在形势急剧恶化的情况下，原来坚持抗清的一些领导人丧失了信心，先后率部向清朝投降。其中最著名的如据守长江南岸施州卫（今湖北省恩施）一带的荆国公王光兴的降清。当清军开始围剿夔东义师时，他还拒绝清方招降，回信说：“当日郧阳一举，至今泪滴九原”，“不佞首阳饿夫耳，老此地云云”，表示鉴于其兄王光恩无辜被杀，同清廷誓不两立。康熙二年（1663）十月，他却和永历朝廷任命的巡抚蒋尚膺一道带领部下兵丁七千余名向清朝湖广当局投降。康熙三年（1664），永历朝廷委派联络夔东各支义师的最高官员总督部院毛寿登也屈膝降清。甚至原大顺军旧部高级将领马腾云、党守素、塔天宝也觉得大势已去，在这年二月间带领部众向清军投降。

这样，到康熙三年春天，原来的夔东十三家只剩下李来亨（永历朝廷封临国公）部仍然坚持于湖北兴山县境内的茅麓山区，以大无畏的气概抗击着三省清军和增援的满洲八旗兵共达十万之强敌。清靖西将军穆里玛统兵到达茅麓山下后，自以为兵精将勇，为了收取全功贸然下令向山寨发起进攻。李来亨指挥部众凭借山险予以迎头痛击，满洲兵坠崖落涧，伤亡惨重，镶红旗副都统贺布索、一等阿达哈哈番桑图、穆里玛的第三个儿子苏尔马都被击毙。穆里玛追悔莫及，改由汉族军队打前阵，满洲兵督战，实行长期围困。满洲八旗兵在茅麓山区吃尽了苦头，直到凯旋回京以后仍然心有余悸。嘉庆年间，礼亲王昭梿在书中写道：“康熙初，命图文襄公海为督师，同川督李公国英、护军统领穆公里玛率三省兵会剿。诸将皆于层岩陡壁间，草衣卉服，攀援荆葛而进，逾年始荡平其巢穴。故今京师中谚语有其事险难者，则曰：‘又上茅麓山耶！’则当日之形势可知矣。”

二月初，四川总督李国英、提督郑蛟麟接到穆里玛咨文，领兵进抵茅麓山南面的黄龙山参加围剿。李国英同穆里玛、图海等观察了地势，“见逆寨高险异常，周围一百五十余里”，强攻难以取胜，但当地山岚陡峭，地瘠民稀，粮食等物资不能自给，因此他们决定采取长期围困的战术，由三省官兵会同满洲八旗兵分汛连营扼守。为了达到困死明军的目的，清军构筑木城，挑挖堑沟，树立排桩，切断明军同外界的一切联系。木城是为清军驻守而设立的，城外挖掘阔深各八尺的濠沟；濠外埋设一道五尺宽的排桩，名为梅花桩。其形制是用长五尺、围一尺的圆木一半埋入地中，地面桩高二尺五寸，各根木桩之间相距仅五寸，参差排列，状如梅花。这项耗费巨大人力、物力的工事完成以后，给李来亨部明军的行动和军需供应造成了极大的困难。

双方相持了几个月，李来亨部贮积的粮草消耗得差不多了，求战不得，被迫拼死突围。六月十五日深夜，李来亨亲自率领总兵五名、精兵数千名分路进攻清军防线，另派三名总兵带领士卒旁攻，牵制他部清军赴援。明军抬着云梯、盾牌，手持钩镰大斧，砍断木桩，填平沟堑，“炮矢如雨，蜂拥攻打”。由于清军防御严密，突围未能成功。闰六月初九日夜晚，李来亨再次率领数千名士卒向清军阵地发起猛攻，“枪炮齐发，势如风雨骤至”。明军战士“莫不奋臂争呼，拼死力战”。因双方兵力对比悬殊，明军虽“连攻五阵”，结果仍被清军击退。两次突围的失败，使李来亨深知打破清军重兵包围的希望已化作泡影，但他仍然大义凛然地决心与阵地共存亡。他把清方派来招降的叛徒李有实处斩，表达了宁死不屈的高风亮节。清军见劝降无效，进一步挑深濠堑，加固工事，以求不战而胜。

八月初四日，寨内粮食全部吃完了，军心不稳，少数官兵私自逃出向清方投降。李来亨知道已经到了最后关头，他先把妻子杀死，放火烧毁房屋，然后自缢而死。我们对李来亨的情况至今了解得并不多，只知道他是李自成的侄儿李过的养子，在大顺军联明抗清后才崭露头角，他带领的军队估计就是李过（李赤心）在南宁地区病死后留下的部众为骨干转战到夔东地区以后扩充起来的。鄂尔泰主编的《八旗通志》《穆理玛传》记载茅麓山战役时，说“来亨子率四千余贼筑城垛，排列枪炮挨牌拒敌”。李来亨有儿子能领兵作战，没有见到其他史籍记载。虽然我们对李来亨的生年和早期情况都不清楚，甚至连他的儿子的名字也难以查考，李自成祖孙四代在明清之际为反抗明朝和清朝统治者的暴政而英勇献身的精神确实令人钦佩不已。李来亨父子牺牲后，部下士卒除少数投降外，都在混战中壮烈捐躯。清朝将领惟恐有明军将士潜藏逃出，派了大批兵丁“四山搜剿”，穷凶极恶地实行斩草除根，用他们自己的话说是“扫穴无遗类”。至此，以原大顺军余部为主体的夔东抗清斗争坚持了二十年之久，以失败告终，大陆上公开以恢复明朝为旗帜的武装抗清运动结束了。

清政府为摧毁茅麓山这一弹丸之地，付出的代价是极其巨大的。投入的兵力多达十万以上，据李国英的描述，四川清军和驻防西安八旗兵由南面和西面，湖广清军由东面，陕西清军由北面，把茅麓山区一百五十余里的地方团团围住，清军主帅靖西将军穆里玛，定西将军图海驻于茅麓山南面的黄龙山督战，相持在半年以上。附近各省为运送军粮、物资、服其他劳役而征发的民夫更是不计其数，使百姓们承受了难以忍受的负担。王夫之记载：“而□（虏）兵督挽运，丁夫死者积崖谷，益峻法驱里民，三千里外诸军负挽，披蓑笠，缘绝峭壁蚁行，延绵弥望不绝。”李国英之子李雯也写道：“先是楚运自西瀼、渣溪起旱（即由船运改为人挑肩负的旱运），用夫背运至茅麓山。道里险远，往返不下半月，运既无多，夫多饥毙。”康熙二年（1663）湖南宁乡人陶汝鼐作《西山行》诗云：

西山旧将久不服，高据巉岩最深谷。绝缴孤悬楚蜀间，中原已一无秦鹿。何妨弃置守其疆，以逸待劳俟穷蹙。一旦张皇大用兵，仰攻四面如缘木。转输骤檄百万人，风雨雷霆驱比屋。正是萧莆寒食时，长沙一路从军哭。抛田应募五千余，顷刻民间空杼柚。大吏轰轰小吏愁，奸胥更喜剜民肉。纷纷鬻子叹仳离，我亦沾襟遣童仆。此去死生那得知，更番且喜还家速。仆夫垂泪向我言，人力如今贱如犊。西山上天下及泉，负挽步步石磨腹。烈日炙顶渴欲僵，百钱买浆才一掬。摇足便堕万丈崖，死者还遭勾摄牍。泣谈未了催檄来，增夫更饷巴东陆。巫山三峡又崎岖，魂魄初收岂堪复？吁嗟再遣诚万难，髓竭膏枯惨心目。谓天盖高胡不闻，六月炎炎书此竹。

康熙初年任浏阳知县的侯朴也在一首叙事诗中写道：

……加之西山役，繁重不可当。夫草数千万，长驱解荆襄。卖牛卖儿女，赔绝赔逃荒。无计能活口，移徙走他。所以五十都，都都鲜全庄。于中逃最多，东乡与坊厢。伶俜几孑遗，鹄面而羸尪。我闻父老语，泪下沾衣裳。愿言勤抚字，拯救此一方。

这真可谓长歌当哭，道出了民间几多辛酸。在地方志里更留下了这方面的许多记载，如湖北《安陆府志》记：“康熙二年，……民役西山，起运夫于各州县，往来死伤甚众。”《松滋县志》记“顾觅运夫”云：“锋镝余生，闻征鼓则返走，见旌旗则魂消。一听派取粮石、人夫运米随征，男儿嚎于道，妇子泣于室。视入山一路不啻刀山剑树矣。”“二十三里（这是指里甲的里）携妻挚子担囊负耒逃匿数百里外者踵相接也。”“况当事者复迫于军情重务，或差舍严催，或亲临督比，数十万呼庚呼癸之众，嗷嗷待哺，能为我凋残之松民宽乎。”《当阳县志》记载：“康熙元年壬寅，李来亨等盘踞竹、房、兴、巴一带，凭险不下，奉旨三省会剿，秦军上庸，蜀军巫山，楚军当阳，转输络绎往返，兵夫不下数百万。”《枝江县志》载：“康熙元年壬寅冬，王师征剿西山，民苦夫役”，“三年中枝民流离转徙日以百户计。”连远在湖北东隅的广济县，康熙二年“西山之役，济一岁索夫三千一百七十焉”。湖南《安福县志》记：“康熙二年……民役西山，死者十之五”。甚至有的地方还因为夫役负担过重发生哗变，如湖北大冶县，“康熙三年春正月，运夫哗。西山用师，县派民夫运粮，轮至第三批三百余人，中路逃归，拥聚北关外，左公铉等倡首，要索公县，抢掳后衙与猾胥之家。县官屏匿数日始去。而公铉自称左将军。上檄招安，至县，鼓吹迎之。公铉益恣”。这些零星史料透露清政府围剿夔东抗清武装给湖北、湖南、四川等省百姓造成了极大的灾难，大致与此同时，为对付郑成功而采取的沿海迁界（史称“迁海”），同样使东南沿海百姓流离失所，陷入水深火热之中。据说，“历史是胜利者的历史”，而“胜利者是不受审判的”，当胜利者踌躇满志的时候，被征服被奴役者自然只有忍气吞声，不可能去审判他们。然而，历史是公正的，即便过了几个世纪，云霾散尽，昔日的统治者随时都有押上被告席的可能。

本书作者认为，1664年夔东抗清基地的被摧毁，应当视为南明史的结束。理由是，永历帝虽然在两年以前被俘杀，以明朝为正朔的夔东抗清复明运动仍在继续，他们有永历朝廷委派的全权代表，有相当可观的旗帜鲜明的军队，有地方政权，维护和行使明朝的制度。至于台湾、厦门一带的郑经、郑克塽虽然遵奉永历正朔，一直到康熙二十二年（1683）施琅率军攻克澎湖，刘国轩等劝郑克轩降清为止，从这一角度来看，明朔尚存，衣冠未改，似乎也可以列入南明史内。但是，我们不应忘记康熙十二年（1673）发生了三藩之变，郑经同耿精忠有一段联合与分裂的历史。把三藩之变扯进南明史显然不大合适。自然，南明史的下限学术界同好有不同意见，如主张以永历帝1659年入缅作结束，主张以永历帝被俘、杀作结束，主张以李定国病死、部卒降清作结束，等等。本书以康熙三年八月夔东抗清基地彻底覆灭作为南明结束的标志，实际上还考虑到了同年六月间在东海沿海活动的张煌言因为复兴无望，主动解散军队，不久被清军俘杀的因素在内。这只是一种看法和叙述体例，无妨与其他说法并存。