洪武十五年，马皇后崩，谥号“孝慈”，葬于孝陵。

洪武三十一年，朱元璋崩，启用孝陵地宫与马皇后合葬。

建文元年，燕王朱棣反。

朱棣身边有个高僧，叫姚广孝，法号道衍，人称“黑衣宰相”。他通晓儒、道、佛诸家之学，精于阴阳术数，是燕王身边第一谋士。鄱阳湖一战的实情他十分清楚，对刘基身边这帮能人异士当年的赫赫战绩也有所耳闻。他深知这些人的厉害，如果他们能为燕王所用，那真是如虎添翼。朱棣听从姚广孝的建议，命姚广孝秘密搜罗这些世外高人。

太祖在位时，刘基的徒弟们遵照师父安排，四散躲避，惴惴不可终日。今有燕王之请，是一次大好机会，包括沈天佐、杨泰亨在内的一干人均加入了朱棣的部队。

旧日兄弟终于得以见面，多年压抑一扫而空，沈天佐甚是欢喜。因为姚广孝的灌输，朱棣非常重视这些异能之士，都给予极高待遇。众人誓死追随燕王，在许多不为人知的战斗中，立下奇功。

永乐元年，朱棣于奉天殿举行登基大典。

朱棣在二十二卫亲军之外，加设孝陵卫。大营位于紫金山之南，孝陵陵门东南侧，人迹罕至。孝陵卫名义上是护卫太祖皇帝的孝陵，实则是把阴阳术士编制成军，成立的一支秘密神鬼部队。卫内设指挥使一人，下设五个千户所，各有千户一名。一所名为“堪舆”，主风水之事；二所名为“摄魂”，主控人心智；三所名为“鬼行”，主役鬼、镇鬼；四所名为“精怪”，主调教精怪；五所名为“尸魅”，主操持死尸。五所分门别类，各司其职，尽揽天下精英。

孝陵卫对外号称一万人，其实只有三百多人。兵部并不知情，仍按一万人的饷额拨款。非但如此，每年皇帝还从私家内库中拨出银两来补贴，平时各种赏赐更是多多。孝陵卫待遇之优厚，远超其他卫所，就是名震天下的锦衣卫也难望其项背。跟锦衣卫一样，孝陵卫也着飞鱼服，配绣春刀。但这飞鱼服并未绣有飞鱼，而是通体黑色，材料是用蛊毒喂出的黑蚕所吐的黑丝。这种黑丝织成的衣服，利刃割不破，明火点不着；加之黑蚕寿命短暂，产量极小，所以这种黑丝极其贵重。锦衣卫的绣春刀是按品级配发，职位越高，绣春刀的钢质越纯；而孝陵卫所配绣春刀无论品级都与指挥使的一样，步战马战皆可使用，一刀砍过，足可以斩下整只马头。

孝陵卫不受任何部门节制，只执行皇帝的手书密诏。第一任指挥使由姚广孝兼领，五个千户分别为：堪舆沈天佐、摄魂陆彪、鬼行郭岳、精怪杨泰亨、尸魅夸巴烈。这五人中，郭岳是郭岳的女儿，她和沈天佐、杨泰亨都算是刘基的门人；陆彪是道家居士，此人不仅身负摄魂绝学，道法也很是了得；夸巴烈生在苗族蛊术世家，他苗姓夸巴，单名一个烈字。此人一身怪术，黑白巫术皆通，尤其擅长尸魅术。

永乐年间，许多大事中，都有孝陵卫的影子：

迁都北京，是由孝陵卫事先秘密勘察，统筹了整个新都城的风水。

郑和下西洋寻找建文帝，孝陵卫的船只也在其中。

御驾亲征蒙古，也有孝陵卫随行。

同时，孝陵卫还兼顾着侦查、暗杀、控制当朝重臣，毁灭天下龙脉，处理天下神鬼奇案等多种任务。

永乐十六年，姚广孝去世，按他遗嘱，沈天佐继任指挥使。从此，历届孝陵卫指挥使都由五个千户中资历最深、威望最高者担任。