孙可望自从把永历帝迁到安龙以后，朝廷大权已经完全被他掌握。所谓永历朝廷不过是个虚有其名的空架子，仅靠一小批扈从文武官员勉强支撑门面。军国大事都由孙可望在贵阳裁决，然后在形式上通知永历帝认可，日常事务则根本不关白朝廷。如史籍所记：“时可望假天子名号令中外，调兵催饷，皆不上闻。生杀与夺，任意恣肆。帝在安龙，一不与闻。”南明管辖区内的相当一部分文官武将除了奉行永历年号外，心目中只有孙可望这位“国主”，皇帝被置之度外。1655年（永历九年，顺治十二年），明恢讨左将军白某（大概就是白文选）给孙可望的四件启本被清军缴获，本中白某自称臣，用了“启国主御前”、“封进御览，以慰圣怀”之类的措辞。1654年固原侯王尚礼在云南鸡足山金顶寺铸造大铜香炉一座，炉上镌刻的铭文虽然用了永历八年的明朝正朔，却一字不提当今皇上朱由榔，一味地吹捧孙可望：“固原侯弟子王尚礼，率男广禄，原籍陕西西凉府固原卫群门所张城堡人氏。自丁亥岁躬随国主临滇，发心钦崇三宝，修严各山寺院。……仰赖佛光普照，上祈国主圣寿无疆，皇图巩固。……”这类原始文件说明孙可望已经放任或指使亲信部将拥戴自己登上皇帝的宝座了。他身边的一批文职官员也巧加迎合，乘机劝进。如兵部尚书任僎借天命倡言“明运已终，事不可为矣”，主张由永历帝禅位给孙可望；编修方于宣则为可望“定天子卤簿，定朝仪。言帝星明于井度，上书劝进”。早在朱由榔被迎至安龙的时候，孙可望曾经一度准备去安龙陛见。任僎却说：“国主欲进安龙，二龙岂便相见？”于是，孙可望连这个起码的礼节也没有举行。

值得注意的是，连在安龙永历帝身边的权臣马吉翔也为自身富贵着想，暗中依附孙可望。他对太监庞天寿说：“今日大势，已归秦王，我辈须早与结纳，以为异日之地。”天寿颇以为然，两人同孙可望派驻安龙的提塘官张应科等结拜兄弟，推心置腹地说：“秦王功德隆盛，天下钦仰。今日天命在秦，天之所命，人不能违。我辈意欲劝粤主禅位秦王，烦两公为我先达此意。”马吉翔还派人叫永历朝廷的郎中古其品画一张“尧舜禅受图”准备送给可望。古其品忠于永历帝，拒绝作画。马吉翔怀恨在心，私自报告孙可望。可望竟命人把古其品锁解贵阳，毙之杖下。1652年“六月，秦王有劄谕天寿、吉翔云：凡朝廷内外机务，惟执事力为仔肩。若有不法臣工，一听戎政、勇卫两衙门参处，以息其纷嚣”。当时在安龙永历朝廷中，马吉翔以文安侯掌戎政事，太监庞天寿提督勇卫营。永历君臣在孙可望派遣的提塘官、安龙知府和心怀异志的马吉翔、庞天寿的严密监视下，简直没有多少自由，完全变成了傀儡。孙可望的谕劄在安龙宣读后，永历朝臣大为震惊，不少人感到愤慨。吏科给事中徐极、兵部武选司员外郎林青阳、主事胡士瑞、职方司主事张镌、工部营缮司员外郎蔡等上疏劾奏马吉翔、庞天寿“包藏祸心，称臣于秦”。在朝廷自身的命运都操纵在孙可望手中的时候，忠于永历的官员劾奏马、庞二奸，不敢直指秦王，显然只是为朝廷稍存体面而已。

一些史籍记载，1654年（永历八年，顺治十一年）五、六月间孙可望曾经专程返回云南昆明，打算正式登基称帝。据说是由于选定的吉日良辰大雨如注，无法举行即位大典，实际上很可能是遇到内部阻力（如与孙可望地位相当又掌握兵权的李定国、刘文秀坚决反对）才未能如愿以偿。孙可望图谋篡位还表现在有时连朱明朝廷的正朔也弃置不用。例如，在湖南宝庆府紫阳河有一株很大的树，孙可望观赏后封之为“树王”，树干上刻“岁癸巳秦国主”。癸巳为1653年（永历七年）。次年八月在昆明举行了乡试，“父老相传此《题名录》刻秦甲午科字样”。孙可望在贵阳自设内阁、六部、科道等官，地方文官武将也一概自行任命，官印由明朝的九叠篆文改为八叠。这些措施固然有扫除南明朝廷用人惟贿、整肃官箴的积极意义，但实质上却是帝制自为了。有的史料记载，孙可望在方于宣等人参与策划下，“定仪制，立太庙，庙享三主：太祖高皇帝主于中，张献忠主于左，而右则可望祖父主也。拟改国号曰后明，日夜谋禅受”。孙可望取代朱由榔的图谋在紧锣密鼓中进行。