1937年，陈寅恪的小女儿刚出生一个多月，芦沟桥事变引爆了抗日战争。

七七事变后，日本一手表示“不扩大”方针，一手向华北派兵。至20日为止，日本中国驻屯军所属部队已分别集结于密云、高丽营、天津和北平附近地区。日军的步步紧逼和积极准备扩大战事，昭显出他们意欲侵吞中国的野心。7月下旬，日军三路围攻北平。在日军向平、津地区集结期间，中国政府军事当局派兵向保定、石家庄地区集结。7月28日，日军在司令官香月清司指挥下向北平地区第29军发动总攻，开始对华北发动全面进攻。日寇的连续入侵，使天津、北平相继沦陷。

时局混乱、人心惶惶，陈寅恪一家也经历着巨大的变革。陈寅恪的父亲散原老人和陈寅恪一家住在北平城内，终日听着隆隆的炮声。散原老人素来关心国家民族兴亡，这时，他已经85岁高龄。当日军进入北平后，面对山河破碎，情绪很消沉，卧病在床。无论家人怎样劝慰，就是不肯进食。终日忧愤不食，导致病情加重，但是在国难当头的日子，他拒不服药。散原老人在临终时还问：“外传我军在马厂得胜，不知确否？”9月15日，散原老人与世长辞，享年85岁。陈寅恪从老人拒食抗日中受到的教育是深刻的，日本投降时，他写诗抒发内心的喜悦与感慨：“国仇已雪南迁耻，家祭难忘北定时。”对这段国耻家恨，他刻骨难忘。

在那场旷日持久的战争中，万千人民流离失所，万千人民的理想与梦想被击打得粉碎，万千种欢乐与悲伤交替，凄风苦雨中经历着错综复杂的世态冷暖。北平沦陷前，清华已准备南迁。沦陷后，国民政府命令清华、北大和南开，到湖南长沙合组一所临时大学。长沙临时大学定于当年10月25日开学，11月1日上课。于是，在料理完父亲丧事，满“七七”后，陈寅恪不得不结束平静的清华园生活，于当年11月3日清早，与夫人唐筼一同携三个女儿及女仆王妈等仓皇逃离北京，踏上了辗转南渡的艰难历程。

陈家第一站是由北京乘火车到天津，那时平津亲日政权阻挠文化界人士离开，检查行李非常严格，车站都是关口，如果被日军认为是涉嫌抗日的分子，立即会被扣留。那天陈寅恪一家比较幸运，检查后通过穿黄军服的日军和黑制服的警察之间，得以顺利上车离京。车行很快，到达天津后，他们一家住在六国饭店。天津到了，但是要等过了万国桥才算是出了鬼门关。在出天津东站时，一家人紧紧靠拢，用力挤着前进，总算平安地出来了。直到住进租界，不见日本鬼子和太阳旗，他们一家才稍微感到安全一些。陈寅恪从当时在天津主持清华大学临时办事处工作的叶企孙处领到部分薪水作为路费，决定乘商船济南轮南下，从紫竹林搭大汽车到大沽口外上船，船上同行的还有袁复礼先生、毛准先生等。轮船到达青岛的时候已是半夜12点，又准备立即搭夜车离开青岛。在青岛登岸的时候，逃难的人群扶老携幼熙熙攘攘，好不容易挤上胶济铁路开往济南的火车，那个时候，为躲避轰炸，火车多在夜间运行。火车到达济南的时候，车站上逃难的民众更多，气氛紧张。因为那个时候济南哄传日寇即来，风声甚紧，商店紧闭，由于大量的人争着逃难，造成极大的混乱，“火车停开，已无所谓班次，见车就上”。火车站人山人海，挤着要上一列车，陈家人在巧遇的已上车的刘清扬先生眷属的帮助下得以从火车窗口爬进，车内拥挤不堪，身体转动都不容易。车行二十四个小时后才到徐州，当夜十点钟又转陇海路火车赴郑州，再从郑州转车到长沙，全程费时约十七天，真可谓是历尽了艰辛，尝尽了苦痛。

到达长沙后，先投宿到亲戚家。不久由于时局变化，战火逼近长沙，清华大学临时校址又决定在翌年2月学期结束后，迁往大后方的云南。于是陈寅恪只好携带全家再登程南下。陈流求记道：

我家只好继续登程，离长沙时已经霜冻。经衡阳搭长途汽车，星夜投宿零陵县，随后到达广西桂林市。桂林是母亲祖籍所在，外祖父母早已过世，我们和叔外祖父母叙谈仅几天，又急着赶路，在细雨濛濛中登上了长途汽车，经乐平到达梧州。晚间登上内河江轮沿西江而下，经虎门直达香港。

陈家离开长沙时已经霜冻，辗转到达桂林，幸运的是这座城市还算安静，广西是唐筼的祖籍，所以这里也有一些亲戚。因为急着赶路，陈寅恪和唐筼仅与叔外祖亲戚叙谈了几天，没有久留。细雨濛濛的一天登上长途汽车，经平乐到达广西梧州市。当时广西大学就设在这里，李运华校长原来是清华教授，招呼陈寅恪一家吃了顿晚饭。饭后，踏着沿江灯火，陈家又登上了内河轮船，沿江夜航而下，经虎门抵达香港时，已经是1937年末。初到香港，暂时住在罗便臣道104号地下室。人地生疏，听不懂广东话，使用港币，生活费用昂贵，生活极其艰难。

春节过后，陈寅恪必须赶赴西南联合大学上课，但是唐筼原患心脏病，旅途劳顿，体力不能支持，美延这个时候也得病，不能再走。陈寅恪决定只身取道安南、海防，到云南蒙自西南联合大学文学院授课。