再将北岸的主力撤回，以阻击石达开。左支右绌下，他已经完全失了方寸。

秦日纲得以再次南渡镇江，并趁向荣无暇顾及之际，与镇江守军合兵一处，猛攻城外的清军堡垒。

这些堡垒乃吉尔杭阿所设。吉尔杭阿是满洲八旗出身的官员，在任期间曾攻占上海，并击溃了小刀会，此后就一直卖力气围攻镇江。可是对付小刀会是一码事，和太平军作战又是另外一码事，论战斗力，太平军比小刀会那样还具有会党雏形的武装不知高了几个层次。

吉尔杭阿拿镇江不下，便也准备像胡林翼围武昌那样，来个长围久困，这些堡垒就是专门用来遮蔽镇江守军的粮道。

幕僚们劝吉尔杭阿说：“现在太平军攻势如此旺盛，不如暂避其锋，放弃堡垒。”

吉尔杭阿不同意：“太平军紧盯堡垒不放，就是知道堡垒对他们很致命，再坚持一下，说不定守军的粮食就会断绝，镇江就容易攻了。我们围攻了这么多天，不可轻易放弃。”

说罢，吉尔杭阿便率部进入了堡垒。

吉尔杭阿说得当然有道理，可问题是对镇江长围久困的条件早就不具备了。不光秦日纲已经屡进屡出，镇江还能从北岸的扬州获得粮食，在这种情况下，岂是你能困得住的？

秦日纲随即反过来将堡垒紧紧包围。吉尔杭阿激战五昼夜，亲自挥旗指挥，最后中炮而亡。堡垒守将要带着他的尸体冲出去，然而根本冲不出去，随之也血战而亡。

吉尔杭阿的一位八旗副都统侥幸突围，出来后痛哭着说：“我很早起就跟随吉公（指吉尔杭阿）从军作战，现在他死了，连尸体也找不到，我怎么能一个人继续苟活下去呢。”随即投江自杀。