在织田信长大军的追击下，暂时退回根据地阿波的三好三人众，于永禄十二年正月初重返堺市，获得堺市、尼崎等地居民的声援攻入京都，正月五日将足利义昭围困在本圀寺。整体来说，这是市民不满矢钱的课徵和特权的丧失，遂以三好家为核心合力展开的反攻。

流放在外的美浓旧主斋藤龙兴、长井隼人佑等人也起而响应，另外摄津高槻的城主入江春景也参与了行动。这是甫诞生的织田政权所面临的首次危机，也是与旧势力长期抗战的第一役。

此时织田家驻留在京都的兵力有限，镇守本圀寺的明智光秀等人立即陷入困境，而摄津内的织田势力，包括伊丹亲兴、池田胜正等人，又遭到高槻的入江春景阻挡，无法及时赶赴救援。所幸光秀等人防御得当，面对十倍以上的敌军，硬是撑了五天。

正月六日黄昏，织田信长接获“足利义昭危急”的快报后，即刻单枪匹马地在大雪之中疾驰而出，将普通至少要花三天的路程缩短为两天，急如星火地赶到京城。最初只有十骑随从他，没多久竟然膨胀成五万、八万大军，雷霆万钧之势，比桶狭间奇袭时还要锐不可当数十倍。

动员如此庞大的兵力去驱赶一万多人的三好大军，的确稍嫌夸张，但信长乃是希望趁此机会完全镇压住京畿。在如此十万火急的情况下，竟然还记得这些政治上的基本考量，充分显示了他的强韧与周密。

信长以迅雷不及掩耳的行动救出了足利义昭，但获救的只是义昭的生命与地位，并不包括他的权限与权力。正月十六日，信长强迫足利义昭制定了所谓的“室町幕府殿中掟”。虽然表面上整个规章是由足利义昭自己定的，但从“公事篇停止内奏之事”等即可看出，这根本就是信长为了限制将军的权限所耍的花招。

相对地，信长也决定要好好地整顿一下将军的门面。同年二月，他宣布要在京都兴建一座豪华的将军居城。不过，足利义昭可不是那种甘于住在宝殿中任人摆布的傀儡，而首当其冲面对他的不满与愤怒的，便是木下藤吉郎、小一郎兄弟。