《神学家》讲述的是两极相通的故事。自从有人类历史以来，人的原始生命力同人的精神理念之间就一直进行着殊死的斗争。这种斗争不仅反映在宗教方面，也反映在艺术领域内；人的精神史就是由这两种事物繁衍出来的思潮之间的斗争史。作为个人，斗争又体现为理性与非理性在头脑里的对立，作为艺术创作，则体现为灵感与观念之间的对立。对立是绝对的。永恒的，斗争是激烈的；人的野性发作犹如匈奴骑手，它可以灭掉一切文明，自己来充作神；当人这样做的时候，他们潜意识里却感到了：他们要消灭的，就是他们所敬畏的、永远不能真正消灭的东西——理性。

一种从生命出发的异教发展起来了，它起先叫作圆环派，后来又被称作历史派。相对于正统的宗教，这种教的教义强调时间的循环，强调人的主体的重要性，将这种重要性提到同神一样的地位。作为正统的神学家，奥雷利亚诺和胡安都挺身而出来为耶稣辩护，愤怒地驳斥邪教的荒谬。在对待异教徒的态度上，胡安又比奥雷利亚诺更为彻底地坚持正统信仰，并且在理念上更为清晰，有逻辑性。他的论点无懈可击，令奥雷利亚诺大为妒忌。然而奥雷利亚诺暗暗地感到了，恰好是在胡安那些极为正统、雄辩的言辞里，包含了致命的矛盾与踌躇；这对于他来说是非常危险的，就好像他之所以要言辞激烈地批判异教，是因为异教的教义深深地吸引住了他，他正在通过否定来进行探索似的。那种奇异的冲动使得胡安穷追猛打，直至将异教首领送上火刑柱，最后将批判完成。奥雷利亚诺默默地观察着胡安，看着他如何完成那种微妙的自我转化，如何在消灭了对立面之后自己就变成了对方。奥、胡和优福波三者之间的关系就如同套在一起的三个迷宫；胡安消灭了他的心头之患优福波之后，奥雷利亚诺就在暗中策划要消灭他的心头之患胡安，最后终于通过告密的方式如愿，让教廷的理性战胜了邪恶的欲望，把胡安送上了火刑柱。但欲望难道真的可以灭绝吗？失去了对立面的奥雷利亚诺在漫长的孤寂生涯中灵魂分裂了，理性崩溃，他葬身于同样的火的迷宫。他的结局和胡安的结局都应了异教徒优福波的那句话：“你点燃的不是一个火堆，而是一个火的迷宫。如果把从前所有的火堆集合在这里，大地都容纳不下，而且还会把天使的眼睛烧瞎。”在上帝眼中，这三个子民以及无数对立的子民合成了一个大写的“人”。

几千年来，人一直想要摆脱自己的影子，建立起一种铁的秩序，让人性在这秩序里就范。但人的欲望是莫测的；过分合理的信仰本身包含了对自身的否定，压抑只会导致泛滥；人所欲的往往是同自己的信仰相反的东西。二元的对立永远同人性并存，人只能在亵渎中发展自己的信仰；消除对立面的努力终将带来自身分裂的后果。然而和平共处也是不可能的，搏斗会一直随生命的发展进行下去，分裂则以迷宫套着迷宫的方式延伸，直到无限。异教就是那种正视人的欲望、关注内心冲突的教派；他们认为人是神的器官，是神为了感觉世界而设计的；这种人神合一的观点在根本的方面同正统教派非常接近。所以两位正统教的捍卫者都通过同样的驳斥对立面的方法使自己为对立面所战胜，由此显示了异教那合乎人性的魅力。这种情况同艺术创造中的欲望与理性之间的关系很相似。创作就是欲望突破观念的行为；匈奴一般的灵感扫荡着一切防守，似乎要将理性彻底消灭。但艺术家知道，他在心底留下了一本书，书上的文字永远是受到特殊尊重的。什么是艺术家心中的书呢？就是那永远在警觉中监视着灵感的动向，以强有力的辐射影响着灵感的方向的最高理念，它以岿然不动的风度在幕后观看骑手们的判乱，让妄自尊大的骑手们将获胜的旗帜插在它的堡垒之上。它知道它的溃败就是它的胜利。