尽管大清国已经表态，同意就贵阳府发生的两桩教案作出巨额赔偿；尽管两教案的当事人赵国澍、戴鹿芝，已经先后在战乱中死亡，然而，法兰西驻华公使哥士耆，仍然坚持要田兴恕“以命偿命”。同时，他一再炫耀般地强调法兰西的军事威胁。

然而，慈禧太后和恭亲王奕决心已定，他们不愿再向法方作任何让步。

恭亲王奕：“太后，田兴恕那小伙子，他好歹是我朝一品要员、封疆大吏！我们岂能任那洋夷说杀就杀呀？”

“对。”慈禧太后缓缓点头道，“那田兴恕，他即便千错万错，也只能最终由我朝皇上赐旨惩办。何况今后，我们这孤儿寡母，也许还用得着他呢！”

恭亲王点头：“太后英明……我，我也是这么考虑的。”

“那，小六子，”慈禧太后亲热地呼着恭亲王的小名，郑重其事地问他，“那法兰西人怎么去应付？”

恭亲王：“太后，这件事情，我朝可以多赏些银两给他。但法夷的‘处死’之说，我们绝对不能答应。倘若我们一味顺承，今后定会遭人耻笑！”一脸忧虑的慈禧太后一边点头，一边喃喃自语：“赔、赔……怎一个赔字了得啊？！”

恭亲王愤愤不平地说：“太后，说到这个‘赔’字，我看该是他们英吉利、法兰西赔！他们杀害了大清国那么多无辜百姓，还焚毁我圆明园，盗走那么多珍宝——要讲赔，他们又赔得起吗？！”

“算了，小六子，咱叔嫂不说这些啦！”慈禧太后无可奈何地叹了一口冷气。她突然感到，自己其实是个很不幸、很孤独的女人！

经过近两年的谈判，法兰西放弃了处死田兴恕的强硬要求。同治三年（1864年）五月，大清国与法兰西就“贵阳教案”的善后处理达成协议：在中方履行一系列苛刻附加条件的前提下，把田兴恕发配新疆。

随后，清王朝以云贵总督劳崇光、两广总督兼署贵州巡抚、提督张亮基的名义，公布了“贵阳教案”的最终处理结果——

“已革贵州提督田兴恕，起自寒微，十年之间由步卒擢至提督。查天主教业已弛禁，传教习教者，即均系无罪之人。该教民等并无别项过犯，辄行杀害多命。……而赵国澍、戴鹿芝之敢于杀害教民，实因奉有田兴恕、何冠英联衔公函。

“该革员田兴恕从戎十年，转战数省，聿着勤劳……仰恳圣主逾格鸿慈，免其一死，发往新疆充当苦差。

“张茂萱等愚弄田兴恕，均与同罪例，与田兴恕一体发往新疆，充当苦差。

“何冠英与田兴恕厥罪维均，业已病故，应勿庸议。赵国澍已于上年四月在贵筑水田坝地方打仗阵亡；戴鹿芝已于上年九月在开州殉难，应勿庸议。

“至于田兴恕所居之六洞桥公廨，本系入官房屋，年久糟烂。哥士耆及胡缚理屡次请将此房屋给予作为经堂，并无妨碍，尚可俯如所请，以示怀柔。已经臣等派员点验，交给胡缚理收管。

“……其被杀各教民，应给恤银，并应给各项银两。共应赔银一万二千两。亦经臣等筹款拨给胡缚理收清，取有收文备案。胡缚理深为悦服。”

奉命处理“贵阳教案”的劳崇光、张亮基二人，实可谓殚精竭虑、用心良苦。关于六洞桥的贵州提督衙门赔付法方一款，尽管大清国已同法兰西办好了交涉，但是，贵州提督衙门却被劳崇光、张意地笼统称做“公廨”。他们之所以这样做，主要还是为了糊弄国人，减小刺激，避免他们惹出新的麻烦。

此外，清政府还分别在青岩、开州两地，各为贵阳教区修建天主教堂一座。并为“贵阳教案”的玛尔大（罗大娘）、罗廷荫、张文澜、陈昌品、文乃尔、章天生、吴学圣、陈显恒、易路济等九位死者，建造了富丽堂皇的坟墓。