9月21日，慈禧正式对光绪下手了。慈禧以光绪的名义发布了一道谕旨，称皇帝生病不能理政，自己将再度临朝训政。

接着，从宫里就传来消息，光绪被囚禁在中南海瀛台，慈禧当着文武大臣的面说道：“工部候补主事康有为结党营私，胡言乱政，立即革职。即刻派人缉拿康有为和他弟弟康广仁，交由刑部治罪。”

听到光绪被囚禁，康有为和梁启超在第一时间逃到海外。

9月23日，光绪带着文武大臣在勤政殿贺喜慈禧训政，慈禧在大殿上反复质问光绪，康有为所说的“围园捕后”究竟是怎么回事。光绪不敢如实回答，只好说是维新派不懂事，胡乱说的。慈禧很愤怒，下令将张荫桓、徐致靖、杨锐、杨深秀、林旭、谭嗣同、刘光第等人革职，交由刑部审讯。

谭嗣同听说自己被捕，非常淡定，当时很多人让他赶快出逃，他却镇定地说：“每个国家变法都会流血，不流血怎么可能变法成功呢？现在中国要变法，又没人愿意流血，这就是为什么我们变法失败的原因。这第一滴血就从我谭嗣同身上开始吧！”

9月28日，慈禧下令将谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭、杨深秀、康广仁六人斩首示众。

在狱中，谭嗣同写下了一首流芳百世的绝命诗：

望门投止思张俭，忍死须臾待杜根；

我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。

戊戌六君子都是爱国志士，行刑时神色坦然，面无惧色。围观的人为他们洒泪，他们却意气高昂，深信自己的鲜血会唤起沉睡的国人。

此后，政权完全掌握在慈禧的手中，光绪的政治前途完全毁掉。慈禧撤去那道帘子，跟光绪一并坐在大殿上临朝。大臣上奏时，光绪不准说话，除非慈禧示意他说话。退朝之后，自有人送光绪到瀛台，这个可怜的皇帝一天二十四小时都处在严密的监视中。

至此，光绪已经完全变成了一个木偶，有事的时候慈禧会让他出来撑个台面，以示皇帝一切都好，无事的时候就回到瀛台。

慈禧本来也准备收拾袁世凯的，后来袁世凯的顶头上司荣禄为他求情，说现在国家正是用人之际，袁世凯是个不可多得的人才，还是让他戴罪立功吧！

慈禧一听，也好，反正现在没有人可以动摇自己的权威了。