上文已经指出，1651年（顺治八年）清军攻破舟山后，鲁监国在张名振等统率的军队护航下借居于郑成功控制之下的金门、厦门一带。郑成功有意把鲁监国的兵将收编，遭到抵制后，双方保持一种联合大于摩擦的同盟关系。1653年，张名振等的统军北上既是为了重展雄风，开拓抗清的新局面，也是为了摆脱郑成功的控制。然而，郑成功却依然以上司自居，把张名振率军北上说成是自己所派。这在前引致李定国信里和永历朝廷给徐孚远等的诏敕里可以看得很清楚。郑成功藩下的文人按照这一口径记述长江之役毫不奇怪。如阮旻锡说：永历七年（顺治十年，1653）“赐姓驻厦门，遣前军定西侯张名振等率水师恢复浙直州县，并遣忠靖伯陈辉等一齐进入长江。”杨英《先王实录》所记大抵相同。后来的史家受其影响，都采取了这种说法。温睿临《南疆逸史》卷五十四《郑成功传》云：“张名振、陈辉之入长江也，焚粮艘，夺战舰，舟至金山，望祭孝陵，金陵闻之震动。”徐鼒《小腆纪年附考》卷十八记：“是年（顺治十年）春，名振请兵北上，与之兵二万，粮三艘。”这类记载人们已经习以为常，但显然严重有悖史实。第一，张名振等鲁监国的军队基本上是保持独立系统的，并没有变成郑成功的部属，北上长江时肯定同郑成功商量过，但不能说是郑成功所派遣；第二，张名振北上时带领的是自己的旧部（即原鲁监国军队），说成是郑成功拨给士卒二万，毫不足信；第三，把三入长江的张名振与郑系将领陈辉并提，显然是误以为陈辉不仅进入了长江，而且参加了战役的全过程，实际情况完全不是这么回事。

下面依据史实，对张名振等三入长江之役与郑成功的关系作必要的剖析。

首先要说明舟山失守后鲁监国的主力损失并不太大，张名振等统率南下金厦的兵员、船只还相当可观。顺治十一年五月清江宁巡抚周国佐揭帖中说：“夫洋逆张名振以十余年之积寇，舡近千艘，众约二万余人，且日事舟楫，久狎波涛。”同年十二月二十二日新任江宁巡抚张中元题本中说，“海寇张名振来犯崇明，联䑸千余号”，而郑成功则“栖居闽省，串通海贼，资助钱粮戈兵，以牵制江南、浙江之兵，使江浙之兵难至闽省会剿”。顺治十二年浙闽总督佟代残题本中也说：“浙有张名振，闽有郑成功，恶比穷奇，势成犄角。”他们依据自己的情报，把张、郑并提，并没有混为一谈。特别是顺治十年到十一年清方正同郑成功“和谈”，对郑成功军队的动向非常注意。郑成功为了避免给清方抓住破坏“和谈”的口实，在张名振领军北上时也确实没有派遣自己的军队去进攻福建以北的清统治区。何况，张名振麾下的将领和军队在史料中有不少详细记载，限于篇幅不能细说。某些史著把张名振描写成“光杆司令”，部下的两万余众得自郑成功拨给，未免疏于查考。

那么，郑成功派忠靖伯陈辉北上的情况如何呢？上文提及顺治十一年五月十八日即二入长江之后，张名振既未接应到上游东下之师，自感兵力不足，曾经南下福建厦门请求郑成功出兵相助。郑成功因为同清廷谈判受挫，答应派忠靖伯陈辉带水陆兵一万五千名北上支援。陈辉等奉命北上不仅是在二入长江之后，而且行动极其迟缓。清方档案记载，“陈辉、陈奇、黄大进、黄兴、林锡、蓝芳、施举、沈奇等连䑸八百余号，聚党数万余人，自顺治十一年八月十一日流突福宁三沙地方，劫掠攻堡，四民震恐，本府及左营将领、道标中军督率官兵与寇相持鏖战二十余日，……各逆因而失利，于九月初三等日始扬帆败遁北指。本道复令本府提师尾追堵剿至秦屿店、下沙埕一带，诸寇方舍闯入浙海而去”。顺治十二年“福建巡抚残题本”中说：“该道看得，海逆联䑸北上，自顺治十一年八月起蹂躏福宁各汛，随处堵剿殆无虚日；至今年五月二十七日贼船三百余只，贼首陈辉等六镇鸠集万余，抛泊官澳内，分一百号进钓澳，截我去路。”这两件档案证明陈辉的率舟师北上是在1654年八月间，而且在福建福宁地区进攻清方营堡，直到九月初才起航赴浙江、江苏海域。那么，陈辉部是否参加了这年十二月的三入长江之役呢？回答是也没有。顺治十二年三月初七日，清江南总督马国柱从来降的明游击罗西峰口中获悉：“张名振现有水艍、犁等舰八十余只、沙船四百余只。张名振曾向国姓夸口南下，故此国姓派陈辉领战船二百艘，并带有兵士；又阮四之大战船近百艘助伊。伊等于去年九月二十六日祭江，其声势浩大。船起航后，因张名振着陈辉降下旗纛，二人于濠头分裂。十月初五日抵达洋山，遇狂风，陈辉船顺风向温州黄华关以南之三都地方聚集。如此可断言其未来本地。阮四前曾行文国姓，请求招募南田之五六百户人家耕种官田，国姓准之，阮四乃屯驻于官田。是故虽经张名振屡次行文调兵，亦未能来。”这场“旗纛”之争的详情不大清楚，但作为郑军嫡系大将陈辉同张名振在距长江口不远的地方会师不过十天左右就闹翻了，陈辉率部南下浙江温州海域。张名振、张煌言的失望可想而知。陈辉的不肯参加入江战役，自然不是他擅作主张，而是奉郑成功之命。次年（1655）正月，郑成功给清福建巡抚佟国器的信中说得很明白：“自去岁议和之后，不佞遂按兵不动，即江淮截运之师，亦暂吊回；遣进浙西之旅，亦戒安辑；孙（可望）、李（定国）请援之兵，亦停未举。此示信于清朝，不可为不昭矣。”总之，张名振等进行的长江战役，郑成功给予的帮助是微不足道的。

张名振等三入长江之役尽管没有取得多大实际战果，他们深入虎穴的英勇献身精神极堪称道，而客观上的作用也不可低估。其意义在于：一是打击了长江下游清朝统治，暴露了清政府长江防务的脆弱。次年（1655）五月，清廷派固山额真石廷柱为镇海将军，领八旗兵驻防镇江京口；同年八月又重新设立江南福山、杨舍、江阴、靖江、孟河、永生各营及沿江汛兵一千八百名，并且把储藏在江宁库中的红衣大炮移至京口，算是亡羊补牢。二是以堂堂之阵、正正之旗，舳舻相接，金鼓齐鸣，直入长江数百里，对大江南北复明势力在心理上是一个不小的鼓舞。三是在战略上配合了李定国进军广东，迫使清政府不敢抽调江南附近的军队赴援广东。四是取得了入江作战的经验，后来郑成功大举进攻南京，由张煌言担任前锋乃是意料中的事。