鲁王朱以海在1645年（顺治二年）七月出任监国以后，在东南沿海的抗清事业中作出了相当大的贡献。1651年（顺治八年）清军攻陷舟山，鲁监国在张名振等的军队扈卫下移居金门、厦门，由于郑成功不承认监国政权，而在西南建立的永历朝廷基本上得到了包括郑成功在内的南明各方势力的一致拥护，1653年三月，朱以海也承认了永历帝的正统地位，派使者上疏提出退位归藩。永历帝为了维护朱明王朝对东南地区的影响，仍然让他保留监国的名义。但这并没有多大实际意义，福建沿海的抗清实力基本上控制在郑成功手里，朱以海只是作为“寓公”过着寄人篱下的生活。

1661年（顺治十八年）永历帝及其太子被清军俘获，明统告绝。东南沿海的一些忠于明室的文官武将又重新酝酿拥戴朱以海出面组织朝廷。但是，掌握实权的郑成功父子对此毫不热心。次年（康熙元年）五月，郑成功突然得病去世。张煌言等一心以恢复明朝为己任的官绅志士立即提出由鲁监国继统。《海东逸史》卷二载：“五月初八日，延平王郑成功卒。海上诸臣议复奉王监国。”这一记载并不准确。“海上诸臣”商议的并不是“奉王监国”，而是拥立朱以海为皇帝。张煌言在这年七月《上鲁监国启》中说：“为国难已极，天命宜还。伏乞早定大计，以存正统，以图中兴事。春来阅邸抄，知去年十一月，缅夷内变，导虏入缅，致我永历皇帝蒙尘，一时扈从宗室官员无一得免。……但中华正统岂可久虚。只今胡亦以诸夏无君，遍张伪檄，荧惑视听。四顾敷天，止海上尚留左袒。臣以为延平藩（郑成功）必当速定大计，以申大义，亟誓大师，以报大仇。而至今寂寂，道路谣传又有子弄父兵难信之事（指郑经在众将领支持下违抗成功之命）。……计惟在闽诸勋镇，正在危疑之际，不若急用收罗之术，以为拥卫之资。然后速正大号，使天下晓然知本朝尚有真主，中国自有正朔。……臣今拟上诏书一道，伏祈主上密与宁靖王及诸缙绅谋之，发愤为雄，以慰遐迩。”当时他在浙江濒海军中，还不知道郑成功病逝。八月间，张煌言得到郑成功在台湾去世的消息，又曾两次启奏鲁国主，其中讲到：“去冬缅甸之变，君亡臣死，天下已无明室矣。止海上犹存一线，而主上尚在龙潜，真乃天留硕果。自当誓师讨贼，以维系人心，以嗣续正统。昔莽移汉鼎，光武中兴；丕废山阳，昭烈践祚；怀愍北狩，晋元称制；徽钦蒙尘，宋高继立。以视今日，谁曰不然。”张煌言明确地表达了他认为在永历朝廷覆灭以后，当务之急是拥立朱以海为帝，借以存有明之正统，号召远近，致力于复兴事业。然而，郑经对鲁监国态度的冷淡却较其父有过之而无不及。如张煌言启本中就提到：“八月八日，御史臣陈修捧纶音至臣营。臣焚香开读，知主上薪胆忧危，较昔倍甚。臣南望仓皇，罔知所措。”另一件启本中说“顾岛上勋贵，罔识春秋大义”，批评了郑经之流不能从大局着眼。更令人惊奇的是在张煌言《答闽南缙绅公书》中竟然出现这样的句子：“日来浙直老稚，喧传鹭左勋镇绅衿，复奉鲁王监国。正在疑信间。及接老先生公函，谆谆以鲁国主玉食为商。”“今不幸延平殿下薨逝，大丧未毕，繁费难支，即军储尚恐不给，何暇言及宗禄。旁观者岂不谅当事苦心？”“然我辈所为何事，而致亲藩流离琐尾，饥饿于我土地，非特诸勋贵之责，亦诸老先生之羞也。若新府（指郑经）肯敬承先志，敦厚天潢，哀王孙而进食。又何烦不肖之片芹寸曝哉。”透过张煌言的启本和书信，不难看出郑经掌权以后，鲁监国的“宗禄”被停发，日常生活都不能保证，还谈什么即位做皇帝。张煌言当时只有少数兵船驻泊于浙江沿海僻岛，用他自己的话来说：“臣以孤军，孑处荒壤，夷艘星列，五倍于臣，而臣又无蚁子之援。臣日夜枕戈，与死为邻，亦以死自誓。若轻为移跸（指从金门迎出鲁监国），则风鹤频惊，臣罪谁倭？倘仍栖浯岛（即金门），窃恐号召既远，复与臣呼应不灵。”处于焦虑两难之中，张煌言仍抱一线希望，“犹幸旧主之在”，拥明诸绅衿将领“或能旋乾转坤”，“首为拥戴”。可是，这个希望很快就化作泡影。朱以海当时正值中年，但身体状况却不佳，长期患有哮喘病，这年十一月十三日“中痰”去世，享年四十五岁。

张煌言在鲁王病死后，对前途感到完全绝望。他始终是一位抗清志士，而不是一个独善其身的人。何况他对郑氏父子的所作所为常有异议，所以没有像其他一些官绅那样跟随郑氏移居台湾，满足于保住先人衣冠头发。复明运动的旗帜既已不复存在，继续同清军作战也就失去了意义。1664年（康熙三年）六月，他下令解散自己部下的军队，只留下几个亲信居住于人迹罕至的悬山花岙，这是个距离舟山不远的孤岛。由于岛中不产粮食，日常所需不得不以寺庙和尚的名义前往舟山购买。清浙江提督张杰从降将处探知张煌言藏身于附近海岛，就派遣兵丁潜伏于舟山的普陀、朱家尖一带，不久果然截获了张煌言的购粮船，当即利用所获船只连夜赶往花岙。七月十七日天色未明时分，清兵出其不意地突然闯入煌言居室，煌言及随从被活捉，搜出永历帝颁发的“视师兵部”银印和九枚关防。张煌言被俘以后，断然拒绝了清政府的招降，在押解到宁波、杭州直至就义之前，写下了许多壮丽诗篇。如《被执过故里》诗云：“知者哀其辱，愚者笑其颠。或有贤达士，谓此胜锦旋。人生七尺躯，百岁宁复延。所贵一寸丹，可逾金石坚。求仁而得仁，抑又何怨焉？”《甲辰八月辞故里》诗更是脍炙人口：“国亡家破欲何之，西子湖头有我师。日月双悬于氏墓，乾坤半壁岳家祠。惭将赤手分三席，敢为丹心借一枝。他日素车东浙路，怒涛岂必属鸱夷。”九月初七日，张煌言在杭州遇害。在南明为数众多的人物中，张煌言的地位并不显赫，然而在长达二十年的抗清斗争中，他历尽了艰难险阻，处处以大局为重，几乎是一位无可挑剔的完人。黄宗羲为他撰墓志铭说：“今公已为千载人物，比之文山，人皆信之。余屈身养母，戋戋自附于晋之处士，未知后之人其许我否也”可谓定评。