第一次金川之战受惠最大的是岳钟琪，他不仅重新获得了三等公爵封号，还得到“威信”的赐号，获得兵部尚书头衔。在雍正朝，岳钟琪因为作战失利，罚款七十万两银子，乾隆全部免掉。

莎罗奔年老后，他的侄子朗卡接替了他的位子，朗卡跟他叔叔是一个性格——也许这就是朗卡得以继承叔叔衣钵的原因。朗卡是一个野心勃勃，进攻性特别强的人，他屡次攻击和劫掠其他土司。

乾隆三十一年，四川总督阿尔泰为了调解各个土司之间的关系，居然出面让朗卡的女儿嫁给泽旺的儿子僧格桑。阿尔泰没有料到的是，自己好心办了坏事。阿尔泰本来的目的是让各个土司和平共处，防止一方坐大。没想到大小金川的土司联姻之后，居然合起来欺负其他的土司。就这样，大小金川的土司连番掠夺其他土司。

乾隆三十五年，朗卡病故，他的儿子索诺木继承职位，而此时小金川的泽旺也因年老将土司事务交给儿子僧格桑。

乾隆三十六年，索诺木和僧格桑相互勾结，攻打革布什咱，杀害了土司色楞敦多布，接着进攻沃克什和明正两个土司。阿尔泰奉命派兵镇压，其办事非常拖沓，就像他肥胖的身体一样，办事效率相当低。乾隆实在受不了他，免掉其职务，让云贵总督德福接替他处理四川事务。

然而，德福来到以后，比阿尔泰还不如。阿尔泰好歹是准备办事的，但德福却上奏说，这地方环境怎么怎么糟糕，我军在这里如何不适应，还说土民虽然刁钻，但是没有妄念。乾隆看了，非常生气，仍命阿尔泰署理四川总督。可惜，人的毛病是很难改的，阿尔泰归位之后，还是非常拖沓，经常找各种理由推迟用兵，估计是不敢打，毕竟张广泗、讷亲的前车之鉴还不远。不打的话最多是降职和丢官，如果打的话可能就是丢命了。

乾隆很失望，也只能失望，总不能把他斩了吧！只好革掉他大学士和总督的职位。

随后，乾隆让大学士温福和户部侍郎桂林前去四川。为了平定金川，乾隆可以说出手非常大方，他从陕甘调兵一万七千，从贵州调兵八千，再加上四川的兵力，总共有六万两千五百多人。至于拨款就更庞大了，合计两千九百万两白银，乾隆甚至说，只要荡除贼寇，就是再多花一千万两，朕也没有怨言。当时清朝的库银也不过八千多万两，乾隆一出手这么豪放，让人震惊。

到达四川后，温福和桂林拟订了作战计划，温福率军从汶川出发，桂林领军从打箭炉出发。温福和桂林还算给力，先后攻破巴朗拉和穆巴宗堡寨，接着直逼小金川。僧格桑仗着地势险要，极力坚守抗拒。清军经过两个多月的狂轰滥炸才打开小金川的门户。不久，温福攻克了阿喀木雅，乾隆三十六年十月，桂林攻破五座碉堡，二十多座石卡。乾隆三十七年三月到四月，桂林战果更加辉煌，一路击破，直逼小金川的咽喉僧格宗。

看到前方捷报频传，乾隆非常高兴，夸奖前方将领，让他们尽快捉拿贼首。可惜好景不长，就在大家高兴之时，前方忽然传来战败的消息。桂林部将薛琮带领三千人在墨垄沟被小金川军队围住，薛琮向桂林求援，桂林却没有营救，导致薛琮全军覆没，仅有两百人泅水逃回。

乾隆一气之下，解除桂林的职务，调任阿桂接替他。此后，清军又取得了一些胜利。然而在乾隆三十八年，清军却遭遇了一次惨败，主帅温福阵亡。温福阵亡后，乾隆任命阿桂为定西将军，全权负责剿匪事务。为了确保阿桂能赢得战争的胜利，乾隆向前线派送了大量的军饷、弹药和援兵。阿桂是一个身经百战的优秀将领，手下有一大批猛将，如海兰察、明亮、福康安、丰绅额。在阿桂的指挥下，清军很快攻克了小金川，随后以雷霆万钧之势攻向大金川。中途，僧格桑病死，索诺木献出僧格桑的头颅向阿桂乞降，阿桂不理他，继续进攻。

乾隆四十一年二月，索诺木自知山穷水尽，捧着印信，带着全家和部众两千多人到清军大营投降。第二次金川之战就此画上了句号。这场战争历时五年，耗资七千多万两白银，调兵十多万，终于结束了，百姓可以喘一口气了。

战争结束后，乾隆为了永绝后患，废除了金川的土司制度，设置流官，加强对金川的控制。从此以后，金川就变成帝国的直接辖区。如果要给乾隆这次武功打分的话，可以打五分，虽然代价很大，但毕竟解决了国家内部的分裂和割据问题，将整个国家纳为一个有机的整体，也将金川人民从水深火热中解救出来。