李赤心（李过）、高必正（高一功）统率的原大顺军改编而成的忠贞营在猛攻长沙即将奏捷的时候，被督师阁部何腾蛟借口援救江西调走。十一月十六日忠贞营解长沙之围，移营东进。由于他们已远离自己的夔东基地，湖南地方残破筹饷不易，而扼据攸县、茶陵一带的南明杂牌军队又惟恐忠贞营过境将危及自己的地盘，以武力阻止忠贞营通过。李、高部众数万人处于饥寒交迫、进退失据的困境之中。

到次年（1649）正月南昌失守，忠贞营援赣的任务已化为泡影。同月，清郑亲王济尔哈朗统军进入湖南，何腾蛟在湘潭被俘杀，部下官兵望风而逃，湖南大部分州县被清军占领。李赤心、高必正被迫率军南撤，从临武、兰山、江华、永明（今湖南江永县）经广东星子（属连县）、阳山，退入广西贺县、怀集（今属广东）、开建、封川（今广东封开县），准备屯驻梧州。五月二十四日前锋进抵梧州。南明广西文武官虽然明知李赤心、高必正早在隆武时即已封侯爵，这次由夔东入湘作战又是奉永历朝廷调遣而来，可是在他们处境艰难被迫退入广西时，竟被斥之为“犯境”之“贼”。二十五日，忠贞营将士乘八桨船数百艘到达梧州附近，南明总兵叶承恩、兵备道刘嗣宽、梧州知府东玉如临大敌，“飞舸逆战，箭炮交加”，被忠贞营击败。赤心与必正统舟师泊于江口（今广东封开市，距梧州约四十里），叶承恩、刘嗣宽见兵力不敌，“飞檄德庆总兵杨大甫率所部来援”。由于忠贞营兵多势众，加上永历朝廷内部意见分歧，李赤心、高必正等部终于经过梧州，进至浔州、横州。

当时明庆国公陈邦傅正同所招“义勇”徐彪部争夺南宁，从1648年九月打到次年五月，陈邦傅兵败，南宁府城仍被徐彪占领。陈邦傅知道忠贞营兵精将悍，进入广西以后又没有立足之地，就耍弄权术派人邀请李赤心、高必正剿灭徐彪，收复南宁。十二月初三日，忠贞营于永淳县（在今横县、邕宁之间）界攻杀徐彪，随即占领南宁府城。在这以后约一年时间里，兴国公李赤心驻扎南宁，郧国公高必正驻扎横州。陈邦傅利用忠贞营消灭异己的目的既已达到，又想把忠贞营支往桂林，这样一方面可以控制永历朝廷，另一方面又可以使忠贞营从自己视为禁脔的南、太、思明地区离开。于是，他玩弄种种花招，自己拜李赤心养母（即李自成妻）高氏为义母，称高必正为舅舅；又献上女儿给高必正作二房夫人（高必正原有妻室，陈邦傅身为庆国公，以女配给自然不便为妾，故特请朝廷并给郧国夫人诰命）。在作了这样一番处心积虑的安排以后，他才露出谜底，“怂恿必正提兵入桂（林）”。桂林是留守大学瞿式耜的驻地，由于永历朝廷经常逃难，这里成了比较稳定的政治中心。瞿式耜得知陈邦傅的阴谋后，上疏朝廷“请以粤西全省粮饷分给诸勋，使无侵扰”。李赤心、高必正有了立足之地，得以休养士马，已经心满意足，根本不赞成陈邦傅的挟制朝廷、破坏抗清大局。因此，开初还虚与委蛇，后来见邦傅喋喋不休，才由李赤心直言正告说：“陈兄劝我劫驾，是将终谓我为贼也！”陈邦傅碰了个大钉子，兵力又不敌忠贞营，只好怀恨在心，另思狡计。这就是不久后伪撰敕书封孙可望为秦王，利用原大西军挤走原大顺军改编而成的忠贞营，并且控制永历朝廷的张本。

当忠贞营向广西撤退的时候，制辅堵胤锡见大势已去，带领残兵一千余人，从镇峡关（即龙虎关）退入广西。当时镇守关口的明保昌侯曹志建在宗室朱谋烈的挑拨下，认定堵胤锡来到镇峡关是为忠贞营作内应，夺取自己的地盘。于是，在晚上突然派兵把堵胤锡的随从军士包围歼灭，胤锡父子逃出，藏于附近监军佥事何图复山寨里。曹志建仍不肯罢手，统兵往攻山寨，诱杀何图复。堵胤锡经贺县、梧州到达广东肇庆行在。这时，传来忠贞营在梧州遭到粤、桂两省军阀阻挠，双方发生武力冲突的消息。堵胤锡向朝廷建议让忠贞营暂时安置于广东适当地方休整。李元胤听说后大为不满，声称“我辈作鞑子时，渠不来复广东，今反正后，乃来争广东乎？且皇上在此，他来何为？”永历帝派兵部侍郎程峋前往宣谕粤、桂诸将，胤锡托程峋把自己和忠贞营将领的部分家眷护送到梧州。不料，李元胤为了阻止忠贞营进入广东，暗中指使封川守塘官张祥发炮，把程峋和他护送的家属座船击毁于江中。事情闹到朝廷，永历帝惟恐得罪东勋，竟不了了之。

堵胤锡到达肇庆行在后，永历帝命他入阁辅政。以瞿式耜、李元胤为后台的丁时魁、金堡等人又上疏劾奏他在湖南“丧师失地之罪”。其实，湖南的丧师失地是与瞿式耜气味相投的何腾蛟一手造成的，瞿式耜等人委过于堵胤锡完全是别有用心。堵胤锡在遭到广西、广东实权人物瞿式耜、李元胤的猜忌后，心情十分忧郁。在动辄获咎的情况下，他仍然志不稍减，一方面力排众议坚决主张联合原大西军抗清，另一方面联络忠贞营等部准备重返前线。尽管永历帝对堵胤锡相当信任，但也知道把他留在身边辅政于事无补，于是，加升他为少傅兼太子太师、文渊阁大学士、吏部尚书兼兵部尚书“总督直省军务”，节制忠贞、忠武（指马进忠、王进才、张光翠、牛万才等部）、忠开（指于大海、李占春、袁韬、武大定、王光兴、王友进、王昌、王祥等部）诸营兵马。然而，窃据朝廷大权的人物却惟恐他重掌兵权，别开生面，于是在行军银饷上百般刁难。据记载，堵胤锡五次上疏请发军饷，才批给三千两，银子刚领到手又被李元胤派人抢去。八月二十四日，胤锡陛辞，永历帝问道：“卿将何往？”胤锡回答：“陆行无马，水行无舟，有视师之名，无犒军之费。臣决不敢逍遥河上，贻外人指摘，惟有廓清四海，以申此意。万不得（已），当捐此身，以报皇上耳。”朱由榔无可奈何，“乃撤御前龙旗二，以壮行色。胤锡叩谢，含泪而出”。堵胤锡檄调忠贞营出师，又正碰上该营主将兴国公李赤心因病去世，“军中新丧大帅”不便出师。到这年十一月，在堵胤锡再三要求下，只有忠贞营的淮侯刘国昌愿意率部跟随他出征。十一月二十六日，堵胤锡心力交瘁，在浔州一病不起，赍志以殁。临终上遗疏说：“臣受命以来，罪大孽重。不复自谅，拟再合余烬，少收桑榆。不料调兵则一营不发，若曰：‘堵阁臣而有兵，则丰其羽翼也。’索饷则一毫不与，若曰：‘堵阁臣而有饷，则资其号召也。’致臣如穷山独夫，坐视疆场孔亟。昨西上横邑，感疠大重，一病不起，遂快群腹。臣但恨以万死不死之身，不能为皇上毕命疆场，而死于枕席，是为恨也。臣死之后，愿为厉鬼以杀贼。伏乞皇上拣任老成，用图恢复。如国家大事，有李元胤、刘湘客、袁彭年、金堡、丁时魁、蒙正发六人作皇上腹心股肱，成败可虞，祖宗有灵，实鉴临之。臣死矣，不胜余憾云。”可见他对朝廷权臣跋扈乱政极为愤慨。永历朝廷追赠其为浔国公，谥文忠。