大顺军败回北京以后，李自成曾经考虑过据守北京，二十七、二十八两日采取了备战措施，责令军民火速拆除城外羊马墙及护城河旁房屋。但是，经过斟酌，大顺军领导人终于决定放弃北京，主动西撤。这是因为大顺军在北京地区不可能集中一支足以固守待援的兵力，跟踪而来的清军一旦围城，大顺政权的领导人物和败回兵将就可能成为瓮中之鳖；加上城内居民亲眼看到大顺军败阵而回的狼狈情况，讹言四起，潜在的敌对势力也待衅而动。在这种形势下，李自成断然决定二十九日在北京举行即位典礼后，立即率部西撤。离京前“分付阖城人民，俱各出城避难”，同时下令放火焚毁明代宫殿和各门城楼。大顺军撤退时，“城中扶老携幼西奔者络绎不绝”，一些明朝降官如龚鼎孳、涂必泓等人也自动随军西行。这说明大顺政权在当时仍有相当威望，城中官民对此后局势的变化尚难逆料。

清军在山海关地区作了短暂的休整，即向北京进发。四月三十日晚上，多尔衮在蓟县获悉大顺军已经撤离北京，命令多铎、阿济格和吴三桂等带领精兵火速追击，目的是进一步重创大顺军，尽量截留被大顺军运走的金银财物。他自己率领部分兵力于五月初二日由朝阳门进入北京。当时北京城里的官绅士民并不清楚吴三桂已经投降清朝等情况，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位，因此准备了皇帝的卤簿法驾出城迎接。没想到昂然而来的是清摄政王多尔衮，许多人大吃一惊偷偷溜走，少数官僚则将错就错地把多尔衮迎入劫后仅存的武英殿，拜倒在爱新觉罗皇室脚下。

五月初八日，清军在庆都（今河北省望都县）城东追上大顺军。李自成命蕲侯谷英率兵阻击，被清军击败，谷英阵亡。接着，清军又在真定（今河北省正定县）再次获胜。大顺军在畿辅已无法立足，经井陉退入山西，留精兵扼守固关。追击的清军于五月十二日返回北京。

京师的再次易手，在明朝官绅中又一次造成重大的影响。大顺军进京时绝大部分明朝官绅都报名请用，清兵占领北京后相当一批汉族官绅出于民族隔阂不愿出仕清朝，纷纷南下。杨士聪在一封信中就说：“弟联䑸南来缙绅不下百余人”；“昨闻泛海诸臣，漂没者七十余艘。乐哉诸臣，幸得免于一留再留”，其他先后南窜的官员为数当更多。顺治元年七月清吏部左侍郎沈惟炳在奏疏中写道：“大清入来，规模宏大，安民和众，恩已著矣。而京官南去不返，似怀避地之心；高人决志林藏，似多避世之举。见在列署落落晨星，何以集事而襄泰运哉。”他建议“急行征聘，先收人望”，“此兴朝第一急务也”。在争取汉族缙绅势力上，清廷显然技高一筹。大顺政权的追赃助饷，随后建立的南明弘光政权又以从逆的罪名追究南逃官绅曾经投降“闯贼”而大兴“顺案”，都使相当一部分官绅大失所望，另寻出路。多尔衮进京初期比较谨慎，遇事多听从范文程、洪承畴等汉族官僚的建议。为了取得汉族官绅地主的支持，他以为明帝复仇讨贼相标榜，进京后的第三天就下令：“官民人等为崇祯帝服丧三日，以展舆情。著礼部、太常寺备帝礼具葬。”鉴于明朝后期党争激烈，在京的明朝官僚绝大多数又投降过大顺政权，多尔衮不失时机地广为招徕，入京之初就“大张榜示，与诸朝绅荡涤前秽”。“令在京内阁、六部、都察院等衙门官员，俱以原官同满官一体办事”。不久又进一步明确宣布：“凡文武官员军民人等，不论原属流贼，或为流贼逼勒投降者，若能归服我朝，仍准录用。”这就是说不管是东林一复社党人还是魏忠贤阉党，是明朝官员还是大顺政权官员，只要归附清朝就官复原职，甚至加官晋级。其中突出的例子如涿州（今河北涿县）人冯铨在天启年间依附魏忠贤，爬到大学士，崇祯初革职为民，多尔衮入京后即以书征至，委任为内院大学士，而且因为他熟悉朝廷典故排名第一，位列范文程、刚林、祁充格、宁完我之前。冯铨受宠若惊，请求将名次移后，多尔衮说：“国家尊贤敬客，卿其勿让。”陈名夏在大顺军进京后曾报名任职，清军入关他逃回南方，却被南明弘光朝廷视为“从贼逆臣”，要捉拿归案，他走投无路被迫重返北京投靠清廷，历任显官，一直做到大学士。顺治初年，清吏部向朝廷请示：周伯达在明朝任陕西关西道，在大顺政权中任甘肃节度使；刘达原为明朝临汾知县，大顺时期任巡按河南直指使，究竟应按明朝官级还是按大顺官级授职？清廷决定按大顺所授较高官职录用。陈之龙在明朝为监军道，大顺政权委任为宁夏节度使，降清后仍任巡抚。黄尔性在崇祯末年任明朝汉中府通判，大顺政权授职“道员”（防御使），降清后被英亲王阿济格委任为宁夏巡抚；富平县举人赵兆麟归附大顺政权后，仕至神木道（即神木防御使），降清后也由阿济格委任为郧阳抚院。顺治三年正月，清廷吏部建议把他们降为道级官员，摄政王多尔衮裁决仍以“都堂”（即巡抚）任用。多尔衮还经常命降清的汉族官员荐举人才，形成门生旧友相率入朝的局面。自从明朝中叶以来，缙绅势力迅速膨胀，成为各地举足轻重的社会力量。多尔衮采取大包大揽、求“贤”若渴的方针，就奠定清朝统治而言是最成功的一着。1645年（清顺治二年、明弘光元年）正月，吏科都给事中朱徽在一份奏疏中说：“去岁五、六月间，人心粗定，引避者多，寮署一空，班行落寞。及摄政殿下宽仁好善之意，播于远迩，暨圣主膺篆御图以后（指上年十月清帝爱新觉罗·福临在北京即位），瑞叶天人，然后东西响应，多士云集，乃有今日，岂易易哉。”这段话颇能说明清廷为争取汉族官绅的支持确实煞费功夫，效果也是很明显的。

在经济上，清廷也实行维护官绅地主利益的政策，宣布凡被起义农民夺去的田产一律“归还本主”。甚至连“前朝勋戚赐田、己业，俱备照旧”。同时规定各地征收田赋一律按万历年间册籍，停征崇祯时期加征的辽饷、剿饷和练饷。对于明朝世代受匠籍制度束缚的手工业工人也全部放免，取消他们对封建官府的人身依附关系。1645年（顺治二年）五月下诏：“免山东章邱、济阳二县京班匠价。并令各省俱除匠籍为民。”对明朝早已失去军事职能的卫所制度也着手改革，把卫所军士改为屯丁，遇有缺额“永不勾补”。这些措施反映了清廷统治者鉴于明朝不顾人民死活横征暴敛终于导致自身覆亡，有意于减轻百姓负担的愿望。尽管清初社会生产大面积破坏，加以频繁用兵，军需孔急，朝廷颁布的“恩诏”很大程度上口惠而实不至。如时人谈迁记载：“都人谣曰：恩诏纷纷下，差官滚滚来。朝廷无一事，黄纸骗人财。”说明顺治年间和康熙初期的宣布减免赋税并没有多大实际意义，甚至由于奉差官员的敲诈勒索反而加重了人民的困苦。但是，这些政策具有长期性质，对于稳定人心，使流离失所的人口同抛荒的土地逐步重新结合起来，无疑有积极作用，为尔后社会生产的恢复和发展创造了比较有利的条件。

多尔衮刚进关时曾经严令沿途军民一律剃发结辫，遵从满俗。入京后又命令京师官民为崇祯帝吊孝三日后即剃发改制。这一举措立即引起汉族各阶层居民的强烈反感。当时在北京的朝鲜使臣回国后评论道：“入关之初，严禁杀掠，故中原人士无不悦服。及有剃头之举，民皆愤怒。或见我人泣而言曰：‘我以何罪独为此剃头乎’；如此等事，虽似决断，非收拾人心之道也。”由于清廷立脚未稳，朝廷内新归附的汉官非议甚多，在野的更惊畏不至，多尔衮不得不暂时收敛，五月二十四日谕兵部道：“予前因归顺之民无所分别，故令其剃发以别顺逆。今闻甚拂民愿，反非予以文教定民之本心矣。自兹以后，天下臣民照旧束发，悉从其便。”同年七月，又规定“近简用各官，姑依明式速制本品冠服，以便莅事”。

清廷占领北京初期采取的措施，在相当程度上改变了汉族居民记忆犹新的清军三次深入内地屠杀掳掠的残暴形象，特别是对汉族文武官绅招徕有方，不仅使自己迅速在畿辅以及附近地区站稳了脚根，也为此后征服全国奠定了基础。