清、郑和谈由于双方坚持自己的条件，终归破裂。郑成功为加强实力，作好迎战准备，采取了一系列措施。

1654年（顺治十一年，永历八年）冬，清漳州府城守门千总刘国轩、守备魏标派人来同郑军接洽，表示愿意充当内应，献城投降。郑成功派忠振伯洪旭、中提督甘辉等带领军队于十二月初一日夜间进抵城下；刘国轩在城头接应，一举夺得漳州。清新任漳州总兵张世耀、知府房星烨见大势已去，只好跟着投降。郑成功在初四日亲自来到漳州，对刘国轩反正来归，深表嘉许，提升他为护卫后镇。接着在同月内派甘辉、前锋镇赫文兴、援剿左镇林胜、北镇陈六御等先后攻克同安、南安、惠安、安溪、永春、德化各县。随即移师于1655年（顺治十二年）正月初五日攻克仙游县。至此，泉州府城已经处于郑军四面包围之中。郑成功出兵收复漳、泉两府之地，本来意味着和谈完全破裂，然而他似乎出于策略考虑写信给清福建巡抚佟国器和泉州守将韩尚亮、知府申伟抱，以和谈时清廷曾许给漳、泉、潮、惠四府作为自己用兵的理由。这种立论难免游移其辞，连他自己也说不清楚是主和还是主战，是为清还是为明。如给泉州官员的信中几乎是说你们先投降我，我再带你们投降清朝。这种信件当然起不了任何作用，难怪佟国器回信中斥之为“侈口而谈，骄蹇满纸，殊堪喷饭”。

1655年（顺治十二年，永历九年）二月，郑成功借口“和议不就，必东征西讨，事务繁多，议设六官并司务，及察言、承宣、审理等宜，分隶庶事，令各官会举而行”。这种做法同孙可望相当类似，实际上是另立以自己为核心的小朝廷，只是他的兵力和地盘远不如孙可望，把所设官职名分上定得低一点罢了。原鲁监国重臣张名振“条陈不宜僭设司务”，郑成功“遂改司务为都事”，表面敷衍一下，实则我行我素。三月，又设置六察官，“俾其敷陈庶事，讥察利弊”。同月，“六察官周素、叶茂时等条陈：中左兴王之地，不宜因循旧址，顾名思义，请改中左（中左所即厦门）为思明州，亦如新丰故事也。藩从而改之”。亲郑文人著作中常说郑成功六官等职是“承制”，即取得永历皇帝的授权。其实，永历朝廷自处艰难，鞭长莫及，装聋作哑容或有之。温睿临《南疆逸史》中说：“先是，隆武之以总统命成功也，许立武职至一品，文职至六品。至是地大兵众，乃设六官，分理庶事。”夏琳《闽海纪要》则云：“永历九年二月，延平王成功承制设六官。初，成功以明主行在遥隔，军前所委文武职衔，一时不及奏闻；明主许其便宜委用，武职许至一品，文衔许设六部主事。成功复疏请，以六部主事衔卑，难以弹压。明主乃赐诏，许其军前所设六部主事秩比行在侍郎，都事秩比郎中，都吏秩比员外。”这类记载未必可信。承制便宜设官本意为在军前收复地方等情况下，来不及请示暂行委任武将和地方文官，以统辖兵丁或料理地方，这和设立与朝廷相仿的衙门官员大相迳庭。所谓许设六品以下官盖指委任地方知县及军中监纪之类官员，而不是朝廷官员。从目前所见有限的永历朝廷文书和与郑成功同处东南滨海的原鲁监国旧臣的文献中几乎见不到郑成功自用官员职务。张煌言《北征录》内讲到南京战役时曾致书郑成功自设的“五军中军”张英，特地加上一句“即所号为五军者”，其不承认成功私署官职，微意存焉。本书指出郑成功的仿设朝官，并非“承制”，毫无站在永历朝廷立场上斥责其僭妄之意，而是着眼于分析明清之际战局的整个走向，郑成功的另搞一套和他在战略上坚决避免同李定国、孙可望会师都是他割据自雄思想的表现。

清廷在抚局完全破裂后，决定再次动武，派郑亲王世子济度统满、汉军南下福建。面对清方主力的迫近，郑成功采取的对策是扬长避短，主动放弃业已恢复的漳州、泉州两府属县，把兵力集中到海上。为了避免清军凭城固守和加强己方防务，郑成功下令诸将于征饷后拆毁漳、泉二府属邑的城墙和房屋，所得砖石木料用于建造和加固金门、厦门、州诸岛和滨海的海澄县城垣及营房。郑军收复漳、泉二府属县不到一年，漳州府属派饷银多达一百零八万两，泉州属县也达七十五万两，撤退时又夷为平地，这在军事上有其紧迫性，但后果势必失去民心，使自己立足之地越来越小。

郑成功放弃漳州、泉州大部分地区并不是单纯防御，而是在加强金、厦等岛屿防务的同时，分别派遣部将带领舟师北上浙江、南下广东，使入闽清军主力陷入进战无能，后顾有忧的困境。六月，他派前提督黄廷、后提督万礼统领十三镇兵员南下广东潮州府攻城征饷；七月，又派中提督甘辉、右提督王秀奇等率领陆战兵乘船北上会同定西侯张名振、忠靖伯陈辉部伺机进攻浙江、江苏。

北征的战役取得了相当大的成果。1655年（顺治十二年，永历九年）十月二十二日，甘辉、王秀奇部郑军进抵舟山，次日围城；张名振部也从崇明一带沙洲南下参加会攻舟山战役。清浙江巡抚秦世祯向朝廷报告：“自王师（指济度所统清兵）大进，兵力全注于闽中，而郑逆豕奔，贼众亦全注于海上。”“闽、浙逆众联合（指北上的甘辉部和南下的张名振部），有排山倒海之势”，“南北贼艘逾千，贼兵数万，围困舟山，声息不通。”二十六日，据守舟山城的清军副将把成功（按，把成功是蒙古族人，姓氏译音，《海上见闻录》写作巴成功，亦可）反正来归。明军收复了舟山群岛这一战略要地。清定关守将张洪德也率部归明。十一月，郑成功考虑到留守金、厦的兵力不足，左提督祥符伯赫文兴又病死，决定调甘辉等率主力回守根本，由总制陈六御“督定西侯张名振、英义伯阮骏等镇守舟山”。不久，张名振去世，死因众说不一。张名振在临终前把自己的旧部托付给监军兵部右侍郎张煌言，郑成功却下令由陈六御接管。次年清军再度占领舟山，陈六御阵亡，张煌言成了原鲁监国系统军队的主要领导人，继续同郑成功联合作战。

十二月十三日，甘辉、王秀奇等率部回到厦门。郑成功对把成功起义来归非常欣赏，改其名为把臣兴，授骁骑将军印管镇事。清台州副将马信在郑军北上时曾经派使者李国宝至军中接洽反正事宜。到1656年（顺治十三年）正月十二日，郑成功派忠振伯洪旭率战船三百余艘进至台州港，是日夜间马信借口“海贼临城，请议堵剿”，待文武官员到齐后，马信喝令把兵巡道傅梦吁、知府刘应科、通判李一盛、临海知县徐钰等逮捕。次日，开狱政囚，除将尚未建成的战舰烧毁外，带领部下兵马四百余名、家眷和府、县库存钱粮、兵器弃城乘船来归。郑成功大喜，授予马信挂征虏将军印管中权镇事。郑成功对把成功、马信和后来李必、王戎的来附特别优遇，原因是这些北方将领带来一批擅长骑射、惯于陆战的军队，正可弥补自身军队的不足。这和清廷的致力争取擅长海战的施琅、黄梧、苏利、许龙等人是同一个道理。

南下广东的郑军却不那么顺利。1655年（顺治十二年）八月初五日，黄廷、万礼统领苏茂、林胜等二十余镇将、兵丁六七万包围广东潮州府属揭阳县城，“黄廷围东门，万礼围北门，苏茂围西门，皆树栅开堑为久驻计”，林胜劄营于人家头乡阻击潮州府来援清军。同时，分遣兵将到各乡寨去征米征银。这月十三日，郑军击败由广州来援的清将郭登贤、张祥部，歼敌三百余人；二十五日又在狮抛球击败清饶平镇总兵吴六奇部，杀敌八百余名，清军伤亡逾千，狼狈而窜。到九月初七日，揭阳被围已一个多月，守将游击杨伦、知县段有黻等见内无粮草、外无救兵，请求郑军网开一面，以交出揭阳为条件，放他们逃出该县。经黄廷等同意后，清方官兵撤出揭阳，郑军入城委派了知县等官员，“设糜粥以济饥民”。明军乘胜于初九日克普宁县，十三日克澄海县。清广东当局大为震惊，他们探得李定国当时正在广西横州，其部下“靳、雷、高、李、吴、王”六将都已进至与广东接境的容县，平南王尚可喜、靖南王耿继茂、两广总督李率泰会商后，惟恐郑成功军趁势直下潮、惠，李定国军再入罗定、肇庆，就将陷入两面受敌，前途不堪设想。于是，他们决定趁李定国军尚在广西，首先出兵迎战郑军，抽调平藩下左翼总兵许尔显、靖藩下左翼总兵徐成功部与总督标下兵马共一万余名，会合潮州总兵刘伯禄、饶平总兵吴六奇等部七千余人，大举来援。十二月二十四日，清军在揭阳附近的琅山筑四大营盘，待机而动。清潮州知府“黄廷献令乡寨供粮草，当夫役，百里内竹木祠宇俱毁伐无存；老幼被拘者索取财贿取赎，使令稍不如意，即殴扑至死。又造事诬扳惨毒，无异闽寇”。

双方相持到1656年（顺治十三年）二月，黄廷召集诸将商议作战机宜，左先锋苏茂积极主张进兵决战，自告奋勇打前阵。金武营将郭遂第（即华栋）提出进攻时大军须过钓鳌桥，桥面狭窄，如果作战不利被迫后撤时将会遇到很大困难，因此他主张持重。经过一番争议，黄廷决定采纳苏茂建议，出城决战，由苏茂任前锋，前冲镇黄梧、护卫左镇杜辉继进，殿兵镇林文灿、援剿右镇黄胜为后援；黄廷亲自率领后劲镇杨正等抄出敌后夹击。不料，清方早有部署，先派出小股游骑佯抵一阵，等待郑军大部过桥后突然前后合击，把郑军截为两段。混战当中，苏茂身中两矢一铳，带伤突围而出，郑军阵势大乱，后撤时因桥面过窄，黄胜、林文灿二将和许多士兵被挤入河中淹死，兵员损失多达四五千人。二月二十五日，郑军再次同清军交战于东村渡，又被击败。郑成功接到揭阳战败的消息后，下令放弃该地，命黄廷率师登舟在广东海域探听永历朝廷消息后返航。三月十三日，黄廷领南征将士放弃揭阳、普宁、澄海三县，于揭阳港登舟出海。回到厦门后向郑成功报告舟师航行到大星所（约为今广东省惠东县南地名港口），探得“行在驻跸高、琼（今广东湛江地区和海南省），声援难通”，当时高州、琼州都在清方控制之下，黄廷连基本情况都没有弄清楚就扬帆东返，带回在潮州地区征得的饷银十万两、米十万石。

南征舟师回到厦门，郑成功立即召集文武官员会议处理揭阳丧师之罪。他提出苏茂轻敌致败，黄梧、杜辉不及时应援反而临阵退却都应该处斩，由于众将跪告求情，才仅斩苏茂一人，杜辉捆打六十棍，黄梧寄责，各戴罪图赎。郑成功御将之道以严著称，这在明末军纪涣散的情况下确有必要，但他的性格过于刚强，往往失之偏激。苏茂在揭阳战役中虽轻敌寡谋，但勇于进战，负伤突围，本应薄责示警，以观后效。郑成功把他处斩，首级传示军中，显然过于苛刻。据江日升记载，郑成功是因为获悉苏茂曾经掩护施琅，使他得以叛逃清方，怀恨于心，必欲杀之，这次借揭阳战败为由将其处斩。诸将不明底细，“咸有微言，曰：论茂揭阳之败，无非天意，岂战之罪？虽不从郭遂第之言，其气可以吞敌，何至于死？况茂战功难以枚举，非他人所可比，藩主如此施行，岂不令人寒心！郑成功见诸将不服，乃厚加殓葬，养其妻孥，自作祭文：“马谡非无功于蜀，然违三军之令，虽武侯不能为之改”云云。这显然是在玩弄权术。然而，郑成功更大的错误是在处死苏茂之后立即派黄梧和苏明（苏茂族弟）镇守海澄县。这里“阻山临海，两城对峙，夙称天险”，郑成功动员大量人力修建了坚固的城墙，屯积大量军械、粮食，使之成为进可以战，退可以守的大陆前进基地，同金门、厦门组成犄角之势。黄梧既牵连受责，心怀二意，就同“痛兄苏茂被戮”的后冲镇副将苏明密谋降清。1656年（顺治十三年）六月二十四日夜间，黄梧、苏明带领部下官八十余员，兵丁一千七百余名叛变，把海澄县献给清方。驻守海澄县五都土城的副将林明火速报告郑成功，成功大惊，派大将甘辉统诸将驾快哨船连夜开赴海澄，天亮时清兵已入城据守，甘辉等无可奈何，只能掩护林明部把土城内军械粮食搬运下船，返回厦门。海澄之失，对郑成功是一个重大打击，他叹息道：“吾意海澄城为关中、河内，故诸凡尽积之。岂料黄梧、王元士（知县）如此悖负，后将何如用人也！”。清廷得报黄梧、苏明以海澄县来归，欣喜不已，于八月十七日决定封黄梧为海澄公（这本是清郑和谈时准备授予郑成功的爵位），授苏明为都督佥事，不久加衔为右都督。黄梧叛明投清，受封公爵，大有平步青云之感。可是好景不常，他不久就发现这是清廷玩弄的政治权术。1657年（顺治十四年），黄梧部下的兵丁被清朝浙江福建总督李率泰调走，无权倒也罢了，可气的是位高而金不多。1659年（顺治十六年）他不得不向清廷诉苦，说自己投顺“已逾两载，而常禄未沾。前岁蒙大将军世子王月命有司暂给爵俸银三十两，而禄米概未有及”，他全家二百余口，不够吃饭，遑论其他。

这年（1656）八月二十二日，清宁海大将军宜尔德、提督田雄指挥满汉兵再次进攻舟山。明将阮骏等率领舟师迎战。到二十六日，清军全力来攻；阮骏伤重而死，总制陈六御、总兵张洪德、张晋爵、李廷选、阮凯、姜英等阵亡，残余明军乘船逃往外洋。次日，清军在舟山登陆，占领了这个群岛。由于当时清朝水战兵力和经验都还不足，为了避免1651年攻占舟山留军戍守结果被郑成功大批海师包围，守将孤立无援，被迫投降的情况再度发生，又为了防止明军重来以舟山为基地，清方文武官员商议后决定把该岛城郭房屋全部拆毁，居民统统赶回大陆。时任浙江巡按的王元曦在奏疏中说：“查舟山经岁之入钱粮不过四千四百余两，粮米不过七百九十余石，悉其所供仅亦锱铢，量其所费，当得钜万。……更有虑者，舟山民物渐集之后，贼以釜底游魂保无窥伺？是有舟山而有居有食，反起贼垂涎之心；无舟山而无居无食，反制贼必死之命。臣区区之愚，窃以舟山原系海外之地，或应暂置海外，无烦议兵增守，以示朝廷不勤远略之意。至于百姓，料亦无多，或于班师之日听其择便，愿为兵者编入卒伍，使之随行报效；愿归业者安插宁波一带，使之耕凿得所。”这一建议得到清廷批准，后来浙江巡抚佟国器在奏疏中谈到：“顺治十三年十一月间议弃舟山，业经奉文遵行讫。……惟是弃舟山之时，毁城迁民，焚毁房屋，当日虑为贼资，是以惟恐不尽。职查舟山旧城周围五里，仅存泥基，砖石抛弃海中。”顺治十五年（1658）郑成功、张煌言领军北伐，再次来到舟山，建造草蓬作为屯军临时处所。直到顺治十六年十二月，郑成功因为厦门吃紧，三次发出令箭调回舟山驻军，马信、陈辉部明军才在顺治十七年正月初八日放火烧毁草蓬，乘坐大小船只三百余艘南下金、厦。从这时起到康熙二十二年（1683），舟山群岛基本上成了一片废墟。

自从海澄县易手以后，郑成功的兵力虽然还相当强盛，但控制的地盘差不多仅限于金门、厦门、南澳等沿海岛屿。为了解决兵饷来源和扩大影响，郑成功除了通过各种渠道开展海外贸易，还亲自统率军队进攻福建省会福州。1656年（顺治十三年）七月，郑军攻克闽安镇，沿鼓山一线进军福州，被守城清军击败；郑军固守闽安镇长达一年之久，至次年（1657）九月才为清军收复。郑成功在九月间亲自视察了闽安镇一带的地形，认为这里是福州的门户，令工官冯澄调集民夫增筑土堡城寨，为长久之计，在罗星塔、肖家渡也拨兵戍守，由后提督万礼坐镇闽安，总督水陆防守。这一部署是在福州外围设置重兵，牵制福建清军主力。十二月，郑成功统舟师在福州以北的梅溪登陆，经飞鸾、白鹤岭攻罗源、宁德。清郑亲王世子济度派梅勒章京阿克善等将率军来援。郑成功采取诱敌深入的战术，大败来援的清军，阿克善也被击毙。罗源、宁德二县守城清军闭门不出，郑成功的作战意图本不在于占领该地，他分遣官兵到二县乡村搜括粮食，大约积足三个月之用后就主动撤退了。此后，他还曾多次派出军队到浙江、福建沿海地方筹集粮食。

1657年（顺治十四年）九月，清浙江福建总督李率泰利用郑成功主力进攻浙江台州，福州闽安镇守御力量单薄的机会，决定乘机攻克该镇，以解除福建省会的威胁。他同固山额真图赖、郎赛商议后，抽调满汉大批军队水陆三路进攻闽安镇。九月初七日先派水师出闽江口切断海上来援的郑军，初八日开始陆路分兵二支，一支由鼓山出发，一支由南台西路出发，大举进攻。参加进攻的军队除图赖、郎赛两固山额真统率的满军外，还有总督李率泰标下、巡抚刘汉祚标下军队，精奇尼哈番沈永忠部、提督马得功、总兵王之刚、苏明等部，兵力相当强大。而郑成功北上进攻浙江省台州时，抽调了后提督万礼部主力随行，在闽安镇只留下了五军戎政王秀奇节制护卫前镇陈斌、神器镇卢谦、前提督下右镇余程留守闽安镇，兵员不过数千人。双方自初八日开始激战，清军用红衣大炮猛轰闽安寨城，郑军兵单势薄，难以招架，十四日清军攻克闽安镇，驻守顶寨的右镇余程和部下战士全部阵亡。清军转攻罗星塔寨，据守该处的陈斌、卢谦兵力不敌，向郑成功紧急请援。因双方距离过远，救援不及。十五日，陈斌、卢谦在施琅的招徕下带领官兵一千三百人向清方投降，罗星塔要塞失守。清总督李率泰借口事先招降未顺，直至“已断粮饷，又无援兵”的困境下才被迫投降，决定以“犒赏”为名把陈斌、卢谦及部下官兵全部处斩。此外来降的尚有官弁一百二十一名、兵丁二千六百四十八人。闽安战役以清军获胜告终，不仅解除了省会福州的威胁，而且歼灭郑军五六千人。

关于郑成功的封爵，是南明史上比较费解的问题之一。导致后来史学家困惑的原因来自两个方面，其一是郑成功的幕僚人物在追记郑成功事迹时往往用后来更高的爵位叙述他早期的活动（这种情况现代也屡见不鲜）；另一原因是永历朝廷偏处云贵，郑成功等局促于东南沿海地区，中间为清统治区，朝廷决定加封官爵、铸造印章、撰写诰敕需要一段时间，而使者转辗于道，迂回陆路海上，动辄数月，殊非易事。因此从朝廷决定加封到使者开读诏书、颁发敕印，在时间上必有一个相当长的间隔，部分史籍记载上的差异即由此而来。

郑成功在隆武时期已封忠孝伯，但他自己极少用这一爵位发布文告，原因是隆武朝廷和鲁监国封了一批公、侯、伯爵，郑成功看不上眼，他宁可用赐姓、招讨大将军名义显示自己的独特地位。《小腆纪年》记永历二年（1648）十月永历朝廷加封郑成功为威远侯，永历三年（1649）七月封广平公。威远侯事不大清楚，封广平公的记载肯定是错误的。因为同书记载永历七年（1653）六月，封郑成功为漳国公。自1648年到1653年，郑成功的势力有很大发展，连李定国第一次进攻广东（1653）时也对郑氏寄予厚望，永历朝廷不可能仅仅在同等爵位上改封。永历七年晋封漳国公有可靠文献证实，在陈乃乾、陈洙纂《明徐闇公先生孚远年谱》内收有永历八年颁发给徐孚远的诏书，其中就明确称郑成功为“漳国勋臣”，证实了在这以前永历朝廷曾封郑成功为漳国公。郑成功大约由于上述原因，似乎从未用过这个头衔。直到永历十一年九月，朱由榔已迁入云南昆明之后，才决定进封郑成功为延平王，制作印敕完备后，派漳平伯周金汤等为使者取道广西、广东，航海至厦门，行册封礼。周金汤等到达厦门已经是永历十二年（1658，戊戌，顺治十五年）。现将《敕封延平王诰》转录于下：

克叙彝伦，首重君臣之义。有功世道，在严夷夏之防。盖天地之常经，实邦家之良翰。尔漳国公赐姓忠猷恺掣，壮略沉雄。方闽浙之飞尘，痛长汀之鸣镝，登舟洒泣，联袍泽以同仇，啮臂盟心，谢辰昏于异域。而乃戈船浪泊，转战十年，蜡表兴元，间行万里，绝燕山之伪款，覆虎穴之名酋，作砥柱于东南，繁遗民以弁冕，弘勋有奕，苦节弥贞，惟移忠以作孝，斯为大孝，盖忘家而许国，乃克承家铭。具金石之诚，式重河山之誓。是用锡以册封为延平王，其矢志股肱，修茅戟丕建犁庭之业，永承胙土之庥。尚敬之哉！

在这以后，郑成功和他的儿子郑经、孙子郑克塽一直以延平王的身分，奉明朝永历正朔，在东南沿海独树一帜。