大顺军在山海关战役中失败的消息传开以后，原大顺政权管辖区内的明朝官绅认为时机已到，迅速纠集兵力发动叛乱，推翻当地的大顺政权。这些发动和参与叛乱的官绅绝大部分是以明朝为正统的，他们对山海关战役和清军入京的情况并不大了解，有的只知道大顺军被吴三桂部杀败；有的虽然知道清军入关，也以为只是吴三桂借用清方兵力。因此，他们打的旗帜大抵是“擒贼复明”。

四月二十七日，山东德州乡绅明朝御史卢世㴶、赵继鼎、主事程先贞、大学士谢升之弟生员谢陛发动叛乱，推举逃难到该地的明宗室庆藩奉国中尉、香河知县朱帅为盟主，假称济王，号召远近。山东和北直隶的许多地方官绅群起响应，不到一个月就占领了山东省德州、省会济南府、东昌府、青州府、临清州、武定州、高唐州、滨州、海丰、蒲台、沾化、莱芜、陵县、乐陵、利津、济阳、商河、齐东、乐安、朝城、恩县、平原、德平、临邑、禹城、阳信、武城、宁津；北直隶的河间府（包括河间、任丘、肃宁、兴济、阜城等八州县）、大名府、景州、冀州、沧州、吴桥、故城、武邑、交河、献县、武强、东光、饶阳、衡水、清河、曲周等，共四十三个州县。朱帅在明朝宗室内的地位很低，只是由于原封在山东境内的鲁王、德王、衡王不是南逃就是被大顺军俘获，找不到合适人选，竟被推为“济王”作为复明的号召。朱帅发布的檄文中说：“不佞派居天裔，义切君亲，适税驾于德城，快凶流之正罪，谬当推戴，统众专征。……闻吾君犹存六尺之孤，况寰宇不止一成之藉。史司马（指明南京兵部尚书史可法）整旅江南，旌斾夹舳舻并进；吴总戎（指吴三桂）扬旍塞北，清兵挟汉将齐驱，屡有捷音，多方响应。知匡复之不远，识中兴之有期。……於戏，新市、平林究扫除于汉祖，思明、庆绪畴摇夺夫唐基，繇来滔天之恶必亡，伊我列祖之灵未坠。共成义举，早睹昌时。”可见山东和河北南部的汉族官绅反叛大顺，是以“中兴”明朝为宗旨的。尽管朱帅为代表的山东、畿南官绅对大顺政权极为仇视，他们的意图是要恢复明朝，在明室“天位未定”之际权宜设官置吏，以待“匡复”。清朝官员后来说他“假济王聚众，欲称尊号”，“徧授乡绅以侍郎、卿、寺之名”；指责朱帅想自称尊号是他入清以后的政敌诬罔之辞，但他确实曾经以“济王”的名义任命了一批不伦不类的官员，现存第一档案馆就有“山东济王府兵部主事臣张吕韬”于七月十三日给清廷的奏本。朱帅檄文里明说“闻吾君犹存六尺之孤”，又特别提到“史司马整旅江南”，他自己只是“统众专征”，并没有用监国以上的名义，这些都说明朱帅和他的拥戴者仅限于为即将继统的明朝新君从大顺政权手中“收复失地”而已。

大顺军撤入山西以后，清军停止了追击，返回北京休息整顿，大约有一个月时间没有采取军事行动，所占地方不过是京师附近一带。李自成又一次犯了战略性的重大错误。他不是坐镇太原，火速从陕西等地调集军队入晋，加强山西防务；相反，却同刘宗敏等高级文官武将率领主力继续西撤，于六月初渡过黄河，返回西安。尽管他在固关留下了大将马重禧；在大同、阳和留下了制将军张天琳；在晋东南长治地区留下了大将刘忠；路过省会太原时留下明朝降将陈永福守御，“且授以坚壁清野之计”；在晋西北保德地区留下了降将唐通；晋南临汾地区又有绵侯袁宗第统兵万人屯于挂甲庄。兵力似乎颇为可观，但这些留守山西的军队各守汛地，缺乏一员威信卓著的将领统一指挥。由于大顺政权覆败后档案材料毁灭殆尽，我们无法得知李自成为什么要那么匆促地返回西安，为什么连长期担任前线总指挥的刘宗敏也没有留镇山西。清军占领畿辅地区后，山西就成了大顺政权同清方对峙的前线，李自成部署之不当又一次证明了他缺乏战略眼光。

五月初十日，一度投降大顺政权的明大同总兵姜瓖发动叛乱，“阳和军民约与镇城军民内应，于是杀（张）天琳及伪中军张黑脸，恢复大同”。姜瓖占据大同地区后，初期也是以复明为号召，他拥戴“境内枣强王朱鼎续先帝之祀”，“委以国政”。按时间推算，这时李自成正在太原地区，却没有对这一雁北重镇发生的重大变故采取任何措施，而是继续西撤。姜瓖随即在清方拉拢下，很快归附了清廷。六月十六日，他接到清兵部信牌传达多尔衮的令旨：“大同总兵官姜瓖忠诚为国，擒杀伪将，平定大同、阳和等功，予甚嘉悦。但立枣强摄理国事，以延先祀等语，甚觉不宜，其枣强王可炤旧守其本等爵级。……”姜瓖立即遵令用顺治年号“大张榜示，通行布告军民人等”。这样，大同的复明变成了归清。

明恭顺侯吴惟英之弟吴惟华在多尔衮进京时拜迎马首，自告奋勇前往山西替清朝招安地方。多尔衮欣然同意。六月，吴惟华离京赴晋，在两三个月里联络一些明朝文官武将先后招降了代州、繁峙、崞县、五台，攻克静乐、定襄等州县，从而使清朝控制区扩大到太原以北。

姜瓖在大同叛变投清以后，又发生了唐通在晋、陕交界地区的叛乱。顺治元年八月初六日，清廷以摄政王多尔衮名义写信招降唐通。唐通和姜瓖、吴三桂等人一样都擅长于见风转舵。大顺军兵败撤出畿辅后，他奉李自成之命镇守同陕西相邻的军事要地保德州、偏关地区。由于姜瓖的叛变，大同地区落入清方之手，唐通估计大顺政权难以同清廷抗衡，就在八月下旬以保德州为据点发动叛乱，文告改用明崇祯年号，西渡黄河袭击陕西府谷县，同大顺政权镇守陕北的亳侯李过激战达半月之久。由于变生意外，李过部损失较大。唐通占领了山西保德州、岢岚州、永宁州（今离石县）、河曲县、兴县、岚县、临县和陕西府谷县、葭州（今佳县）一带。清朝委任的山西总兵高勋和唐通有一面之交，于九月初三日派人往保德招降唐通，初七日唐通回信表示愿意归附清朝。十月十一日，他正式拜表投降清廷，改用顺治年号。清廷于十一月将唐通由定西伯加封为定西侯。唐通的叛变，不仅使山西北部全部沦入清方之手，而且由于唐军占领了府谷、黄甫川、清水营和佳县一带，在黄河西岸的陕西境内也建立了据点，对大顺政权的陕北防务构成了威胁。李自成深为愤慨，下令把唐通的母亲和儿子处死。

历史证明，大顺政权在驾驭明朝降将上犯了一系列错误。从1644年到1645年，归附大顺的明朝旧将几乎毫无例外地叛变投敌，对于整个局势的逆转影响极为巨大。李自成的嫡系部队既不如清朝满洲八旗兵强劲，对于来附的明朝将领本应授予高官显爵，改编其军队；即便要任人器使，也应以嫡系大将统精兵为主，降将为辅。李自成宽厚有余，警惕不足，往往任用刚刚投降过来的明朝将领率领原部兵马独挡一面。结果风向一转，叛乱四起，终至土崩瓦解，教训是非常深刻的。