1856年9月1日，韦昌辉从江西赶回。他的到来，显然出乎杨秀清意料之外：你打了败仗，我正要打你屁股呢，你还敢自己冒出来？

杨秀清不让开门，要韦昌辉打了胜仗再来见他。韦昌辉只好拉下脸来再三恳求，好说歹说杨秀清才松口放行。

这时候的杨秀清无论如何不会想到韦昌辉要来杀他。在一本清末笔记中，虽然也记载守军最初不让韦昌辉进城，但上面说韦昌辉是以“奉东王密书”为借口混进城的。

这种说法经不起推敲之处在于，天京曾被江南大营围困多年，城防应该极其严密，加上太平军本身军纪严明，如果负责守城的杨秀清不答应或不知晓，很难相信韦昌辉可以靠编谎话过关，况且要是“东王密书”被当场拆穿，韦昌辉就无异于是搬起石头砸了自个儿的脚了。

同样是根据这本清末笔记的记述，韦昌辉进城后立刻对东王府发起攻击，最后把躲在水阁下面的杨秀清给生生地拖了出来。

且不论杨秀清身经百战，临场表现是否真的会这么㞞，只说韦昌辉攻击东王府，天京守军特别是遍布全城的所谓“东党”（杨秀清的亲信）不可能等闲视之，一定会群起援救。此类僵持战若打下去，未必对韦昌辉和秦日纲有利。

事实是，虽然进了天京城，但韦昌辉也并不能马上拿杨秀清怎样，尽管他要这么干的心情十分迫切。

在韦昌辉之前，近在江苏战场的秦日纲已经入了城。此君能被洪秀全列入勤王名单，除了也曾受过杨秀清的打骂外，肯听话，让他干什么就干什么是重要原因，但也正因为他没什么政治头脑，所以洪秀全又不太放心，不敢完全赋以重任。

洪秀全看中的还是韦昌辉，只有这个长期接触官场厚黑面的小文人型将领，才足以完成使命。

韦昌辉先去天王府拜见洪秀全。这是按照规矩来，前线将领回天京莫不如此，杨秀清并不起疑。

当着众人的面，洪秀全将韦昌辉假模假式地大骂了一通，让他赶紧到东王府去向杨秀清请罪，私下里却交给韦昌辉一条他早就想好的计策。

韦昌辉按计而行。在见到杨秀清时，先不说战败的事，而是道喜，祝贺东王成为“万岁”。

洪秀全可说是摸准了杨秀清的脉络。东王本来憋着劲要给韦昌辉一顿板子，但“万岁”正是他的痒处，巴不得别人提起和拥护，何况是韦昌辉这样重量级的王侯。

杨秀清立刻转怒为喜，还留韦昌辉吃饭。席间一个得意忘形，毫无芥蒂，一个正中下怀，居心叵测，喝酒的效果自然大为不同，到酒饭上到一半时，杨秀清已然完全解除了戒备。

见时机已到，韦昌辉出其不意地拔出佩刀，使足力气一刀刺穿了杨秀清的心脏。

杀死杨秀清后，韦昌辉又威吓住惊慌失措并正要上前围攻的王府侍卫：“东王谋反，我受天王之命将其诛杀。”

随即出示洪秀全的密诏。众人一看，果然是天王的旨意，便再也不敢乱说乱动了。

接着，韦昌辉又和秦日纲一起，关闭城门，对“东党”进行全城大搜杀。在“东党”眼里，韦昌辉和秦日纲带来的人马就是“北党”，双方一场混战，“东党”因失去了杨秀清这个主心骨，又缺乏防备，所以在交战中不是“北党”的对手，非亡即逃。

当时的天京城里，还住着一些外国人。第二天拂晓，当他们出门时，发现街上到处都是尸体，其中大部分为杨秀清的部下亲信，甚至是仆役和随从。

“东党”虽然被杀得四散，但其中很多人还是得以逃脱并藏匿起来。不久，他们得到消息，洪秀全只想除去杨秀清一人，因此责怪韦昌辉等人过度滥杀，已下令每人杖责五百，且在天王府公开受刑。与此同时，天王还邀请“东党”前来参观，以示不再殃及他人。

洪秀全的这番话其实正是“东党”们想听到的。杨秀清谋反不管真假，总是他个人的事，而且就这么成天躲躲藏藏也不是个办法，既然天王亲自相召并豁免，岂有不去之理。

去了一看，果然一干人等都被按在天王府的大厅外面，马上板子就要敲下去了。大家放了心，按照规定，把武器放在门外，一批批地在大厅里面落座，准备观看行刑。

他们不知道，即将被行刑的正是他们自己。