明后期的党争是统治集团内部矛盾激化的表现，它贯串于万历以后整个政治生活中，一直延续到南明。崇祯在位的十七年间党争基本上限于在朝、在野的官绅当中；弘光以后军阀势力介入，朝中文臣往往以武将为靠山，使党争变得更加复杂尖锐。在一定意义上可以说，党争是导致明朝灭亡的一个重要原因。

南明第一个朝廷——南京政权从酝酿建立开始，就发生立福、立潞的争议，所谓“立贤”、“立亲”不过是表面文章，实质上是不同利益集团为争夺新政权垄断地位的一场争斗。弘光即位的时候，全国已处于四分五裂的状态，清朝、大顺、以至张献忠的大西政权都面临一个争取人才为己所用的问题，弘光政权也不例外。在争取人才方面，史可法是比较清醒的，当五月初起草监国诏书时，原稿起用废臣一款内有“除封疆（指任职期间所管地方失守）、逆案、计典、赃私不准起用”一语，他认为“国事之败坏非常，人才之汇征宜广，未可仍执往时之例”，把这句话删去。一两天后正式发布时，连史可法也不知道是怎么回事，仍照原本发出。后来史可法上言又引马士英奏曰：“监国诏书，据阁臣史可法疏谓，逆案等事俱抹去，而吕大器添入之。是以戎臣而增减诏书也。”总之，集中于南京附近江浙人文荟萃之地的一批官僚（他们大多是东林—复社人士）有一个如意盘算，一方面趁北都陷没，朝臣除极少数“死节”以外几乎都投降了大顺政权成为“从贼伪官”；一方面又以不准起用“逆案”等旧例为理由阻挡另一批在野官绅入仕，这样可以为自己控制从中央到地方的全部要津铺平道路。由于历史的原因，他们担心福王朱由崧即位可能掀翻逆案，使自己在政治上失势。朱由崧不得不凭借四镇武将的支持登上帝位，由此形成武将无功封爵、跋扈自雄的局面。四镇的遥控朝政，使东林—复社党人垄断朝政的图谋遭到重大挫折，这本来是他们自己种下的苦果。然而，一贯以清流自命的东林—复社骨干从来不肯承认自己私心自用，而是集中火力攻击投机取巧的马士英和他援引的阮大铖，似乎事情全坏在马阮乱政，掀翻逆案，正人君子连袂而去，众小翩翩入朝，终于导致南京弘光政权的覆亡。这种观点由黄宗羲创立的浙东史派发扬光大，流传三百多年，至今尚未廓清。

弘光初立的时候，大臣多是东林—复社人士心目中的正人君子。这种局面没有维持多久，姜曰广、高弘图、张慎言、刘宗周等人相继被排挤出朝。然而，这并不是掀翻逆案的结果，直到弘光朝廷覆亡，列名魏忠贤逆案中的人物极少起用。何况，弘光朝廷面对的是“大顺”和清方，起用不起用逆案官绅无关大局。清兵进入北京后留用大批降闯官员、礼聘逆案首魁冯铨，是其成功之策，而不是失败之著。弘光朝廷内部矛盾酝酿和激化始终是围绕“定策”问题展开的。就东林—复社骨干人士而言，本意是从帮派利益出发反对迎立福王，福王既立，“天位已定”，东林—复社骨干人士希望破产。四镇和及时转舵的马士英以定策之功自诩，洋洋得意。东林—复社人士妬意倍增，他们既不敢把矛头指向“当今皇帝”，只好把马士英作为攻击的靶子。

马士英固然不是救时之相，但把他打入另册，列入《明史》奸臣传是毫无道理的。至于把他同阮大铖挂在一起称之为“阉祸”更是无中生有。马士英热衷于权势，这在明末官场上是一种极为普遍的现象。在政治态度上，他原来倾向于东林—复社，陈子龙自撰年谱云：“贵阳（指马士英），先君同籍也，遇予亦厚。其人傥荡不羁，久历封疆。于门户之学，非素所深研也。”杜登春《社事始末》说：“南中建国，贵阳马士英为娄东（指复社首领张溥）好友，一时拥戴窃柄，甚引重东林，起用钱（谦益）、徐（汧）、陈（子龙）、夏（允彝）诸君子。……复社中失节者（指在北京投降大顺政权）贵阳阳加叹恨，阴为矜怜，悉欲置末减。及福藩恣用私人，搜罗珰孽，而阮大铖辈尽起而谋国是，外则附贵阳以招权纳贿，内则实为珰人翻局之计。”东林—复社人士抨击马士英最激烈的是他起用阮大铖。由于阮大铖名列崇祯初魏忠贤逆案，于是把掀翻逆案作为马士英的一条主要罪状，全线出击。然而，这条罪名能否成立很值得研究。

第一，阮大铖为人小有才，本非志节之士，这是一回事；他的列名魏忠贤逆案是否恰当又是一回事。归庄写道：“怀宁阮大铖，初本清流（即东林），……阮在垣中（六科给事中）资既深，佥都御史左浮邱（光斗）其同乡也，因欲其掌科，而高邑冢宰、无锡都宪疑其人，以为不可；嘉善魏廓园（大中）初还朝，即转吏科都给事中。阮谓资应属己，而魏夺之，遂激而入邪人之党。……激成阮入彼党，未始非失计。盖阮实有可用之才，惜诸君子无使贪使诈之作用也。”当魏忠贤声势煊赫之时，阮大铖并没有明显的劣迹，在朝时间也极短。他之所以列入“钦定逆案”原因是崇祯帝继位，魏忠贤刚刚垮台，朝廷上两派势力的争斗尚未明朗化，阮大铖急于入朝做官，草拟了两份内容不同的奏疏，一是专攻魏党，一是所谓“合并共算”，也就是既攻魏党又攻东林。他派人把疏稿送往北京请友人杨维垣相机行事。不料，杨维垣取己所需，把后一疏封进。这件两面开弓的奏疏通过邸报流传后，东林人士为之大哗。阮大铖因此以“阴行赞导”的罪名列入逆案第三等，永不叙用。平心而论，东林—复社人士门户之见极深，他们把阮大铖打成逆案很难自圆其说，比如说他谒见魏忠贤后随即行贿给魏的门子赎出名刺，就是莫须有的罪状；说他在魏忠贤得势之时即辞职还家是早已看出魏忠贤必定垮台，更站不住脚。阮大铖在魏忠贤垮台之后还看不清政局的走向，怎么能说他在天启年间就预知朱由校会短命、崇祯帝将即位？总之，“阴行赞导”的罪名难以成立。阮大铖触霉头是在崇祯初出于投机得罪了东林党人。王思任说他“时命偶谬，丁遇人疴，触忌招諐，渭泾倒置，遂放意归田，白眼寄傲，只于桃花扇影之下，顾曲辩挝”。阮大铖政治上失意，借寓南京编演新戏，交结朋友，声歌自娱，这在当时的留都也是极平常的事。不料，顾杲、吴应箕、陈贞慧这批公子哥儿看得老大不顺眼，心想秦淮歌妓、莺歌燕舞乃我辈专利，阮胡子来凑什么热闹。崇祯十一年（1638）八月，他们写了一篇《留都防乱公揭》广泛征集签名，对阮大铖鸣鼓而攻之，文中充满了危言耸听的不实之词。阮大铖挂名“钦定逆案”，有口难辩，一败涂地；陈贞慧等人自以为痛打落水狗，功德无量。

崇祯十四年（1641），东林—复社人士以不光彩的手段，重贿司礼监太监，使周延儒再次出任首辅。阮大铖为了东山再起，一面参与拼凑贿金，一面向“东林诸君子”苦苦哀求：“所不改心以相事者，有如兹水。”一些东林人士表示谅解，又遭到周镳等人的坚决反对。周延儒既然得到阮大铖的资助。又碍于东林骨干的要挟，采取折衷办法，接受阮大铖的推荐，起用其同年好友、革职遣戍的原宣府巡抚马士英为凤阳总督。马士英自然对阮大铖有怀恩必报之念。他出任弘光朝廷首席大学士以后，就以定策和边才为名竭力推荐阮大铖，上疏说：“臣至浦口，与诸臣面商定策。大铖从山中致书于臣及操臣刘孔昭，戒以力扫邪谋，坚持伦序。臣甚韪之。但本官天启年间曾任吏科都，同官魏大中争缺，本官虽近让，与当时诸臣嫌隙遂开，因牵入魏忠贤逆案。其实本官既未建祠，未称功诵德，径坐以阴行赞导。夫谓之赞导，已无实迹，且曰阴行，宁有确据？故臣谓其才可用，罪可宥也。”马士英的上疏立即遭到东林—复社人士的强烈反对。他不顾其他阁臣异议，亲自票拟，六月间取得弘光帝同意：“召逆案为民阮大铖冠带来京陛见。”阮大铖出仕已成定局；八月，弘光帝又依从安远侯柳祚昌的提议，不经朝臣会议，直接任命他为兵部添设右侍郎。

第二，马士英建议起用阮大铖原意只是报知遇之恩，并没有掀翻“逆案”的意思，比起史可法开“逆案”之禁要保守得多。这点从他在奏疏中为阮大铖开脱“阴行赞导”的逆迹可以得到证明。陈子龙记载他曾劝告马士英不要“犯天下之怒”起用逆案人物阮大铖，马士英回答说：“逆案本不可翻也，止以怀宁一人才，不可废耳。”马士英本是倾向东林的人物，他没有很深的门户之见，爬上首席大学士之后，颇想联络各方面人士，特别是东林—复社的头面人物，造成众望所归、和衷共济的局面。阮大铖废置多年，不甘寂寞，安排适当官职，任才器使，对弘光政权并不会造成多少损害。相形之下，东林骨干的迂腐偏狭令人惊异。他们当中的许多人出仕以来从来没有什么实际业绩，而是以讲学结社，放言高论，犯颜敢谏，“直声名震天下”，然后就自封为治世之良臣，似乎只要他们在位，即可立见太平。实际上根本不是这么回事。甲申夏初，明朝南方官绅处于国难当头之时，东林—复社的主要人物关心的焦点不是如何共赴国难，而是在残存的半壁江山内争夺最高统治权力。排除福王继统的阴谋破产后，他们又出于防微杜渐的考虑惟恐阮大铖起用导致整个“逆案”掀翻。于是，抓住马士英推荐阮大铖一事大闹朝堂。名望甚高的刘宗周九月初三日上疏说：“大铖进退，关江左兴衰。”人们议论明末以来的党争时，往往受东林骨干人士的影响，偏颇特甚。黄宗羲起的作用最为恶劣。他因为反清义士夏允彝的遗著《幸存录》持论比较公允，竟然大动肝火，专门写了一篇《汰存录》痛加驳斥，指责夏允彝“是非倒置”，所著《幸存录》是“不幸存录”。黄宗羲的基本论点只是一句话，东林人士是“君子”，与东林异调者为“小人”。夏允彝书中说：“东林之持论高，而于筹边制寇，卒无实着。”黄宗羲真不愧是刘宗周的弟子，反驳道：“夫筹边制寇之实着，在亲君子远小人而已。”这无异是说，东林—复社人士孜孜以求的正是一派掌权，达不到目的就破口大骂。被东林—复社人士奉为圭臬的刘宗周就是抱着这种态度行事的，他的儿子刘汋记载：“有朝绅为马士英解于先生曰：枢辅甚向慕先生；先生不吝一见，无有不归命者。所贵大君子以其能化小人为君子，今日国事为重，不宜拒绝太深。先生不答。后士英所亲再四言之，先生亦不答。”

李清等人记载：“马辅士英初亦有意为君子，实廷臣激之走险。当其出刘入阮时，赋诗曰：‘苏蕙才名千古绝，阳台歌舞世无多。若使同房不相妬，也应快杀窦连波。’盖以若兰喻刘、阳台喻阮也。”可见，马士英并没有排挤东林—复社人士的意思。直到弘光元年二月，诚意伯刘孔昭上言：“珰案昭雪，专为阴行赞导原无实迹者言之耳，若献媚有据，岂应翻案？”弘光朝廷接受了这一意见，下令“逆案无得滥雪”。这又说明，整个弘光在位时期，并没有“掀翻逆案”。东林—复社人士的记载中常见一种说法：马士英、阮大铖针锋相对地提出：“彼攻逆案，吾作顺案相对耳。”实际上大量材料证明，朝野人士中对在北京投降大顺政权的官员大加挞伐和主持分等定案的主要是以气节自命的东林—复社人士。马士英曾经上疏要求惩办从“贼”诸臣，其中一段云：“更有大逆之尤如庶吉士周钟劝进未已，上书于贼，劝其早定江南。昨日病中，东镇刘泽清来见，诵其劝进表一联云：‘比尧舜而多武功，迈汤武而无惭德。’臣闻之不胜发指。其伯父周应秋、周维持皆为魏忠贤走狗，本犯复为闯贼之臣，枭狡萃于一门，宜加赤族。而其胞兄周铨，尚厕衣冠之列；其亲堂弟周镳，俨然寅清之署，均当从坐，以清逆党。”这份奏疏斥责周应秋等“为魏忠贤走狗”，显然没有掀翻逆案的意思。弘光一朝诛杀“从贼伪官”仅光时亨、周钟、武愫三人，周镳的被牵连勒令自杀，另有原因，这里不能细说。

总之，把弘光一朝的党争说成是马、阮阉党同东林—复社“正人君子”的较量并不正确。核心问题始终是围绕着“定策”而展开的。李清记载了八月间在弘光帝面前的一场争论：“时阁臣士英与曰广同诋上前，曰广曰：皇上以亲以序合立，何功？士英厉声曰：臣无功，以尔辈欲立疏藩，绝意奉迎，故成臣功耳。”阮大铖的起用虽出于马士英的推荐，但他的受到重用，由削职为民被任为兵部侍郎、兵部尚书巡视江防，原因是他力主拥立福王，从而得到朱由崧的信任。弘光即位之后，原先主张立潞王朱常淓或持保留态度的大臣内心明白自己已经失势，朝廷大权实际上落入了“定策”武臣和迎合四镇的马士英等人手中，而这种局面又是他们一手造成的。他们像哑子吃黄连一样有苦难言，一部分人借攻阮大铖、攻四镇，想稳定自己的地位，结果败下阵来，自行引退，如兵部侍郎吕大器、大学士高弘图、姜曰广、吏部尚书张慎言；另一部分则委曲求全，如史可法被迫交出首席大学士的职务，“自请督师”。弘光元年（1645）三月史可法在一篇奏疏中痛切陈词：“臣草疏甫毕，哀痛不胜，溯流穷源，因致追恨诸臣误国之事非一，而门户二字实为祸首。从门户生畛域，从畛域生恩怨，从恩怨生攻击。所以《春秋》之始，首严朋党之诛。而门户之名，竟结燕都之局！”可见，他也意识到自己深受“门户”牵制之害。另一位东林钜子钱谦益的表现更具特色。他在南京立国前竭力鼓吹立潞；马士英、阮大铖得势后，又摇身一变，为马、阮唱赞歌。在奏疏中说：“臣观三十年来，文臣出镇，克奏肤功者，孙承宗后马士英一人耳。”又说：“先帝钦定逆案，一时握笔之臣，未免轻重有心，故出故入。……逆案之故入者，阮大铖当周宗建攻逆阉时实赞其议，安有引人攻阉而身反赞导者？”由于他转变得快，由礼部侍郎升任尚书。

弘光立国仅仅一年时间，大臣联袂而去，给人们一种印象似乎是马、阮奸臣当道，驱逐群贤。实际上是因为参预定策者多为大臣，在定策中持异议者自必不安其位。另一个原因是那些致仕回家的大臣并没有料到清兵南下，弘光政权迅速瓦解，他们原以为可以雍容有度地在家乡或借寓之地（如张慎言）过乡绅日子，等待朝廷局面改观时东山再起。自然，他们又一次失算了。事实证明，弘光一朝的大臣当中没有一个安邦定国之材。

朝廷大臣矛盾激化，旷日持久的唇枪舌战，置国事于不顾。一些有识之士也感到国难当头，应当捐弃门户之见。七月，户科给事中熊汝霖上言：“臣观目前大势，无论恢复未能，即偏安尚未稳。孜孜讨究，止应有兵饷战守四字，今改为异同恩怨四字。”“徐谕德汧里居，感愤时事，贻同事书曰：今日贤邪之辨，不可不明，而异同之见，不可不化。以君民为心，则和一之至，不必合党同群，而自无不同。以职掌为务，则猷念各分，不必破党涣群，而自无不异。用人者执此为衡，其忠君爱民，精白乃心者为君子，否则小人；修职就业，竭节在公者为君子，否则小人。”可是，弘光政权一直是在大臣和军阀的钩心斗角中苟且偷安，在内讧中粉墨登场，在内讧中分崩离析。