皇帝对正统教会的神职人员怀有敬意，尤其礼遇安布罗斯，格外推崇和钦佩他的品格，说他的身上凝聚着主教所具有的最高美德。狄奥多西的友人和大臣处处仿效君主的作为，对主教表现出虔诚的态度。这样一来，皇帝有时会感到惊讶，倒不一定引起不满，那就是他所有的秘密打算，转眼之间便会传到大主教的耳中。安布罗斯的行事以极为崇高的理念为准绳，认为政府对人民的施政作为，与神明的荣誉和宗教的利益有相当的关联。

卡利尼库姆是波斯边境一个不出名的小镇，当地的僧侣和市民，在主教狂热情绪的鼓动下，发生暴乱事件，烧毁瓦伦提尼安教派的集会场所和犹太人的会堂。煽动闹事的教士受到行省地方官员的裁定，要重建犹太会堂，赔偿全部损失，这项公正而温和的判决也得到皇帝认可。但是米兰大主教并不同意，为此口述了一封批评和指责的信函，使用的语气像是皇帝受过割礼，背叛原已受洗的宗教信仰。安布罗斯认为对犹太教的宽容，就是对基督教的迫害，同时很武断地宣称，他和所有真正的信徒全都热切期望，愿意就这一护教行动的是非功过，以及授予殉教人员名衔等有关问题，再与卡利尼库姆主教做深入的研讨。他用非常悲痛的口吻提到，要是执行这样的判决，将对狄奥多西无瑕的名声和信仰的获救，产生非常不利的影响。大主教因为私下的劝诫没有产生立竿见影的效果，就在布道的讲坛上，向坐在御座的皇帝发表了公开的讲话，在得不到狄奥多西严正而明确的保证，对卡利尼库姆的主教和僧侣不加任何惩处以前，他将不再进行在祭坛呈献祭品的仪式。狄奥多西很真诚地撤回原来的判决，后来在他居住米兰期间，随着与安布罗斯虔诚而亲切的交谈，对他的敬爱之心更是有增无减。

安布罗斯得知皇帝下达了大屠杀的命令后，心中充满悲愤和痛苦，躲到乡下去独自忧伤，不愿与狄奥多西见面。大主教知道自己保持沉默是软弱的表现，在众口铄金之下，会使他成为罪恶的帮凶，于是在他写给皇帝的私人信函中，表达出狄奥多西所犯罪行的严重，并告诉他只有彻底悔改的眼泪才能洗涤自己的罪孽。安布罗斯会因宗教的热忱而激动，也能保持审慎的作为，认为这是上天对他的启示，要他用间接的方式，将皇帝暂时逐出教会。他警告狄奥多西不能用自己的名义献祭，或是当他的面祭神。他劝导皇帝要限制自己的行动，专心一意地祈祷，不要妄自接近基督的祭坛，也不要用沾满无辜人民鲜血的双手，去接受圣餐。皇帝受到教父的影响，反省自己的过错，对因自己一时的震怒而引起的无法挽回的暴行已经深感悔恨。有一次，他在万分悲痛之余，仍和往常一样前往米兰大教堂参加礼拜活动。当他走到教堂门口时，大主教拦住他，用上帝使者的口气和语言对君王说道，仅是私下的忏悔不足以偿还公开犯下的罪行，很难平息神灵被激怒的义愤。狄奥多西很诚挚地表示，要是说他所犯下的杀人罪行罪不可赦，那么最为神所喜爱的大卫，他所犯的罪不仅是谋杀，还有通奸。无所畏惧的安布罗斯回答：“你学大卫那样犯罪，那么也要像他一样忏悔。”在接受严苛的赔偿和赎罪条件之后，狄奥多西皇帝进行了公开的忏悔，这是教会历史中最光荣的事件。

根据4世纪时基督教教规，对杀人犯最宽大的处罚，也需要20年的苦行赎罪，把帖撒洛尼卡大屠杀受害人数累计起来，个人有限的生命根本无法偿还。因此，杀人犯便应被逐出神圣的教会，直到死亡终结他罪恶的一生。大主教充分考量宗教政策的各项原则，有鉴于悔罪人具有特殊的地位，尤其是身居帝王之尊还能忏悔自责，决定适当放宽条件，何况公开认错能够产生很大的教诲作用，可以作为缩短苦行期的重要理由。对于一个罗马皇帝来说，让他剥去代表君权的服饰，表现出哀悼和恳求的姿态，为了请求赦免他的罪孽，在米兰的教堂中痛哭流涕，不管怎么说都已经够了。在这次心灵治疗过程中，安布罗斯交替采用温和与严格的手法，过了8个多月，狄奥多西恢复了原有的信仰活动。从他下达的一份诏书中，把判决延后30天执行，可以看出忏悔的成果。后世一直推崇大主教的刚毅和正直，从狄奥多西的所作所为，证明了不怕人世惩罚的君王，依然要屈服于最高审判者的法令，遵从教会执法者的教规，这对后世产生了非常重要的示范作用。孟德斯鸠曾说：“帝王的行动要是被宗教的希望和恐惧所左右，等于是被豢养的狮子，只听从驾驭者的命令和指挥。”百兽之王听命于有权威的人，一举一动要符合控制者的意图和利益。神职人员掌握国君的良知良能，可以煽起或平息杀机四伏的冲动情绪。安布罗斯先后用极大的热忱为人道关怀和宗教迫害出力，同样都获得辉煌的成功。

高卢的僭主战败死去，天下归狄奥多西所有。原本他虽获格拉提安拔擢，但光荣的名衔仅及于东部各行省，现今则靠着胜利者的权力统治西部。他在意大利度过了3年时光，有效恢复了法律的尊严。过去因马克西穆斯的篡夺，以及瓦伦提尼安二世冲龄即位，造成行省长期无法无天和中枢乏力的局面，如今已全部得到了改善。他颁布的法令都会签署瓦伦提尼安的名字，但贾斯蒂娜的儿子年龄尚小，宗教信仰曾误入歧途，势必应由正统教会的监护人精心照顾。这样一来，不幸的年轻人在狄奥多西的野心面前毫无抵抗的能力，狄奥多西很容易就将他排除在统治阶层之外，甚至可以剥夺他的帝国继承权。要是狄奥多西根据利害关系和策略需要，不顾一切采用冷酷的手段，他的行事也会得到友人的谅解。但在这个极其重要的问题上，他表现出宽宏大量的气概，赢得了多年宿敌的赞许。他把瓦伦提尼安拥上米兰的帝座，对于眼前或未来的利益没有提出任何要求，过去马克西穆斯用武力侵占的行省，恢复以后便把统治权交还给瓦伦提尼安。除了大批世袭的领地以外，狄奥多西还慷慨奉送给他格拉提安被杀后，靠着自己的英勇所收复的阿尔卑斯山以北的领土。在为恩主之死报仇并获得了解救西部帝国的荣誉后，皇帝从米兰回到君士坦丁堡，很安稳地统治东部各行省，渐渐恢复昔日奢华而慵懒的生活习惯。狄奥多西把国事的重任全权托付给瓦伦提尼安二世，在与瓦伦提尼安的姐姐结婚后，过着夫妻恩爱的宫廷生活。世人推崇他的品格高尚纯真，更为他赢得胜利以后所表现的慷慨气度而倾心不已。