顺治十六年闰三月下旬，清军分路追剿南明军队，所过之处烧杀抢掠、无恶不作。洪承畴在三月间到达昆明，在四十多天里依据各道、府、州、县、卫、所的报告，给清廷写了一份奏疏说：

除各土府外，其迤东之云南府以及临安、曲靖、澄江、寻甸各府与迤西之楚雄、武安、姚安、大理、永昌各府，无处不遭兵火，无人不遇劫掠。如衣粮财物头畜俱被抢尽，已不待言；更将男妇大小人口概行掳掠，致令军民父母、兄弟、夫妻、子女分离拆散，惨不堪言。所存老弱残废又被捉拿吊拷烧烙，勒要窖粮窖银，房地为之翻尽，庐舍为之焚拆，以致人无完衣，体无完肤，家无全口，抢天呼地，莫可控诉。见今省城粮米照湖南新官仓斗每斗增价至一两三钱有余，每石价至一十三两有余；若照云南旧用大斗一石约有新仓斗二石，价至二十六两，犹无处寻买。军民饥饿，道死无虚日。其在永昌一带地方更为惨烈，被杀死、拷烙死者堆满道路，周围数百余里杳无人烟。真使贾生无从痛哭，郑图不能尽绘。职不知滇民何至如此其极也。

洪承畴描写上述云南惨况采取了“没头状纸”笔法，但显然说的是满洲八旗兵和其他清军一手炮制了这一系列暴行。同年十一月清云南巡抚林天擎劾奏“广西提督线国安随大军进剿云南迤西地方，大肆抢掠。及奉旨回粤，奸淫杀戮，暴虐更惨。乞立赐处分。得旨：线国安荼毒云南地方，抢杀淫掠，情罪重大，著议政王、贝勒、大臣速行严察密议具奏”。洪承畴、林天擎不敢直接指斥满洲八旗兵将，彭而述私下著作中倒是透露了一些他所见到的情况。在《邵兵纪事》一文里记载了清征南将军赵布泰的骄横奢侈（赵布泰，鳌拜之兄，或写作卓布泰，彭而述写作邵），说他“有弟方贵重，位上卿，举朝侧目”。

邵性卞急阴贼，不喜见士大夫，而又内有奥主，得一意行恣睢。由通、津达淮扬，船二百，用纤夫、水手凡四五千，兼昼夜醉饱用民，督抚以下隶之，人把其骭或扪其足跗，啖以儿豭、肥牛腱，爪颐淋漓，粲然喜，喉中磔磔有声。反是，竟日怒不释，或人不幸见之，若有父兄深毒刺骨者，反唇掀鼻不知何语，辄狺狺半响不休。予初率纤夫迎之衡山界马公堰，既而以争旗下房恚中丞，地方官各各重足。驻衡凡十三日，杂夫约六千余人，莝豆若干，鸡豚盐米若干，庵闾兰锜若干。衡地裹傜苗，地多埆，频年水旱兵戎，比屋流离，幸经略转饷镪属不至缺乏。独是非分之求，选扒杆造浮梁，征求诸色匠作，梅勒至厮养鲜有餍其壑者。一不遂则詈辱随之，将军从而生怒，未易了。

彭而述作为监司自称活了五十三岁从来没有见过这样穷于应付的差使，文章结尾叹息道：“噫，衡苦我乎！衡之苦不可言矣！”他写的往返湖南和云南的日记里也一再描述了满洲贵族军队或使者过境时的气焰嚣张，如顺治十六年六月“丁酉，晓晴，飞檄昆明县令扫除公廨以待。是夜鼓初下，使者至一里外，喝声如雷，人马羽箭奔腾而来，主人到羊豕无算，霍霍震邻。余居草屋，离数弓地，永夜喧聒不成寐”。

清朝统治者恬不知耻地把进军云贵说成是“救民于水火”，完全是颠倒黑白。顺治十七年三月初八日经略洪承畴题本中说：“三月初五日，又准云贵总督臣赵廷臣手札，内开：云南近状大不如上年。每市斗米一石实卖至二十五六两，沿途穷民有死于道途沟涧，死于寺庙破屋，死于山路田野，死于旁溪曲径，甚有母食其女，子弃其父，惨不忍言。”相形之下，云南在大西军和永历朝廷治理下连年丰收，“大熟”、“大有”、“百姓丰足”之类的记载不绝于书，直到1656年（顺治十三年）仍是“是岁秋成大有，民食有余”。1658年（顺治十五年）元旦，清军入滇前夕云南“兵民忙忙过岁，戊戌元宵仍放灯火花炮，甚似太平”。由此可见，云南社会生产受到严重破坏，百姓遭难，完全是以征服者自居的清军任情搜刮所造成的。

清军入滇后，大肆奸淫掳掠，引起了云南各族百姓的极大反感。元江府土知府那嵩忠于明室，实力较强，一直以保护地方、抗击清军为己任。永历帝退往缅甸时，特命加升那嵩总督部院衔，巡抚云南；元江知府一职由其子那焘袭任，又加那嵩之弟那仑为佐明将军，那嵩为怀明将军。黔国公沐天波也以次子沐忠亮入赘为那嵩之婿。这些措施表明永历朝廷希望那嵩能够联络云南各地土司配合李定国等部共同抗清，恢复云南。那嵩父子不负所望，他们趁人心未定之时，与总兵孙应科、赖世勋等秘密联络降清总兵高应凤、延长伯朱养恩以及石屏总兵许名臣、土官龙赞扬（或作龙赞阳，是龙在田的从孙）等迤东土司。到这年七月，那嵩认为联络已定，公开反清复明。清安远靖寇大将军信郡王多尼、平西大将军平西王吴三桂在九月初已向清廷报告：“沅江土知府那嵩、那焘父子主盟，勾连各土司歃血钻刀，真正作叛，若不剿除，则地方震动。且李定国将子妻送往沅江府为质，将金银财物抬送沅江土官，叫沅江并普洱土官由临安出兵，候大兵出边进剿，就来抢云南（指当时的云南府，即今昆明市）。”九月，许名臣领兵攻克石屏州，那嵩等人也分兵进攻蒙自等地，一时昆明以南迤东各地纷纷响应。当时，清军虽占领了云南主要地区，统治并不稳固。不仅李定国、白文选等南明主力尚在，一些边远地区仍在明朝将领占领之下。经略洪承畴、平西王吴三桂、信郡王多尼等惟恐元江举事将在各地引起连锁反应，决定集中兵力迅速平定元江。他们经过会商后，决定由多尼和固山额真宜尔德带领在滇满军一半留守昆明，固山额真卓罗带领另一半满军同吴三桂部于九月二十一日由昆明出发，经通海县往征元江。二十六日，清军进抵曲江驿，许名臣和龙赞扬撤回元江。十月初一日，清军重占石屏州；初九日到达元江，凭借优势兵力将该城包围。那嵩虽曾派兵出城劫营，被清军击退。吴三桂命降将杨威到城下喊话，声称那嵩只要将高应凤、许名臣缚献，就可以仍旧当元江府土知府。许名臣见清军势大难敌，要求那嵩接受清方要求把自己交给清军处置，换取元江军民的安全。那嵩毅然回答道：“吾三人共事，岂以生死易心乎？”拒绝了吴三桂的要求。吴三桂见那嵩矢志不移，又写信用箭射入明军营中，号召元江军民捆绑那嵩出降，否则屠城。那嵩针锋相对地射书城外，“备列三桂入关以来罪状，且署其衔曰：山海关总兵吴三桂开拆。”吴三桂恼羞成怒，挥军奋力强攻，元江城破。那嵩、那焘父子合家登楼自焚，那嵩、许名臣等自杀，高应凤、孙应斗等被俘。

那嵩、高应凤、许名臣等人在元江领导的抗清虽然是响应李定国的号召而发动的，在具体行动上却没有同定国商量。起事前，高应凤曾建议派人约李定国移兵北上永昌府，等吴三桂主力西进时，迤东各路义军乘虚直捣昆明，使吴三桂等部清军腹背受敌，可收全胜。这一合理建议未被那嵩采纳。元江起事时，李定国部驻于孟艮，遭到当地土司的堵截，为了使自己有个立足之地，他被迫把兵力用于平定地方。元江反清的消息传来时，他深为惋惜，顿足叹息说：“何不稍待耶！”元江地区的反清斗争由于孤立无援遂告失败。那嵩、许名臣等人的起事，是在整个形势逆转，许多明军将领先后倒戈降清的情况下进行的。他们面对强敌奋勇拼搏至死不悔的斗争精神实在难能可贵。

在元江反清运动被清政府镇压下去之后，云南、贵州的少数民族还多次举兵反清。贵州在1660年（顺治十七年）九月有郑成功派来的使者吕弘联络水西权时泰、贺鼎等谋攻贵阳；十一月有马乃土司龙吉兆、龙吉祥、龙吉佐“负固弄兵，遥为李定国声援”；1661年九月有刘鼎举兵反清包围定番州；1662年（康熙元年）有南京人常金印（据说是明开平王常遇春的后裔）同丁调鼎、倪生龙来到贵州水西，扬言“海上已立新君，国号平顺；晋王李定国尚在，谕令起兵”，水西宣慰司安坤、原明匡国公皮熊都参预密谋。1664年（康熙三年）正月，安坤聚众数万，以其叔安如鼎为总统，常金印自称荡鲁（虏）大将军湘平伯，制造印敕旗纛、给散纛付，“勾聚陈凤麟、高岑、吉士英、米应贵、熊国贤、戴胜、李万紫、陈国才等连结诸土府潜谋分路起兵”。三月初一日，吴三桂统兵北上，经乌蒙（今昭通）东进毕节、七星关入黔；同时檄令贵州提督李本深统领贵州四镇兵向大方推进，以收东西夹击之效。尽管清军在兵力上占了很大的优势，水西的反清运动仍然坚持了半年以上才被吴三桂等镇压下去，安坤、安重圣等被擒杀，皮熊被俘年已八十多岁，“面责三桂，三桂不能答。皮熊绝食十五日而死”。就在吴三桂领兵进剿水西的时候，云南迤东一些土司也准备乘衅而起，他们传布一种讹言说吴三桂已死于水西之役。1665年（康熙四年）三月，宁州土司禄昌贤，新兴王耀祖、嶍峨禄益、王扬祖、王弄土司王朔，蒙自李日森、李世藩、李世屏，石屏龙韬、龙飞扬，路南秦祖根，陆凉资拱，弥勒昂复祖，维摩沈应麟、沈兆麟、王承祖等联兵反清，明黔国公沐天波的幼孙沐神保被土司藏匿在新兴州，王耀祖联络各土司的信中说：“今沐氏有子在，事成奉以为主。”明开国公赵印选也被拥戴为号召之资，“众至数万，攻临安，陷蒙自、嶍峨、宁州、易门，围弥勒、通海、石屏、宜良等州县，各郡震动”。清云贵总督卞三元、云南巡抚袁懋功、提督张国柱调兵进剿，吴三桂也率部兼程赶回，分路击败各反清土司。赵印选、禄昌贤、王效祖、王朔、李日森、李世藩、沈应麟等先后被清军擒杀，直到这年十一月迤东各地方告平定。事实说明，顺治末至康熙初贵州和云南少数民族的反清斗争都同复明运动有密切关系。联系到孙可望、李定国、刘文秀等统率的军中都有大量西南少数民族的将领和兵员，可以看出在南明史上少数民族发挥了相当重要的作用，他们同汉族百姓一道为了反对清廷的民族压迫政策不惜流血牺牲，共同谱写了悲壮的史诗。