1644年夏季以后，河南的局势也很复杂。大顺政权原已遍设官员的这块中原地区，已经由于主力西撤而四分五裂。大顺军只控制着豫西等部分地区，其他地方一部分为死灰复燃的明朝官绅窃据，一部分被所谓“土寨豪杰”的地头蛇盘踞；清方也乘虚而入，攫取了河南省黄河以北的怀庆、彰德、卫辉三府。现简述如下：

五月间，明归德府知府桑开第得到大顺军战败放弃北京的消息，立即勾结原崇祯朝督师丁启睿的弟弟丁启光（任明朝参将）发动叛乱，逮捕大顺政权归德府管河同知、商丘、柘城、鹿邑、宁陵、考城、夏邑县令，于六月间解送南京向弘光朝廷献俘邀赏。明河南援剿总兵许定国也纠集一批散兵游勇窃据睢州一带。原明朝兵部尚书张缙彦在北京投降了大顺，这时逃回新乡招集官绅、土寇，同许定国相勾结，与大顺政权为敌。

河南各地的土贼也乘势拥起，如刘洪起据汝宁，韩甲第据许州，李际遇据登封，李好据裕州，刘铉据襄城，“分辖各数百里，拥众各十余万”。这些人的来历一般是明末地方性的反叛武装，后来同当地乡绅勾结，蜕变成一种封建割据势力。其中刘洪起兵力较强，他接受明朝的招抚，1644年春、夏在河南发动叛乱，擒杀大顺政权委派的地方官员，被大顺政权绵侯袁宗第击败，率领残部逃入湖北，托庇于明将左良玉麾下。其他土贼由于实力有限，在崇祯末期往往在明朝廷和李自成农民军之间摇摆，哪方得势就倒向哪方。大顺军西撤后，他们当中不少人立即起来反叛，“愤张旗帜直书：‘杀贼报仇’四字”。仅韩甲第就“擒伪官十有余人”，颠覆了许州一带的大顺政权，但河南大顺军随即发起反击，在九月间将韩甲第剿杀。刘洪起也卷土重来，领兵直至永宁、杞县一带，与开封府推官陈潜夫一道为明朝收复“失地”，并在柳园（开封城北）击败大顺军陈德部（陈德乃陈永福之子，原为明将，后来又投降清朝）。弘光朝廷得报后，委任陈潜夫为巡按御史，刘洪起为总兵官。不久，又任命张缙彦为河南总督，越其杰为河南巡抚（越其杰是马士英的姻亲）。

清廷方面也在稳固对畿辅地区统治的同时，把势力扩展到河南北部。七月，任命杨方兴为河道总督，苏弘祖为分巡河北道，申朝纪为分守河北道（按：明、清的河北道管辖范围是河南省黄河以北的彰德府、卫辉府、怀庆府，同现在的河北省无关），罗绣锦为河南巡抚；八月又任命祖可法为河南卫辉总兵官，金玉和为河南怀庆副将（不久提升为怀庆总兵）。八、九月间，清廷委任的文官武将先后到任，基本上控制了河南省黄河以北地区。

可见，在1644年夏、秋，河南省成为明、清、顺三方争夺的焦点之一。这年九月十八日，清山东分巡东昌道李栖凤报告他探听到的河南情况是：“河南舞阳以东汝宁一带地方俱属总兵刘洪启（起）将官分据”，“河北（即指上述河南省黄河以北三府）一带地方俱属营头张天乙管，河南睢州一带地方俱属总兵许定国管。八月十二日定国率领兵马将归德府城池残破，蹂躏不堪。金陵口南至许州、舞阳、西平、遂平、临颍、郾城、扶沟、鄢陵、汝宁迤南等处地方俱属总兵刘洪启（起）管。流寇改禹州为均平府，襄县、南阳、襄阳、河南府（即洛阳府）以西流寇牛头目领兵一枝在各处镇守，以西俱流寇官，而郾城委知县二员，一属弘光，一属西寇。河南各处非兵即寇，各占一方，无处宁静。”李栖凤的描述大致反映了当时河南三方对峙的情势，清方虽然已经在黄河以北三府设官，但当地的“土贼”营头势力还很大，统治并不稳固。

上面扼要介绍了1644年夏秋山东、河南两省的情况，不难看出清廷自五月至十月主力没有南下，以多尔衮为首的领兵诸王都群集在北京（郑亲王济尔哈朗原留守沈阳，九月才护送顺治帝来京）休息，只派了固山额真叶臣等人统兵进入山西同大顺军作战。大顺军西撤后，山东、河南的大顺政权基本瓦解，随即出现归属问题。除了豫西仍在大顺政权控制下，其他一些农民起义色彩较浓的地方武装依然心向大顺以外，绝大多数地区的明朝官绅和土杰豪强在擒杀大顺政权委派的官员以后，是以复明为旗号的。弘光政权由于“定策”引发的纷争以及武将以“拥立”之功蒙受上赏，于是文恬武嬉，坐失良机，主力部队如镇守武昌的左良玉部和建藩开府于南直隶境内的江北四镇都按兵不动。督师大学士史可法虽然在口头上也谈要恢复鲁、豫，乃至燕京，然而形格势禁，一筹莫展。李清记：“初四镇垂涎扬郡，可法不得已，许有警时各安顿家眷，谓彼此有分，可免独踞。且谓之有警，则无警不得驻耳。然以调停故，坐羁北伐，识者恨之。”