然而，无论是东部的皇帝还是大主教，都不愿服从一个意大利教士的命令，一致要求召开正统基督徒的宗教会议，也可以说是希腊教会的宗教会议，认为是唯一可以平息或解决神学争论的办法。水陆交通极为便利的以弗所被选为会议地点，开会日期订于圣灵降临节（公元431年6月—10月）。开会通知送到每座大城市，派出警卫来保护这些神父，并且限制他们的行动，除非上天的秘密和世间的信仰获得解决，否则全部不准离开。聂斯托利的光临不像是一名罪犯倒像是法官，不是靠着跟来的高级教士的人数，而是靠他们所具有的分量；他的身边都是强壮的奴隶，来自宙克西普斯浴场，全副武装可以用来打击敌人或者保护他自己。但他的敌手西里尔无论是精神还是肉体的武器，力量显得更为强大，50位埃及主教在后面追随，对于皇家的会议通知，无论是文字内容还是实际意义，全部不予理会。这些主教都在期待教长的点头示意，让大家知道他已经获得圣灵的感召。

西里尔早已与以弗所的门农主教结成关系密切的同盟；这位亚洲的专制总主教在私下安排，仅他这部分就有30到40张主教票不会投给聂斯托利。大批农民是教堂的奴隶，涌入城市，要用打斗和叫嚣支持形而上的争论。圣母的遗体被安葬在以弗所的城墙之内，这份荣誉也激起人民的宗教狂热。从亚历山大里亚开航的船队装载着西里尔和埃及的财富，随船带来大批水手、奴隶和宗教狂热分子，他们盲目追随圣马可和上帝之母的旗帜。参加会议的神父和警卫看到这些战斗的队伍，都感到大吃一惊。那些反对西里尔和玛利亚的敌手在街头遭到侮辱，或是在住处受到威胁。西里尔的雄辩和慷慨使追随他的人数与日俱增，这位埃及人估计很快就能有200名主教听从他的召唤和驱使。但是十二条破门律的始作俑者，不仅预见到也害怕安条克的约翰会加以反对。安条克的约翰这时正带着人数较少的队伍，包括各大城市受尊敬的主教和神职人员，从遥远的东部首府一路缓行过来。

西里尔等得非常心急，认为这是故意的拖延行为，应该受到谴责，于是宣布在圣灵降临节后的第16天开始会议。聂斯托利完全靠着东部的朋友到场帮忙，就像他的前任克利索斯托一样坚持原则，否定敌手有下达指示的权力，更不听从开会的通知。敌人匆忙安排对聂斯托利的审判，而由原告坐在主审官的座位上。在68位主教中，22位兼有大主教的职称，提出温和而自制的抗议，为他的案子进行辩护，结果被同教的弟兄赶出会场。坎狄狄安用皇帝的名义要求会议延后4天，这位亵渎神圣的官员受到侮辱，圣徒的集会用暴力把他驱逐出去。整个重大事件在夏季的一个白天完全处理完毕（6月22日），主教个别发表意见，但是这种表态雷同的格调，可以显示出有人在暗中指使，不仅发挥影响力，还进行操控。这个主谋的行为受到指责，因为他的恶例，使得作证和签名无法取信于人。大家毫无异议认为，西里尔的书信符合尼西亚教条以及神父的教义。但是他们从聂斯托利的讲道词和书信中，断章取义摘录若干词句，夹以革出教会和破门律的诅咒，因此免除这个异端分子的主教职位，剥夺他的圣职荣誉。把聂斯托利当成新犹大所恶意签发的判决书，张贴在以弗所的街头，并且派人大声宣布。那些疲惫不堪的高级教士从上帝之母的教堂里走出来，被当作为她冲锋陷阵的勇士，受到大众的欢呼。为了庆祝她的胜利，那个夜晚真是灯火通明，歌声四起，人潮汹涌。

到了第5天（6月27日），东部主教的抵达以及他那气愤填膺的表情，使西里尔的胜利大为失色。安条克的约翰在旅社的房间里，来不及掸去鞋子上的尘土，便匆忙接见了皇帝的大臣，坎狄狄安向他叙述了他企图预防或阻止埃及人一意孤行，现在却完全失败的努力。同样的仓促行事和一意孤行，50位主教参加了东部的宗教会议，他们罢黜西里尔和门农的主教职务，并且在十二条破门律中，谴责阿波利纳里斯异端是绝对的恶毒，并且把亚历山大里亚的大主教描绘成恶魔，从出生到接受教育都是为了要毁灭整个教会。约翰的宝座虽遥不可及，但是他们决定马上赐福以弗所的羊群，给他们找一位虔诚的牧人。门农保持高度的警觉，发现状况不对就关起大门，让一支强大的守备部队进驻主座教堂。军队在坎狄狄安的指挥下立即发起进攻，外围的哨兵很快被击退，有的死于剑下，但是整个教堂固若金汤。围攻的人员开始撤退，结果受到猛烈的追击，损失乘骑的马匹，很多士兵被棍棒和石块打成重伤。以弗所这个圣母之城陷于暴乱、骚动、叛逆和杀戮之中。敌对的宗教会议指使他们的御用机构，向对方宣判破门罪和开除教籍的处分。

在叙利亚和埃及两个派系相互攻讦和各说各话的陈述中，狄奥多西的宫廷混淆不清，无法辨别是非。在那极为忙乱的3个月里，皇帝竭尽诸般手段，想要调停这一次的神学争执，其实最有效的办法是置之不理和表示藐视。他试图使用一般的审判方式，做出有罪或无罪的判决，用来除去或恐吓双方的领导人物；他对派往以弗所的负责官员授以极大的权限及军事力量；他要两派各选出8位代表到首都附近集会，远离为群众狂热所感染的地区，开诚布公讨论双方的歧见。但是东方的人士拒绝屈服，正统基督教会认为人数众多还有拉丁同盟，反对接受联合或宽容的条款。最后个性温和的狄奥多西忍无可忍，在震怒之中驱散了主教所产生的动乱，经过13个世纪漫长岁月以后，谁知第三次基督教联合会议又出现这种古老的场面。虔诚的君王说道：“上帝可以作证，我没有引起这场混乱。上天知道谁是罪人，必定对他施加处罚。你们回到行省以后，只有靠着自己的德行，来补救这次集会所造成的灾难和羞辱。”他们回到各自的行省，但以弗所大公会议带来不安的情绪，现在弥漫到整个东部世界。经过3次坚持到底和势均力敌的战役以后，安条克的约翰与亚历山大里亚的西里尔，终于解释清楚，可以握手言和，但是这种表面的再度联合，归于双方都需审慎从事，并非理性考量的结果，只能说是双方都已困倦不堪，而不是教长能发扬基督教仁慈为怀的精神。