四月二十九日，福王朱由崧在史可法陪同下，乘舟抵达南京城外燕子矶，南京官绅均往朝见。五月初一日，朱由崧登岸，先拜谒孝陵然后从朝阳门进城，驻于内守备府。谈迁记载了他亲眼目睹朱由崧进入南京的情况：“初，迁闻王谒陵，出朝阳门外，万众伏候。见王乘辇，角巾半污旧，手摇白竹扇，有陇亩风。窃心幸之。不料淫佚败度，为怀愍之续也。”文武百官朝见后商议立福王为主究竟应当立即登极为帝还是暂用监国名义，这里的区别是登极后就没有改变的余地，监国则尚有退步。有的大臣考虑到崇祯三子下落不明，而他们之中任何一人都是较各藩王更符合继承帝位的人选，因此主张再等待一段时间。初三日，朱由崧在南京就任监国，用黄金铸造监国宝，颁谕天下说：

……孤避乱江淮，惊闻凶讣，既痛社稷之墟，益激父母之仇。矢不俱生，志图必报。然度德量力，徘徊未堪。乃兹臣庶，敬尔来迎，谓倡义不可无主，神器不可久虚，因序谬推，连章劝进，固辞未获，勉循舆情，于崇祯十七年五月初三日暂受监国之号，朝见臣民于南都，孤夙夜竞竞，惟思迅扫妖氛，廓清大难。德凉任重，如坠谷渊，同仇是助，犹赖尔臣民。其与天下更始，可大赦天下。

就任监国之后，朱由崧依照廷臣会推，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事；马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，仍任凤阳总督。不久又以原詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，与原礼部尚书王铎，二人兼东阁大学士入阁办事。以张慎言为吏部尚书，召刘宗周为都察院左都御史，其他衙门官员也先后作了安排。按照史可法、高弘图、张慎言等人的意向是尽量让“正人”占据要津，使朝廷建立之始有一番新气象。开初在安排朝廷重臣上，他们得以如愿以偿。然而，这种局面很快就改变了。争夺朝廷权力的较量先从首辅开始。按明代制度，南京兵部尚书位居留都百官之首，弘光朝廷初立，史可法就成为当然的首席大学士。在定策问题上史可法既被马士英出卖，得不到朱由崧的信任，包括勋臣在内的一些小人立即随风转舵。姜曰广记载，魏国公徐弘基等原先顶奉史可法不啻天人，“权寄稍移，下石随起”，竟然倡言可法“勤王无功”“可杀”。马士英拥立福王本意就在攫取权力，他决不会满足于加几个空衔而官居原职。于是，他先利用诚意伯刘孔昭争入内阁，遭到其他官员以“我朝从无勋臣入阁之例”为理由坚决反对时，刘孔昭立即回答说：“即我不可，马瑶草（士英字）何不可？”朱由崧与马士英早有默契，当即决定召士英入阁辅政。史可法明知自己指斥福王的把柄落在马士英手里，现在马士英既以“定策”首功备受朱由崧青睐，被召入阁辅政，江北不能没有重臣督师，因此，他“自请督师淮扬”。五月十二日朱由崧批准史可法出任督师。

五月十五日，朱由崧正式即位为皇帝，改明年为弘光元年。第二天，马士英入阁主持政务兼任兵部尚书。史可法于十八日陛辞。二十日渡江往淮阳督师。尽管在整个弘光时期，史可法的加衔都略高于马士英，但在朱由崧监国仅半个月之后即被排挤出外，足以说明他的失势。黄宗羲有以下一段议论：“士英之所以挟可法，与可法之所以受挟于士英者，皆为定策之异议也。当是时，可法不妨明言：始之所以异议者，社稷为重、君为轻之义；委质已定，君臣分明，何嫌何疑而交搆其间乎？城府洞开，小人亦失其所秘，奈何有讳言之心，授士英以引而不发之矢乎？”他接着写道：“臣尝与刘宗周言之，宗周以为然。语之可法，不能用也。”这未免是书生之见。因为关键在于史可法在议迎立时列举了福王“七不可”的理由，对朱由崧的人品作了全面的攻击；弘光既立，作为人臣的史可法不可能无“讳言之心”，何况以“社稷为重”作解释等于说朱由崧不适合肩任宗社之重担。李清记马士英曾密疏言：“上之得位，由臣及四镇力，其余诸臣皆意戴潞藩；今日弹臣去，明日且拥立潞藩矣。上信其言，为雨泣久之。以后一切朝事，俱委士英。”史出马入，在许多史籍中认为是弘光朝廷夭折的一个重大关键。诚然，史可法远较马士英清廉正直，但如果认为他留在朝廷秉政，就可以保障江左，进而恢复中原，那就未免对史可法的政治眼光和魄力估计太高了，也不了解南明酝酿立国之时史可法受东林党骨干分子的牵制业已铸下大错。他本人不可能得到新天子的信任还在其次，真正的关键在于按伦序应继承帝位的朱由崧眼看将被东林诸公排斥，为了登上大宝不得不求助于武将，这样才造成了本来无功可录的武将一个个以定策元勋自居。马士英的政治投机虽然保证了他个人地位的上升，但是导致弘光一朝武将跋扈局面的并不是他，而是史可法。一度掌握着拥立大权的史可法未能抓住这个稍纵即逝决定社稷安危大计的机会，定策之功落入军阀之手，弘光既立，无论他在朝辅政，还是在外督师，都改变不了武将胁制朝廷、无意进取的局面。史可法自食苦果，被迫让出首辅之位过江督师，只是证明他决策错误，事机已失，无可挽回。一批倾向东林党的士大夫大喊大嚷“秦桧在内，李纲在外”，国将不国，其实为时已晚。后来的史学家没有弄清事情的因果关系，重复旧说，无助于总结历史的经验教训。在历史上，当权人物可以犯这样、那样的错误，但在关键时刻的关键问题上一步错则步步错，史可法的悲剧正是从这里展开，弘光一朝的毫无作为以至于土崩瓦解主要原因也在这里。有关南明的大量史籍众说纷纭，大抵都没有说到点子上，本书特三致意焉。