1904年，在征得朝廷同意后，袁世凯开始了扩军计划。他先在山东、河南、安徽招募了几千壮丁，练就了一镇的兵马。后来，袁世凯又盯上了张之洞的自强军，通过各种手段将自己之前的武卫右军一部分人马和张之洞的自强军合编为一镇，并接管军事领导权。

至此，北洋军已有六镇的兵马。袁世凯很清楚，这点兵力跟西方列强相比仍然不值一提，所以他不断派遣留学生到国外去学习西方先进的军事科学技术。

1906年，袁世凯在保定成立了陆军军官学堂，后来的民国“总统”蒋介石就是毕业于这个学堂，由此可见这个学堂对于近代中国军事的影响力。

袁世凯不满足于北洋新军的称号，请求朝廷将自己的六镇兵马改名为陆军一镇、二镇、三镇、四镇、五镇、六镇。为了向全国人民展示自己军队的战斗力，袁世凯决定找个时间来演习，演习取得了空前的成功，国内外很多军事家都在一旁观看，纷纷夸奖陆军六个镇的战斗力。

这次演习让袁世凯名声大噪，成为了国际军事界明星。随之而来的是军队的扩大，他的军队很快就扩展到九万人。由于这些军队很像是袁世凯的私人卫队，所以引起了朝中一些守旧派的不满，很多人向慈禧进言，说袁世凯已经威胁到大清的江山，最好是除掉。

不过，当时朝中第二把手奕劻是袁世凯的好友，他早已被袁世凯买通，所以使劲为袁世凯说好话。一时半会儿，袁世凯倒也没有什么危险。

袁世凯是个聪明人，他知道慈禧对自己的崛起是很不放心的，他很想知道慈禧的态度，但是怎样才能知道呢？最好的办法就是通过慈禧身边的太监来了解，李莲英是慈禧最信任的太监，袁世凯首先想到贿赂李莲英。不过，李莲英权倾天下，跟慈禧的关系太近了，一个不慎，可能就会好心办坏事。

所以，袁世凯把收买对象重点锁定在马宾廷的身上，马宾廷也是一个太监，地位比李莲英要低很多，跟慈禧的关系不是特别近，但是也能跟慈禧说上一些话儿。为了笼络住马宾廷，袁世凯甚至和这个太监做拜把子兄弟。由此可见，袁世凯这人做人做事真是无所不用其极。

袁世凯毕竟是一个能力很强的人，慈禧就算怀疑他，也不敢拿他怎么样。再说了，袁世凯处处小心，也算是个识时务的人吧！就这样，袁世凯做了五年安稳的总督。

1906年，社会又开始动荡起来，以孙中山为首的革命党人宣传“驱除鞑虏”的思想在全国各地得到响应，同时西方的君主立宪思潮开始涌入中国，越来越多的有识之士对君主专制感到不满。

排满潮流的出现引发了满族贵胄的恐惧感，袁世凯是当时最有势力的一个汉人，他们很担心袁世凯最后会成为端掉清朝的那个人。而且，袁世凯也是主张君主立宪的，他曾上书实行君主立宪制和责任内阁制，还要求清廷撤销军机处。

袁世凯的做法引起了慈禧的反弹，君主立宪制想也别想，撤销军机处也不可能。慈禧不仅没有按照袁世凯的要求去做，还将兵部改为陆军部，任命铁良担任陆军部尚书，此举等于是用铁良来限制袁世凯的权力。

很多传统保守的汉人官僚也对袁世凯很不满，最典型的莫过于军机大臣瞿鸿机。瞿鸿机是一个非常传统的士大夫，他是一个清官，信奉忠君爱国的思想。袁世凯想要拉拢他，几次给他送上厚礼，都被他拒绝。

除了瞿鸿机之外，朝中还有很多大臣指责袁世凯位高权重，已对君权构成威胁。

袁世凯看到自己终于引起了清廷的不满，也算是识时务，主动请求朝廷撤去自己身上八个兼差，还请求清廷收回自己陆军一镇、三镇、五镇和六镇的兵权。袁世凯这么做本是以退为进，希望慈禧信任自己的忠心，并继续让自己掌握兵权。他万万没有想到，慈禧居然连客套话都没说，直接接受了他的“请求”。

就这样，袁世凯一下子就失势了，不过他根基深厚，随时都有可能东山再起。