太祖即位后，大封功臣，授刘基开国翊运守正文臣、资善大夫、上护军，加封诚意伯。其地位尊崇。

一夜，刘基梦见自己回到老家，骑马上山游玩。一路兴致盎然，不觉天色已暗，于是赶紧拍马回家。回到自家祖屋，却怎么也找不到大门。刘基骑马在屋子周围来回绕了九圈，也没见到门，甚至连窗户也没有。刘基急出一头大汗，抬手用袖子来擦，却突然发现自家屋旁不知何时多了许多松柏。

第二天一早，刘基便把精通占梦的沈天佐喊来，把昨天的梦说了一遍。沈天佐听罢，思考片刻，突然跪倒在地，说：“师父，怕是有祸啊！人上山，本来应为吉兆，是地位财势上升显达的象征。但师父梦中上山却是骑马。马者，火也；火者，祸也。既为祸事，那人上山，便是一个凶字；房屋没门没窗，那岂是人住之地？更像是阴宅；松柏也是墓地树木。恐怕师父有杀身之祸啊！”

刘基听罢，点点头，说：“咱们爷俩想的一样啊。皇上铁腕治国，杀人过滥，我屡次劝阻，怕是早已令其不满，祸事可能要起于此。”

又说：“我的祸福倒是其次，但以我现在的位置，有祸肯定就不是一人之祸，怕是要牵连你们和我家中老小。早做打算吧。你把他们都叫来。”

众弟子都是阴阳门中人，都明白这梦非同小可，大家随刘基出生入死，心中难过异常，都伏地痛哭。刘基反倒镇定，嘱咐众门徒悄悄分头离开南京城，从此隐名埋姓，自己则向皇上上书请辞。洪武四年，朱元璋赐刘基归老于乡。

刘基回乡后，整日下棋喝酒，从不提自己当年的功绩。他事事谨慎，甚至对老家青田当地一个小小的知县都恭敬异常。即便如此，刘基仍没有逃脱梦中的凶兆。洪武六年，刘基的死敌胡惟庸担任丞相。胡惟庸这人心胸狭隘、有仇必报。他操纵言官诬陷刘基，说他在老家占了一块地，准备用作自己的墓地，而这块地是谈洋地。所谓“谈洋地，有王气”，乃是龙穴所在。联想到刘基在阴阳学方面的造诣，太祖皇帝深信不疑，于是下旨搋夺刘基的俸禄和伯爵封号，并召他入京解释。可怜刘基旅途劳顿，一入南京便病倒了。太祖派胡惟庸前来查探虚实，胡惟庸带了御医给刘基看病，并当场煮了汤药让刘基服用。刘基害怕有毒，本来不想服用，但考虑自己是戴罪之人，若硬是抗拒，反倒会促使胡惟庸快下杀手，只好硬着头皮喝了。

过了一段时间，太祖朱元璋突然下令让刘基回乡，并派亲兵护送。刘基回家后，没有一年便去世了，死时腹部有一异物，比石块还硬，比拳头还大。刘基终年六十五岁，那一年是洪武九年。得知师父死讯，沈天佐这才明白刘基当年梦中骑马绕房九圈的意思。