永历帝进入缅甸，李定国在磨盘山战役中失败后引兵沿边境南撤，互相间的联系逐渐削弱。受李定国派遣负有保护永历皇帝和朝臣、家属责任的靳统武、梁杰等将领眼看朱由榔和随从已经进入缅甸境内，并且接受了缅方解除武装的要求，他们既不敢阻止皇帝的行动，又不愿自动解除武装流亡异邦，因此，靳统武等也带领部下兵将由铜壁关追随李定国部主力向南撤退。

闰正月二十九日，巩昌王白文选领兵由雪山平夷攀崖附木来到陇川。二月十五日，同李定国军相会于木邦。两人都认为云南内地虽然被清军占领，散处在云、贵、川的兵力还有不少。永历朝廷的逃入缅甸，对诸将的坚持抗清必将在心理上造成极为不利的影响。因此，他们感到当务之急是把永历帝从缅甸接回国内。经过商议以后，由白文选先领兵进至磨整、雍会，这里已是缅境地区。由于天气炎热，白文选命令部下卸甲解鞍，在树阴下休息，派出两名使者找寻缅甸地方官通知这次明军入缅只是为了接回永历皇帝。不料使者在途中被缅人杀害。白文选又派十名骑兵前往说明情由，又遭到缅兵击杀。当时缅甸官员有一种错觉，以为南明皇帝入境避难，明朝的军队大概剩下的不过是一些散兵游勇，已经不堪一击。他们看到白文选军中有不少马匹，就派出一二百骑闯入明军营中抢马。白文选大为震怒，下令整顿兵马，立即反击。缅方抢马的士卒被文选部下兵将追到河边，纷纷溺水而死。缅军主力（据文献说有“数十万”，可能失之夸张）在江对岸列阵，准备迎战。白文选命令部下士卒砍伐树木编造筏排，渡江作战。缅军自恃人多势众，对南明军队看不上眼，主事大臣变牙简说：“汉人无状，然亦不多，须俟其尽渡，然后扼而尽歼诸江中可也。”文选兵坐在木筏上鱼贯而渡，刚渡过一百多骑兵，文选在对岸下令吹起号角，百骑一鼓而前，缅军抵敌不住，阵势大乱。明军占领滩头前进基地后，文选主力陆续渡河，全面进攻，缅军大败，被杀伤兵据说在万人以上。缅甸当局这才知道明军强劲，收兵入城据守。白文选意欲攻城，又担心城内的永历帝的安全，不敢莽撞行事。缅甸官员质问朱由榔：“尔到我家避难，云何杀我地方？”永历帝并不知道白文选率兵前来接驾的详情，回答道：“既是我家兵马，得敕谕自然退去。”随即派官员赍带敕令命明将退兵。缅甸当局惟恐永历使臣同白文选见面后，各自了解对方情形和缅甸态度，不让永历官员出城，而自行派人将敕文送至白文选营。文选叩头接受敕文，当天就下令退兵。

四月间，明将广昌侯高文贵、怀仁侯吴子圣也率领一支兵马入缅迎驾，但他们所取的道路同白文选不一样，大致上就是永历帝入缅的路线。高文贵、吴子圣的军队遭到缅甸当局阻止，他们自以为并没有侵占缅甸领土的意思，不过接出永历君臣罢了。于是，决心动武，杀入蛮莫。缅军抵敌不住，又逼迫永历帝发敕谕责令高、吴退兵。朱由榔一味迁就，派吏部郎杨生芳、锦衣卫丁调鼎前往敕令二将退兵。高文贵、吴子圣接到谕旨后被迫从布岭退兵；文贵忧愤于心，不久病死；而杨生芳、丁调鼎回到流亡小朝廷后，竟以退兵有功，“升秩有差”。永历皇帝甚至在马吉翔和太监李国泰的怂恿下发出敕令给缅甸各守关隘官员说：“朕已航闽，后有各营官兵来，可奋力剿歼”，借以换取缅甸当局的欢心。

当时，李定国、白文选部活动于滇缅边境一带，同据守福建海岛的郑成功、张煌言部等拥明势力还断断续续保持着秘密联系，当然知道永历帝仍在缅甸，并未“航闽”。因此，仍然不断地派遣使者甚至出兵迎接永历君臣。1660年（顺治十七年，永历十四年），白文选率领兵马一直推进到缅甸都城阿瓦附近，九月间永历朝廷收到晋王李定国迎驾疏和致廷臣书，其中写道：“前此三十余疏，未知得达否？今此缅王相约，何地交递？而诸公只顾在内安乐，全不关切出险一事，奈何？奈何？”缅甸当局又要求永历帝发敕书退兵，明军等候多日，不得要领，只好拔营而回。

1661年（顺治十八年，永历十五年）二月二十八日，巩昌王白文选托缅甸人秘密送上奏疏说：“臣所以不敢连破缅者，恐缅未破而害先及于皇上尔！为今之计，令多方委蛇，使缅送驾出来为稳著。”朱由榔当时在缅甸的日子已经相当不好过了，在玺书中恳切地盼望李定国、白文选能够迎驾成功。过了五六天，缅甸百姓传说白文选已经在七十里外搭浮桥准备渡江来救出永历君臣。不料几天以后消息传来缅军已把浮桥蔑缆砍断，明军无法渡河，最后一次挽救永历朝廷的入缅军事行动以失败告终。这年三月间，沐天波见缅甸当局派兵看守永历君臣，知道情况不妙，同原属晋王的总兵王启隆商议，歃血定谋组织敢死志士数十人杀掉马吉翔、李国泰，保护太子突围投奔李定国、白文选的队伍。这一密谋很快被马吉翔、李国泰察觉，他们谎奏永历帝说，沐天波、王启隆私下勾结缅甸准备谋害皇室。朱由榔没有弄清情况，就下令把沐天波的家丁李成、王启隆的家丁何爱各付其主立即处死。沐天波，王启隆虽未因此遇害，他们为了挽救明室的最后一片苦心却化作了泡影。

在这以后，还有黎维祚充当在缅的永历帝与在边境地区的李定国等营的秘密使者，作迎驾出缅的最后努力。黎维祚曾经任职永历朝廷，朱由榔进入缅甸以后，诸将分别率领部下士众转入边境土司管辖区。在势同瓦解的情况下，黎维祚遍走各营，劝以大义，残存各藩镇都为他所感动，具表迎驾。黎维祚把诸将迎銮表文藏在挖空的木棒之中，于1661年（顺治十八年）九月十八日到达孟艮府，面呈晋王李定国。定国深表赞同，十月初六日发给令谕一道，其中云：“今皇上入缅，势已危急，若能走通声息，懋建奇功，决不负若。当即为若转奏。”维祚随即赴缅，历尽艰辛到达阿瓦城，因缅人防范甚严，不能面见，托人转呈永历帝。朱由榔阅疏后，十月十五日给敕书云：“皇帝密敕沥胆将军黎维祚，据晋藩奏，尔忠肝贯日，义胆浑身，穿虎豹，趋辰极，烈风劲草，殊轸朕怀。兹授尔沥胆将军督理滇黔楚蜀，遍历诸勋将士，山林隐逸等，谨慎图防，枕戈以俟。候晋、巩两藩举师，四路策应，旦夕是图，勿迟勿忽。”另外还给予空白敕书百道、印三颗。黎维祚把敕印藏在小船底部夹板之内，船上设置神像，敲击钲锣而行。到达孟艮后，定国大喜，命他转报各营将领。联络初定，黎又于十一月动身入缅复命。行至腾越，缅方已经把永历帝献给清军。黎维祚痛心疾首，在得到清将允许后入见永历。朱由榔对他大哭，维祚泪流满面地说：“事今至此，臣惟疾奔告诸营整兵于要道接驾。”他的意思是估计吴三桂、爱星阿等人将把永历帝押送北京献俘，计划联络忠于明室的将领于途中救出。朱由榔说：“儿子，尔可致意十三家等，若能救我出，我只愿修行去。”哽咽不能言。“手剪御衣一片，密写敕付即行。”黎维祚“昼夜兼程抵荆侯营，谋共于贵州偏桥劫驾”。不料清方也考虑到路途遥远，地方不靖，决定将朱由榔父子在昆明处死。黎维祚计划落空，佯狂而遁。这件事在陈起相《沥胆遗事》一文里有比较详细的记载。