孙可望的叛变，是南明政权内部又一次大动荡。孙可望投降清朝固然对永历朝廷造成一些不利影响，但是，交水之战和随后的扫除亲孙势力，以大西军为主体的云、贵、川和湖广、广西的南明军队并没有多大损失。平定内乱后，以昆明和贵阳为中心的两个隐隐相对的实力集团得到了统一，这未尝不是好事。如果李定国能够同刘文秀等齐心协力，以永历帝为号召，联络郑成功、夔东十三家等各种复明力量，抗清形势必尚可观。

然而，李定国在处理善后事宜上，多少有些偏颇。1658年（永历十二年，顺治十五年）正月，大封剿逆各勋镇，白文选由巩国公晋封巩昌王，马进忠由鄂国公晋封汉阳王，冯双礼由兴国侯晋封庆阳王，马宝由安定伯晋封淮国公，马惟兴由兴山伯晋封叙国公，靳统武由平阳伯晋封平阳侯，祁三升由威宁伯晋封咸宁侯，高文贵由广昌伯晋封广昌侯，其余有功镇将也分别升赏。狄三品、王会、张光翠等人“以党附可望”的罪名降爵。驻守楚雄、永昌一带的王自奇、张明志、关有才曾经接受孙可望的密令，准备东犯昆明。孙可望败窜后，李定国本可以用朝廷名义对他们赦罪招抚，但他计不出此，亲自率军进攻迤西，“阵擒关有才，降张明志，自奇走腾越，穷蹙自刎。定国回省，适刘文秀获张虎于水西，槛送省城，同关有才磔于市”。在大敌当前之际，以内讧中的“功罪”大申赏罚，对于争取和团结内部，尽量减少损失，无疑是欠妥的。

李定国的失策更重要的是表现在同刘文秀的关系上。就历史渊源而言，李定国和刘文秀在原大西军中都享有很高的威信，联明抗清后两人既不像孙可望那样心怀野心，又多次独挡一面，指挥重大战役，在迎接永历入滇和平定孙可望叛乱等问题上都作出了贡献。自然，刘文秀的战功远不及李定国，但在当时稳定南明局势上，晋、蜀二王同为朝野所关注，合则兼美，离则两伤。可惜，李定国缺乏博大胸襟，未能对刘文秀推心置腹共度时艰。交水之战后，李定国留在云南，刘文秀领兵追拿孙可望，实际上负有稳定贵州以及与清方接境地区的任务。他虽然未能擒获孙可望，但安抚地方和军队的工作做得相当出色。到永历十一年（顺治十四年）十月间，刘文秀见贵州形势已经稳定，而同清方相持的明军仍据守着四川大部和湖广武冈一线，就上疏奏请永历帝移驻贵阳，这样不仅可以体现进取精神，也便于就近指挥，振作士气。永历帝同意了这一建议，命礼部择吉日起行。十一月，李定国在进讨盘踞永昌（今云南保山）的王自奇时，得知永历帝同意刘文秀迁都贵阳的建议后，大为不满，“驻兵永昌，上疏告病，请卸兵事”。永历帝拗不过李定国，“玺书慰劳，召回，迟延三月始赴阙”。永历十二年正月元旦，“李定国请尽撤川楚守边各镇将回云南。遂罢幸黔之议”。这是李、刘之间裂痕的第一次明显暴露。从当时形势来说，刘文秀的建议基本上是正确的，李定国反对移跸贵阳如果是考虑到永历帝秉性怯弱，距敌越远越好，加上移跸之时必然增加沿途各地百姓的负担，主张留驻昆明自有可取之处。但是，他的上疏告病和要挟永历帝撤回川楚守边诸将显然是针对蜀王刘文秀的。因为他的亲信部队主要集中在云南，而刘文秀安抚了贵州、四川、湖广的军队，定国不免有所顾忌，耽心移跸贵阳之后，刘文秀的地位将凌驾于自己之上。这年三月，李定国又建议永历帝召回刘文秀，不能不说是很大的失策。清廷正利用南明内讧、孙可望来降的时机调兵遣将准备大举进攻，李定国却心存芥蒂，把刘文秀和处于一线的将领调回大后方昆明，严重地削弱了前方指挥部署。这说明李定国在平定孙可望叛乱以后，对抗清大局缺乏全面考虑，注意力过多地放在巩固自己在永历朝廷中的地位上面。延臣金简等上疏进谏道：“内患虽除，外忧方棘，伺我者方雁行顿刃，待两虎之一毙一伤以奋其勇；而我酣歌于漏舟，熟睡于积薪之上，能旦夕否乎？二王老于兵事者也，胡亦泄泄如是。”这里说的二王是指晋王李定国和蜀王刘文秀。刘文秀对局势的危险有清醒的估计，他在追逐孙可望的过程中，注意收集孙可望部下兵将，多达三万余人，加以改编训练，打算用于守卫同清军接境地区。他的豁达大度收到的效果非常明显，孙可望虽然叛变了，跟着投降清朝的不过几百人，而且没有一个重要将领。这说明原先尊奉“国主”的大批将士在关键时刻是识大体的，不应心存畛域，加以歧视和打击。可是，李定国却缺乏广阔的胸怀，采取了一些歧视原属孙可望部下将士的错误做法，比如“以收获孙可望之兵名曰秦兵，滇省旧兵名日晋兵”，“由是孙可望之兵心懒矣”。甚至连在迎接永历帝入滇和粉碎孙可望叛乱中作出了重大贡献的刘文秀也受到冷遇。据记载，刘文秀追赶孙可望至贵州后，由于可望事先逃走，刘文秀就留在贵州从事善后事宜，重点是稳定内部，防止清军乘衅进犯。事情刚有头绪，李定国却向永历帝建议召回刘文秀。见面之后，永历帝本应慰劳一番，却一开口就质问孙可望是怎样逃脱的？刘文秀回奏：“彼时杀败孙可望之际，不料他走小路。臣带多兵只从大路追去。及至盘江细问，把桥兵云：不曾从此过。始知走小路奔逃，只得仍从大路追下，且可望仅马上不满百人，随处有马即换，他不说大败之故，谁不应承？连夜前去。臣只一日一站追，故追不及。臣到贵州，冯双礼云已去四日矣。即再发兵追之，已莫可及，可望故此得脱。”永历帝沉默了很久才说道：“若捉不住，原日也不宜追他。今追之不获，反激之投他处，恐滇南之祸不远矣。”朱由榔这一番话简直是语无伦次，难道在交水之战后让孙可望返回贵阳重整兵马就可以充当云南的屏障吗？刘文秀稳定贵州、四川、湖广一带功劳很大，李定国和永历帝把他和主要将领召回昆明，使刘文秀的善后工作未能有效进行已是重大失误，对刘文秀的乱加指责更使他心灰意懒。刘文秀的被召回，意味着被解除兵权，朝廷在晋、蜀二王之间已明显地倚重李定国，一些目光短浅的举措又使刘文秀深为不满。他内心非常苦闷，甚至私下对人说：“退狼进虎，晋王必败国。”把李定国比作孙可望第二，失之偏激，但他对定国大权独揽和处事不当表示反感大体上是正确的。这以后他日趋消极，“凡大朝日始上朝一走，常朝日俱不去”，“将一切兵马事务悉交护卫陈建料理，亦不出府”。不久发病卧床不起，永历帝和李定国都曾去探望，再三宽慰，派医调治。但心病无药医，四月二十五日刘文秀病卒。临终前，刘文秀上遗表云：“北兵日逼，国势日危，请入蜀以就十三家之兵。臣有窖金一十六万，可以充饷。臣之妻子族属皆当执鞭弭以从王事。然后出营陕、洛，庶几转败为功。此臣区区之心，死而犹视者也。”刘文秀在病危之时对国家大事仍萦绕于心，所提建议都是从大局出发，不仅不赞成歧视原大西军部分兵将，还主张应该同以原大顺军为主体的夔东十三家兵马紧密团结，共赴国难。言外之意是对李定国执掌朝廷大权后在用人行政上的失误提出了批评。