弘光一行从南京仓皇出逃，在溧水失散之后，大学士马士英带着贵州兵四百护卫朱由崧的母亲邹太后前往浙江。途经广德州时，知州赵景和怀疑其中有诈，关闭城门不让进城。马士英大怒，攻破该城，把赵景和处斩，大肆抢掠之后才离去。五月二十二日，马士英奉邹太后到达杭州，潞王朱常淓以及在杭州的官员都来朝见。当时，马士英还希望朱由崧到达太平、芜湖后依靠黄得功等部兵力扭转战局。不久，阮大铖、朱大典和总兵方国安等逃来，才知道黄得功兵败自杀，弘光帝被俘。马士英没有指望了，就同在杭州的官僚商量请潞王朱常淓监国。六月初七日，文武官员朝见邹太后，请命潞王监国。邹太后随即发布懿旨给朱常淓：“尔亲为叔父，贤冠诸藩。昔宣庙东征，襄、郑监国，祖宪俱在，今可遵行。”

以太后懿旨名义命潞王监国，是为了给朱常淓即位继统增添合法性。然而，这时的形势已经同上年江南立国时大不一样，朱常淓惟恐出任监国将成为清方打击的主要目标，拒绝接受；在弘光太后流着眼泪反复劝说下，他才勉强答应。

六月初八日，朱常淓就任监国。黄道周记：“八日己未，潞藩始监国，诸臣朝见毕，潞藩素服过谢慈禧宫。马士英、阮大铖、朱大典、袁宏勋、张秉贞、何纶十余人各綵服黄盖腰黄白入谢。皇太后服淡黄衣白襦，左右侍女各素葛衣。受朝御毕，潞藩见余素服角带，与马辅并立，问：‘此为谁？’余出袖中名单付李承奉。殿下欣然，谓：‘先生真一代忠良，今日幸共任大事。’又执马辅袖云：‘先生每事与黄先生商量。’马辅傲然不屑也。而朱大典遽云：‘黄家不知事，吾从行在为圣驾开道来，何不问我，辄问黄家讲话？’余谢云：‘既为圣驾开道，今日圣驾安在？’遂散出。从潞府面朝时，马、阮、朱、袁俱未到，余先至殿中，殿下遽请见，命坐赐茶罢，问：‘今日何以教我者？’余云：‘用贤才，收人心，破故套，行王道，为今日要务。’殿下辄云：‘和气致祥，家不和事不成。今日之事，先生与马辅思量。’余云：‘事有思量不得者，如苍素迥不相入。如今日在两浙，要用两浙人望所归。刘宗周是江东老成，如何坚不召用？’殿下云：‘马辅恐刘家来又分别门户。’余云：‘只为门户两字，破我乾坤。今奈何又听其邪说？’殿下云：‘马辅今手握重兵，如何不与商量。’余云：‘俱非职意想所及。’谢出，见何侍御，乃知马辅与阮、朱诸人议监国且不即真，以俟北人动定。……”

朱常淓出任监国后，任命浙江巡抚张秉贞为兵部尚书，以嘉湖道吴克孝接任巡抚，以潞府曾长史为监军御史前往方国安营，“令发兵分守千秋岭、独松关、四安镇等处”，“翰林简讨屠象美兼兵科监阁部兵往苏州同总兵王之仁堵遏；又令御马监太监李国翰、司礼监太监高起潜扼防平望。但是，实权仍在马士英一伙手中。黄道周在启本中指出清兵占领南京以后，浙江、江西各地官绅如原任戎政尚书张国维、右庶子杨廷麟、江西巡抚李永茂等人纷纷召募义兵，证明民心可用，“克复之业，早有同心，皆喁喁引领以待。殿下诚得黄铖一麾，应期毕集，上清钟山之尘，次复燕京之业，以仰附鳞翼，传世无疆”。黄道周只谈了浙、赣两省的义兵情况，实际上当时清军尚未占领的地方还相当大，他的意思仅在于说明浙江未尝不可以守，劝朱常淓不要只看到马士英、阮大铖等掌握的少数兵力。所以，他在朱常淓监国的第二天就建议十天之内即位为帝，“使群臣百官有所瞻依”

可是，朱常淓却是个扶不起的阿斗，监国次日（六月初九日）就按照马士英的意见，派陈洪范去同清军讲和，以割让江南四郡为条件。陈洪范在弘光朝廷初立时曾随同左懋第去北京通好，暗中投降了清朝，被派回江南充当内奸。他回到江南以后写了一篇名为《北使纪略》的文章恬不知耻地宣扬自己效忠于明朝廷，背后却到处散布清军势大难敌，劝人及早投降，被人称为“活秦桧”。这次，又在马士英主持下作为监国潞王的代表，乘坐悬挂着“奉使清朝”旗帜的船只，去同清方密商卖国事宜了。初十日，朱常淓命黄道周为大学士入阁办事；马士英却惟恐黄道周入阁将影响自己揽权，把监国的令旨缴回不予公布。

就在朱常淓、马士英仍梦想苟且偷安的时候，清军却迅速地向杭州逼进。清豫亲王多铎收取了南直隶十四个府、州后，“随令波罗（即博洛）贝勒、固山额真摆因兔阿山等率领满洲将领摆牙喇兵丁一半、阿里哈兵丁、蒙古固山兵丁各三分之一，乌真超哈兵丁全营向浙江进发，直趋杭州驻马”。六月十一日，清兵进抵塘西，马士英又故伎重演，交回内阁印信，私自逃入郑鸿逵的兵船。正碰上方国安部下的士卒前来索饷，把马士英从郑氏兵船上拖走。“马辅踉跄挥涕，坠水中，一足单跣，从方兵入营中”；阮大铖、朱大典则从富阳乘舟遁往婺州。

这时，陈洪范同清军统帅贝勒博洛已经勾结妥当，回到杭州同张秉贞一道劝朱常淓投降。朱常淓贪生怕死，决定奉表降清。总兵方国安和侄儿方元科原先率领兵马护送弘光帝到芜湖，朱由崧被俘以后，他们又来到杭州，所部兵马还有一万名左右，准备拥立潞王保卫杭州。没想到朱常淓已决意降清，在方军同清军战于湧金门下时，朱常淓竟丧心病狂地“以酒食从城上饷满兵”。方元科等极为愤慨，东渡钱塘江，后来参加拥立鲁监国的行列。

六月十四日，清军不费吹灰之力占领杭州。博洛趁势派出使者招降浙东各府州和避居这一地区的明藩王。“时周王寓萧山，惠王寓会稽，崇王寓钱塘，鲁王寓临海。贝勒遣骑修书，以参、貂等物为贽，邀诸王相见。鲁王以道稍远，辞疾不至。周、惠两王渡江偕崇王赴召。寻送南京，同弘光帝、潞王俱北去”。湖州、嘉兴、绍兴、宁波、严州等府州官也纳土降清。

1645年七月，多尔衮得到潞王朱常淓等投降，江、浙一带不战而定的捷报后，认为南方用兵已经基本结束，起自塞北的满洲兵将又难以忍受江南暑热，于是他下令多铎、博洛班师回朝，弘光帝和潞王、惠王、周、崇等藩以及在南京投降的弘光朝廷高官显爵王铎、钱谦益、赵之龙、徐久爵等都随军带回北京。南京改为江宁府，任命多罗贝勒勒克德浑为平南大将军同固山额真叶臣接替多铎、博洛镇守该地；同时任命内院大学士洪承畴为“招抚江南各省地方总督军务兼理粮饷”，会同勒克德浑、叶臣接管江南各地。八月，洪承畴、勒克德浑、叶臣到达南京；办理交接事务后，多铎等人于九月初四日自南京起程返京。对于俘、降明朝诸王，清廷在七月间曾规定明宗室岁给养赡银，亲王五百两、郡王四百两、镇国将军三百两、辅国将军二百两、奉国将军一百两，中尉以下各给地三十亩。在押送北京途中，朱由崧的嫡母邹太后跳入淮河自尽。朱常淓被清军挟至北京后，于顺治二年十一月上疏清廷“恭谢天恩”。疏中自称：“念原藩卫郡（指河南卫辉府，府治汲县）蹇遭逆闯之祸，避难杭城，深虑投庇无所。幸际王师南下救民水火，即率众投诚，远迎入境。”对清廷给以“日费”、“房屋”感激不尽，表示要“结草啣环”、“举家焚顶”祝颂清朝统治者“圣寿无疆”。即便是这样摇尾乞怜，也没有逃脱被宰割的命运。次年（1646）五月，朱由崧、朱常淓以及其他降清的明朝藩王都在北京被杀。清廷宣布的罪状是这些明朝藩王“谋为不轨”，企图拥立潞王朱常淓造反。实际上，清廷统治者一方面对朱明王朝有号召力的人物处处提防，力图斩尽杀绝；另一方面又为了减少征服过程中的阻力，把明朝亲、郡王起送北京，所费既不多又便于看管。随着各地抗清斗争的逐渐高涨，清廷才不顾自己许下“给以恩养”的诺言，把他们全部处斩，以消除后患。

潞王朱常淓的监国由于时间极短，又毫无作为，在南明史上不过是一个小插曲。历来的史家因为他的政权从未有效行使过权力，注意甚少。但是，从历史的因果关系来看，朱常淓的降清仍是一个关键问题，值得加以分析。

首先，它证明了明朝北京覆亡以后，麕集在南京一带的官绅为解决继统问题而展开的立亲、立贤的争执不过是汉族官绅内部的一场权力之争，“立贤”的对象朱常淓在本质上同朱由崧毫无二致。时任工科都给事中的李清记载道：“陪都既失，人咸恨不立潞藩。时张奉常希夏奉敕奖王，语予曰：‘中人耳，未见彼善于此。’又叶主政国华为予言：‘潞王指甲可长六七寸，以竹管护之。又命内官下郡县求古玩。’倪廷尉胤培尝曰：‘使王立而钱谦益相，其不支与马士英何异？’”

其次，弘光政权垮台以后，朱常淓本来是皇位继承问题上最少争议的人选，就连不久以后成为隆武皇帝的朱聿键当时正在杭州，也拥护他出任监国。如果朱常淓稍有民族气节，把抗清的旗帜竖起来，即便一时守不住杭州，南方各地的抗清势力也比较容易形成一个核心。只是由于他的降清，才紧接而来出现了朱明宗室的两个远派子孙唐王朱聿键同鲁王朱以海的争立；在朱聿键的隆武政权垮台以后，又爆发了朱聿键之弟唐王朱聿援引“兄终弟及”之义同桂藩朱由榔的争立。这两次争斗都严重地分散和抵消了南方的抗清力量，给清廷征服全国提供了有利的机会。从这个角度来观察，朱常淓的望风纳降确实是关系非浅的，他应当被作为民族败类绑在历史的耻辱柱上受到无情的鞭挞。