做为妻子，在朱棣竭力为自己“正名”的时候，徐皇后也倾尽全力相助丈夫。

朱棣称帝的第一个新年，即永乐元年正月，一部《梦感佛说第一希有大功德经》颁行天下。这部经书的序言正是徐皇后撰写的。徐皇后在文中写道，洪武三十一年（即朱元璋去世那年）的正月初一，自己正在焚香读经的时候，身边忽有紫气金光弥漫，恍若梦境，随后便看见观世音菩萨徐徐走来，亲口告诉她说，国中将要发生大难，特来为她消灾接引，并赠此功德经一部。观音临别之际还口吐纶音道：“凤冠不久于尔。”

这部经书连同它的序言，立即得到了朱棣的高度重视，不但颁行天下，而且迅速入藏，被列为佛经之一，天下僧尼并善男信女无不口诵心念，为朱棣应得帝位大造声势。此经直到清乾隆三十年以后，才正式被提出为“伪经”，从而排除在佛经典藏之外。

饱读书史的徐皇后当然并不仅仅是撰写了这部声言丈夫“君权天授”的经书序言。她还编写了《内训》二十篇，《劝善书》一部，都颁行天下，这些文字旨在推行针对女性的教育，并倡导修德劝善，为自己更为丈夫赢取民心。

做为皇后，徐氏辅助丈夫的工作并不仅止于文字游戏。朱棣即位之初，为立威除患，曾对建文帝旧臣大行非刑。就连自己起兵亲信道衍的面子也不肯给，把道衍竭力想要挽救的“读书种子”方孝儒灭了整整十族。（方孝儒死得虽惨，也算自作自受，何况此君读书读迂了脑袋，满肚皮只九九藏书网知恢复古礼以及如何找个好名目死了成就名声，也谈不上什么真正的忠心和才智，就连建文帝眼见失败之际，他想的都不是怎样让主子逃出生天，而是劝建文帝赶紧自杀，成全“万民表率”的美名。而一开始力主强行削藩，后来又殆误军机的齐泰黄子澄等人则在南京城将破之际，脚底抹油开溜。以正统观念，建文帝之败是无天理，可是他选了如此几位高参，不败是无真理。方孝儒闯祸在前，求死在后，原也不足惜，可怜的是在他和暴怒的朱棣“合作”下死于非命的那十族）。

虽然齐泰等人的确该死，但是动用“诛十族”“瓜蔓抄”“发妻女为娼”等手段，却实在太令人发指。何况遭殃的并不仅是朱棣以诛杀为名起兵的闯祸者黄子澄等人，而是实实在在的忠臣铁铉景清等人。

对于丈夫的倒行逆施，徐皇后看在眼里急在心里，婉转劝道：“南北每年战斗，兵民疲敝，宜与休息。”又说“当世贤才皆高皇帝所遗，陛下不宜以新旧间。”并举传中的尧帝作比方：“帝尧施仁自亲始。”

徐皇后为朱棣生了三个儿子，除了长子高炽性情温和好学之外，汉王高煦、赵王高燧则都是狂飙型的。朱棣喜欢高煦，感于这个儿子屡次在“靖难之役”中力挽局势的胆量，认为他才象自己。徐皇后则恰恰相反，她认为只有高炽才可能成为一个适于百姓生民的仁君。因此她不但主张立高炽为太子，还屡次向朱棣进言，指出高煦高燧性格不好，不但不能重用，还得为他们选择敢于监督劝诫的僚属。朱棣并没有相信妻子的预见，在徐氏死后他好几次都被次子三子所惑，差点废了高炽的太子位，过了很久才醒悟过来。

徐皇后还曾经向朱棣要求召见大臣们的妻子。见面后她厚赐命妇们服饰金银，并对他们说：“女人侍奉丈夫，并不仅仅是关心他们的衣食起居而已，应该对他们的前途事业也有所助益。朋友的劝告，不易被男人采纳，同样的话妻子来说，就容易入耳得多了。我与皇上朝夕相处，从不以私欲开口，所说的一切都以生民为念。希望你们也能以此自勉。”

可惜，徐皇后年寿不永，她只做了四年皇后，就在永乐五年（公元1407）的七月离开了人世。临终前，她最后一次劝谏朱棣，让他爱惜百姓，广求贤才，恩礼宗室，不要骄惯自己的娘家。她还叮嘱太子朱高炽说：“我一直惦记着当年在‘靖难之役’初起时，为守住北平城而应命作战的将士妻子，感念她们的功劳和付出的伤亡。想要趁着皇帝日后北巡的机会，亲自向她们以及她们的家人赠予嘉奖抚恤。只可惜我再也无法完成这个宿愿，这是我此生唯一的恨事。”

徐皇后去世时年仅四十六岁，朱棣对结发妻子的去世非常悲恸，他为徐皇后上谥号曰“仁孝”，并从此不再立后。

永乐七年，朱棣北巡，回到了盛满往事的北平，并着手迁都事宜。同年，他在昌平天寿山营建自己的陵寝。四年后长陵落成，他将徐皇后安葬在了里面。十五年后，即永乐二十二年（公元1424）七月十八日，壮心未己的朱棣病逝于征漠北的途中，享年六十五岁。同年十月十九日，朱棣与徐皇后合葬长陵。