到1651年（顺治八年，永历五年），孙可望部署的南明军队已经控制了贵州全省，前锋进入湖南西部和四川南部。针对这一形势，清廷除了加强湖广的防务外，派遣平西王吴三桂、定西将军固山额真李国翰带领所部兵马由陕西汉中入川。1652年二月初七日吴、李二部到达保宁（今四川阆中）。十二日南下，二十二日推进到成都。奉孙可望之命守卫成都的总兵林时泰不战而降。由于林时泰曾经投降过清朝，后来又在潼川反清归明，吴三桂认为他是反复无常、奉有明旨缉捕的“钦犯”，下令把他斩首示众。占领成都以后，吴三桂坐镇该城，由李国翰统兵于二十四日收取眉州，二十五日占领嘉定（今四川乐山市），活捉明总兵龙名扬（倮族，原为云南临安府石屏州宣慰司土官。）。三月，吴三桂、李国翰调集梅勒章京葛朝忠、白含真、佟师圣、夔州总兵卢光祖、左路总兵陈德、永宁总兵柏永馥等往攻重庆，初五日占领合州，分水陆二路进逼重庆。明军守将卢名臣因兵力单薄，于十四日放弃重庆。四月下旬，吴三桂等派遣另一支由甲喇章京杨正泰、郭云龙、右路总兵南一魁、叙州总兵马化豹带领的清军进攻叙州（今四川宜宾），明守将王复臣、白文选主动撤退到永宁（今叙永）。至此，清军除了原先控制的保宁地区外，已夺得成都、重庆、叙州、马湖、邛州、雅州、嘉定、眉州等府县，清政府认为“全蜀渐次底定”，应当讲求“善后”之策了。

正在这时，孙可望从全局着眼，惟恐清军在四川站稳脚根后，南犯贵州，遂派抚南王刘文秀统领援兵四五万人三路入川，由建昌、叙永、彭水展开全面反攻。八月初九日，明军攻克叙府，据守该城的清兵“全军覆没，南总兵（南一魁）不知下落，马总兵（马化豹）只身逃回，甲喇、牛录死难者数十余人”。与此同时，明军大将白文选也率部反攻重庆。吴三桂、李国翰见明军势大，于八月十九日在夹江县同四川巡抚李国英紧急会商，决定全师“北撤，以保万全”。驻守重庆的清军将领梅勒章京葛朝忠、佟师圣、白含真、厢红旗章京尹得才、总兵柏永馥、陈德、卢光祖于八月二十四日接到吴三桂的撤退命令，二十五日渡江北还。同一天，明军收复重庆，随即派兵尾追清军，在距离重庆一百二十里的停溪将清军包围，用火器四面围攻。二十八日，清军大败，梅勒章京白含真被活捉，永宁总兵柏永馥带着残兵败卒逃到保宁时，部下“兵支离削弱，才得百人”

九月十一日，吴三桂等退至绵州，接着又退到广元。清朝在四川的临时省会保宁只有巡按御史郝浴和总兵严自明部下一百多名士卒。吴三桂、李国翰和随军南下的四川巡抚李国英在兵败如山倒的形势下，已有放弃四川，退入陕西汉中的打算。由于郝浴的坚持，李国英、吴三桂、李国翰终于决定回守保宁，在十九日统兵进入该城。清军在撤退过程中，遭到抚南王刘文秀、讨虏将军王复臣的追击，损失颇大。史载：“刘文秀之入蜀也，善抚恤军士。蜀人闻大军至，多响应。于是，重庆、叙州诸府县次第皆复。吴三桂迎战辄败，敛军以奔，趋保保宁。”

保宁战役关系到清廷能否在整个西南地区保留一个立足点，战役过后，清朝三方面的负责人都竞相争功。不少史籍都归因于四川巡按郝浴，如《清史稿》郝浴本传记：“九年，平西王吴三桂与固山额真李国翰分兵复成都、嘉定、叙州、重庆。已而，两路兵俱败，三桂退驻绵州。浴在保宁监临乡试，可望将数万人薄城，浴飞檄邀三桂，激以大义，谓‘不死于贼，必死于法’。逾月，三桂乃赴援，可望等引去。”刘献廷也说：“平西同墨勒根虾取四川，兵至叙州府。蜀王刘文秀兵多而锐不可当。平西兵不战而走。至保宁，墨勒根虾已决意去蜀矣。时郝雪海巡按四川，驻陕西境，上疏劾平西不能取蜀，更引敌兵入秦境。平西计无所出，固山杨珅力持进兵议，曰：‘王威名震天下，今退走，则一旦扫地矣。今日之计，有进无退。’墨勒根虾惧敌众难之。珅曰：‘固山若却，请自退。吾王独进，与敌不两立矣。’遂进兵。……大捷，平西即上疏曰：‘臣之退走，所以引敌出险以歼之也。兵家之计，不可先传。按臣书生，不知兵事，妄言摇惑众心，几败大计。’上谴谪雪海于辽东”。郝浴自己在奏疏中说：“九月十九日，平西王、固山额真墨勒根虾、抚臣李国英一昼夜接臣七次移会，迫之以‘不死于贼，必死于法’之言，己统大兵回劄保宁。”又说：“臣在保监临，两路利失，方望我兵从中路回保，乃竟舍川北，历险西行梓、剑矣。重庆北来又有从通、巴入汉一路在。土寇逃卒劄然城外，以为两路兵各自便道归秦；在两路兵颇亦疑保宁府已早为贼吞矣。”为了请求吴三桂等回师扼守保宁，他和总兵严自明派人前往梓（潼）、剑（州）地区邀请，连名启文中说：“川北为汉中门户，有川北后得有汉中；无川北不第无汉中矣。至保宁一隅屯聚朝廷粮饷，又兼设文武，原倚以为全川、收云贵之大镇。王受西南重寄，岂得弃而不顾，等情。臣复独移抚臣，内有朝廷一块土是贵部院一重责任。今秦兵四散，蜀寇蜂拥，贵部院向来所提调之兵马、所管辖之将官不见一人，并贵部院亦竟不知在于何所，则保宁一片封疆将来作何销缴，等情。时虑寇深路阻，以上两项文书自未至丑历七时，照样七次踵发，务要其必归。坐是两路兵俱知各司、道、府死守保宁，因翻然云集。”

李国英的儿子李雯则持另一种说法：

雯闻是年叙府失陷，重庆不守，吴三桂遁还。未至保宁三十里地名圆山子，有路通秦。三桂欲拉先公从此路径还汉中。先公曰：“王乃客兵，可以还汉；巡抚乃守土之臣，当与保宁共存亡。王自回汉，巡抚当星夜回保料理守具。”遂辞三桂及固山额真拔营回保。奈固山额真语三桂曰：“我等统领大兵恢川不得，若弃了保宁，丢了巡抚，我朝法度王所素知，复将何辞以对朝廷耶？”三桂乃悟，飞使追回先公，语之曰：“我欲去守保宁，巡抚可有粮么？”先公曰：“保宁粮虽无多，尚够兵马五个月支用。”三桂乃率师同先公于九月十九日至保宁。……

吴三桂初欲遁还汉中，继乃不得已而守保宁。虽一鼓灭贼，所谓置之死地人自为战者，真乃朝廷洪福。其实三桂中情畏怯之甚也。……至按臣郝浴身经围城，目睹战阵，书生从未见兵，痛定尤复思痛，遂谓保宁兵单难守，请今文武各官尽同王师回汉，此则明明弃蜀矣。不知蜀虽荒残，若贼得之，守其要隘，耕其旷土，济以奸诈，招致群丑，不惟数万之师难以进克，即秦中、汉南恐亦岁无宁日矣。

这些记载在某些具体情节上存在分歧，但郝浴上疏的时候，吴三桂贵为藩王，李国翰是清廷亲信重臣，李国英是现任四川巡抚，他疏中说曾经七次行文请求三人领兵回守保宁，当属事实。不过，郝浴“不死于贼，必死于法”一语显然是给李国英信中的话，李国英作为巡抚有守土之责，而吴三桂、李国翰是“客兵”，可进可退，他们原来的意图是带着李国英部一道退入汉中。郝浴既以封疆之责要求李国英回兵保守，自然也请求吴三桂、李国翰统率大军协守。李国英既迫于郝浴的责难拒绝随吴三桂、李国翰撤入汉中，吴、李受道义上的牵制（三桂、国翰部若撤回陕西，保宁必破无疑，即如李国翰所说“弃了保宁，丢了巡抚”，在清廷面前不好交代），才勉强决定回守保宁。《清史稿》郝浴传把“不死于贼，必死于法”一语直接挂到吴三桂头上，同吴三桂后来发动三藩之乱，成为清朝的逆臣有关。事实上当时清廷以保存实力为原则，有意让吴三桂、李国翰退守汉中。1652年（顺治九年）十月，清廷先派固山额真库鲁克达尔汉阿赖率官属兵丁驻防西安，又调原定往征广东的护军统领阿尔津为安西将军，同固山额真马喇希镇守汉中，敕谕中写道：“今逆贼侵犯四川，黎元惶优，深厪朕怀，用以尔阿尔津为安西将军，同马喇希总统将士，前赴平西王吴三桂、定西将军墨尔根侍卫李国翰处，驻劄汉中，保固地方，整顿兵马。贼若入犯，会同平西王、墨尔根侍卫相机剿除。其进征四川事宜，著候明旨。”可见，清廷已经以确保陕西为目标，四川被置之度外了。

刘文秀在攻克叙州，追败清重庆守敌之后，一路上所向无敌，产生了骄傲轻敌思想。他只看到吴三桂等望风逃窜这一动向，却没有看到入川清军主力基本完整，仍有相当的战斗力。进抵保宁城郊后，刘文秀缺乏大将应有的持重态度，在没有充分把握的情况下，决定强行全面攻城，这在策略上是犯了重大错误的。因为清军所占只是保宁一座孤城，四川全境已大抵收复。保宁城三面环水，西、南二面临嘉陵江，东面为东河，江河对岸是连绵不断的山脉。明军占领了城外各山头，凭借“长技在鸟铳，铳之胜势在高山，延山放铳，据险凭城，不谓不张”。刘文秀本应利用地利派重兵扼守保宁东、南、西三面，随时提防清军出城渡河反击；另派少数兵力渡河进至保宁城北骚扰该城与陕西汉中的交通供应线。在完成这一军事部署的同时，把经营四川提上议事日程。为了说明问题，先谈一下四川各地的情况。自从明末战乱以来，四川大部分地区凋敝荒凉，特别是自然条件最好的成都平原几乎没有人烟，只要经营得法，完全可以建设成南明重要的复兴基地。郝浴在这年给清廷的奏疏中就说过：“成都地大且要，灌口（指都江堰）一泻，襟带三十州县，开耕一年定抵秦运三年。锦城之外，竹木成林，结茅为庐，千百间可立就。锦江之鱼，岸上求之，蕃于鸡豚，收川资本卷在此中矣。”“嘉定（今乐山市）据叙（今宜宾）、重（庆）上游，民较三川差多，见饶盐茶。”这些地方都已由刘文秀所统大军收复。清军据守的保宁，人口和耕地却很少。郝浴自顺治八年十一月到任经过调查，次年奏报说：保（宁）、顺（庆）、潼（川）、龙（安）四府州“所垦熟田止二百三十五顷，不及别省中县十分之一”；“三府一州二十九县，共得九千三百五十余口，数不及别省半县，而满、汉官兵数倍之。”驻于保宁的清四川“司、道、府、州等官员”连薪俸也拿不到，“惟各令丁奴垦荒自赡”。清军退守保宁时，顺庆、潼川、绵州等地均为明军所收复，清方控制的耕地、人口更是少得可怜。保宁城中储积的一些军粮几乎全是由陕西汉中历尽艰辛转运来的，势必不能持久。顺治十二年五月清朝一件奏疏中还说：“夫沃野千里原指成都而言，其东南俱财赋所出。今归我版图者止山多田瘠、出产寡薄之川北一隅，而东南有食可以养兵之地皆为贼所盘踞”，颇能说明当时四川的经济情况有利于明，不利于清。

刘文秀既然已经把清军堵扼于保宁一隅之地，收复了四川绝大部分地区，军声大振；心怀去志的吴三桂等能守住保宁即已自庆，发动反攻的可能性极小。在这种情形下，刘文秀完全可以暂缓直攻保宁，而在加强对该城清军戒备的同时，采取有力措施经营四川，设官安民，招集流亡，联络土司，加紧屯田，渐兴文教，使自己立于不败之地。就军事而言，收复重庆之后刘文秀同夔东十三家抗清武装已经联成一片，可以动用的兵力大大增加，在适当时机会同作战，不仅收复保宁易如翻掌，继续北上陕西汉中或东下湖北，前景必甚可观。总之，刘文秀并没有认识到他的主力直逼保宁城郊之时，恢复四川的战役已经取得辉煌战果，因为稳定了四川局势，经营得法，社会生产逐渐恢复，就可以大大加强南明政权人力、物力和战略上的有利地位，贵州、云南已远离前线，长期局促于川东鄂西贫瘠山区的夔东抗清武装只要刘文秀以大局为重，加意联络，也必将大有作为。

然而，刘文秀计不出此。他的意图不仅要乘胜收复保宁，而且要把四川境内的清军杀得片甲不留。十月初二日他率领大将王复臣、王自奇、李本高，祁三升、关友才、张光璧等五万余兵马迫近保宁。刘文秀下令搭造浮桥济师，主力部署在保宁城北面。攻城以前，他甚至抽调一部分军队“北塞葭萌关，东塞梁山关”，防止攻克保宁后清军突围窜入陕西。时人韩国相记载：“是时有南府刘文秀者统兵四万余，追清兵来屯保宁梁山关，声势大振。自以为战必胜，攻必克关。而清兵心胆堕地，主走剑阁出七盘，而已置四川于不问。”这就是说，刘文秀志在全歼吴三桂、李国翰、李国英所部清军，改变了三面据险，俯扼清军的态势，使自己的主力置于保宁城北敌守重镇、东、西背水的危境，在兵法上违背了“围师必缺”的原则。吴三桂等眼看已经没有退路，惟有困兽犹斗、背城一战才可绝处逢生。灭虏将军王复臣对这种部署深为忧虑，向刘文秀建议集中兵力攻打保宁城的薄弱部，破城以后吴三桂等部清军虽不能全歼，但必然逃往陕西，四川全省可以平定；而包围全城，分兵把口势必暴露出已方弱点，给清军以可趁之机。这一正确意见遭到刘文秀断然拒绝，从而导致了保宁战役的惨败。

保宁战役的经过是：十月初八日明军主力齐集保宁城北，刘文秀登上东北山头指挥攻城。吴三桂通过侦察得知攻城明军中张先璧部战斗力最弱，决定集中兵力先打张军。李国英为迷惑明军，命部下绿营兵改打八旗正兵旗。十月十一日黎明，刘文秀麾军攻城，兵马“蔽山而下，炮声震天”，“南自江岸，北至沙沟子，横列十五里，前列战象，次用火炮、鸟铳、挨牌、扁刀、弓箭、长枪，层叠里许，蜂拥攻城”。辰时，吴三桂率部开门出城，直攻张先璧军。张部抵敌不住，纷纷逃窜，败兵把王复臣等部的军队冲得乱成一团。清军趁势鼓勇奋击，明军阵势已乱，立脚不住，这天中午即已全面崩溃。撤退时由于浮桥被砍断，致使大批将士无法过江，被清军追杀或落水而死。明灭虏将军王复臣、总兵姚之贞、张先轸、王继业、杨春普等被清军擒杀，损失士卒大半、战象三只、马骡二千三百余匹，刘文秀的抚南王金印也被清军缴获。

吴三桂于险胜之余，叹息道：“生平未尝见如此劲敌，特欠一着耳。”这年十一月，清廷收到吴三桂、李国翰等人的捷报，才松了一口气，除下诏颁赏外，于十二月将阿尔津由定西将军改为定南将军，同固山额真马喇希统率将士“往征湖广”。

刘文秀率领残兵败卒返回贵州，孙可望深为不满，下令解除他的兵权，发回昆明闲住；张先璧被乱棍打死。