舟山失守以后，鲁监国朱以海南下福建厦门。当时，部下的兵将还相当不少。郑成功把鲁监国的兵败来会，看成是建立自己独霸东南沿海局面的良机。邵廷寀记载：“郑芝龙之北也，遗书戒成功曰：众不可散，城不可攻；南有许龙，北有名振，汝必图之。”这件事可靠程度如何，姑不置论，但郑成功自从起兵以来基本上是按照郑芝龙的路子走的，即以闽海为根据地，对浙江以北、广东以西沿海武装不管是属明还是属清，一概视作异己力量，千方百计加以兼并。

鲁监国政权既然已经失去了自己的基地，飘泊无所，粮饷无源，客观上形成投奔郑成功的势态。这样，在鲁监国的文官武将中就出现了分化，有的转入郑成功部下，如闽安侯周瑞等人；有的则以寓客自居；定西侯张名振和监军张煌言始终只愿同郑成功保持同盟关系。这在以永历为“共主”的大前提下，自然是说得过去的。实际上双方的隔阂以至疑惧在许多史籍中都有蛛丝马迹可寻。史载张名振“至厦门见延平王郑成功，成功大言曰：‘汝为定西侯数年，所作何事？’名振曰：‘中兴大业。’成功曰：‘安在？’名振曰：‘济则征之实绩，不济则在方寸间耳。’成功曰：‘方寸何据？’名振曰：‘在背上。’即解衣示之，有‘赤心报国’四字，长径寸，深入肌肤。成功见之愕然，悔谢曰：‘久仰老将军声望，奈多憎之口何！’因出历年谤书盈箧。名振立命火之。于是待名振以上宾，行交拜礼，总制诸军”。这个记载只是反映了郑成功和他的部将对张名振的猜忌，以至于“谤书盈箧”，而说郑成功让张名振“总制诸军”则不符合事实。亲郑文人记载郑成功命张名振管水师前军，意思是把张名振变成郑军部将。以恢复明朝为己任的张名振当然不愿屈从郑氏。正是在这种微妙的情况下，张名振、张煌言决定率军北上，凭借自己的实力（即原鲁监国的军队）开辟抗清斗争的新局面。

1653年（顺治十年，永历七年）八月，张名振和监军兵部侍郎张煌言带领五六百艘战船向北进发，来到长江口的崇明一带沙洲。崇明城中的清军兵力有限，不敢出战，被围长达八个月。张部明军以崇明和附近沙洲为基地，如清方一分档案中所说：“筑圩耕种，近城十里之外，贼众充斥。百姓菜色相望，饥馑难支。为我用者恹恹待毙，为贼用者欣欣向荣。”“崇明产米之乡皆在平洋山前东、西阜沙，今被贼踞。”张名振部明军的进驻崇明沙洲只是为长江战役作准备，并不意味着已经进入长江。正如清朝兵部题本中所说：“若夫苏属之有崇明，犹浙属之有舟山也，俱孤悬海外，弹丸独峙，……”次年（1654，顺治十一年，永历八年），张军三次进入长江作战，这就是有名的“三入长江”之役。

关于张名振等三入长江之役，在南明史籍中记载最为混乱，连年月也众说纷纭。近人许浩基在所撰《郑延平年谱》中“永历七年癸巳三月张名振、张煌言请师之长江”条下特别加上按语，说：

名振与煌言凡三入长江，而未知初入长江为何年？又不知题诗祭陵为何年？各书纪载纷歧，莫知所据。《鲁春秋》、《东南纪事》俱作壬辰（1652）；《海东逸史》作癸巳（1653）；《小腆纪年》作癸巳初入长江，而甲午（1654）题诗祭陵；《台湾外纪》、《海上见闻录》亦作癸巳，而未言祭陵事；《南疆逸史》、《明季南略》则俱作甲午。尤有不可解者，全氏（指全祖望）撰苍水碑云，癸巳冬入吴淞，明年军于吴淞，会名振之师入长江，遥祭孝陵。甲午再入长江。盖癸巳之明年即甲午也，既书明年，下复系甲午，误甚。谢山犹恍惚其词，后人更难推测矣。

依据清朝档案，参之以张煌言诗文，再以当时亲身见闻者的记载补充，可以断定张名振、张煌言三入长江之役都在甲午年（顺治十一年，永历八年，公元1654年，但其第三次在十二月，按公历推算已至1655年）。经过情形如下：

1653年（顺治十年）秋，张名振、张煌言统军乘船由福建北上，九月到达长江口。这在清方档案中有准确记载，是年九月海上明师“联䑸突入黄浦港口”，当地百姓纷纷响应。清总兵王燝致江宁巡抚周国佐手札中说：“海邑人民听其愚惑，上海之衙役挟持县令竟欲开门揖盗。胥役人等公然包网。民心若是，内变堪虞。”又引上海知县阎绍庆的告急禀文说：“上海皆乐贼来，全无一人守城，终日持刀向知县项下逼之通贼，知县死在须臾，皂快为甚，等语。……”周国佐不得不亲自带领军队赶赴上海。张名振等统率的明军屯驻于崇明岛一带的三尖沙、稗沙、平洋等处，安营扎寨，积极联络内地的复明势力，并没有立即发动长江战役。

1654年（顺治十一年）正月十七日起，张名振、刘孔昭、张煌言等部明军乘船分批进入长江口，冲过狼山（今江苏南通市南面沿江重镇）、福山（与狼山隔江相对）、江阴、靖江、孟河、杨舍、三江、圌山（今镇江市境）等清军江防汛地，二十一日到达瓜州。明军在金山上岸，缴获清军防江大炮十位和火药、钱粮等物。张名振、刘孔昭、张煌言等带领五百名军士登金山寺，朝东南方向遥祭明孝陵，题诗寄慨，泣下沾襟：

予以接济秦藩，师泊金山，遥拜孝陵，有感而赋。

十年横海一孤臣，佳气钟山望里真。

鹑首义旗方出楚，燕云羽檄已通闽。

王师枹鼓心肝噎，父老壶浆涕泪亲。

南望孝陵兵缟素，看会大纛纛龙津。

甲午年孟春月，定西侯张名振同诚意伯题并书。

张名振部海师在镇江停留了两三天。清江南总督马国柱同驻南京的满、汉官员会商后，紧急派提督管效忠领兵由浦口、六合增援仪真（今仪征）、瓜州；阿思哈哈番尼堪领兵由龙潭救镇江。明军在清军到达之前，回舟东下。三月初六日，张部明军四五百号在扬州府属吕四场登岸，击败防守清军，缴获大河营守备印。这就是初入长江之役。

三月二十九日，张名振等率水师六百余艘再入长江，四月“初五日已至圌山”，初七日乘顺风溯流而上，过京口（镇江境内），直抵仪真，在仪真城外江中焚毁盐船数百艘。计六奇记：“四月初五日，海艘千数复上镇江，焚小闸，至仪真，索盐商金，弗与，遂焚六百艘而去。”顺治十一年七月山西道御史胡来相揭帖中说：“今春镇江盐艘被焚，岸市被掠，而财赋之区奚容致此，是防严未密，申饬不切耳。”同年十一月初六日工科给事中张王治在题本中说：“即如四月间，海贼直犯仪真，未能先事绸缪，遂致焚烧盐艘数百号，折耗课赋商本数十万，迟延至今未见两淮运司设策画谋，作何补救。坐视商疲课绌，则悠忽慨可见矣。”清江南当局急忙调兵遣将，对深入长江的明朝海师进行袭击。张名振等人在仪真停留的时间很短，就返航东下，撤回崇明一带的沙屿稗沙、平洋等处，是为二入长江。

五月十八日，张名振因兵、饷不足，亲自南下浙江温州买米七船，又到福建厦门面见郑成功，要求提供兵员、火药、器械。这时他的部分兵将仍留驻于崇明一带沙屿。郑成功答应派忠靖伯陈辉统水兵五千、陆兵一万、大船近百艘北上支援；张名振认为不虚此行，回舟北返。九月初六日，张名振部进抵上海县城下，清朝上海知县吓得瘫痪于地，城中百姓喧传张军乃“王者之师”，“有执梃而阻遏官府者，有包戴网巾者，有讹言惑众者，有恐喝官府者”。清江宁巡抚周国佐火速领兵来援，以屠城相威胁，才稳定了上海局势。十二月，张名振等率军乘船四百余艘溯江而上，过圌山，十八日由三江营驶过焦山，直抵南京郊外的燕子矶。清朝官员惊呼“咫尺江宁，势甚披猖”，江南江西总督马国柱、提督管效忠指挥驻守南京的满、汉兵丁“奋勇截杀”，“乘胜追至三江口外，非此一举则大江南北岌岌乎殆矣”，可见对东南半壁震动之大。大约在这年底至次年初，张名振的舟师才缓缓东下，退出长江。顺治十二年（1655）五月清朝新任江南总督马鸣珮在奏疏中写道：“上年十二月间，贼䑸由海入江，十八日至朱家咀，焚掳江西粮艘，……惟是朱家咀虽在江宁府上元县境内。……朱家咀堂奥也，镇江、瓜州门户也，今贼深入堂奥，岂能飞越而至。”又说：“朱家咀失事乃贼入犯京口第三次也。”这就是三入长江之役。

在考定张名振、张煌言率领海师三次进入长江的年月以后，下面可以逐节展开讨论这次战役的战略意图和各方配合的情况。