湘军入城，照例又是血洗南京，展开了一场灭绝人性的大屠杀。

曾国藩幕府第一幕僚赵烈文，随军入城看到杀戮的场景之后，悲愤不已，回到小屋子，蹲下来写《能静居士日记》，记录了城破之日的惨状：

计城破后，精壮长毛除抗拒时被斩杀外，其余死者寥寥，大半为兵勇扛抬什物出城，或引各勇挖窖，得后即行纵放。城上四面缒下老广贼不知若干，其老弱本地人民不能挑担，又无窖可挖者，尽情杀死。沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未满二三岁者，亦斫戮以为戏，匍匐道上。如女四十以下者，一人俱无，老者无不负伤，或十余刀、数十刀，哀号之声达于四远。其乱如此，可为发指。中丞禁杀良民，掳掠妇女，煌煌告示，遍于城中，无如各统领彭毓橘、易良虎、彭椿年、萧孚泗、张诗日等惟知掠夺，绝不奉行。……又萧孚泗在伪天王府取出金银不赀，即纵火烧屋以灭迹。

入城的湘军杀老人、杀孩子、杀女子，却放过太平军不杀，这告诉我们一条普遍性的规律：军队是没有属性的。如果一定说有，那军队的属性就是残暴，就是向着无辜的百姓举起屠刀。

曾国藩能够驾驭残暴的湘军，但是他没有能力改变军队的属性。他可以让自己修身成为圣者，却没有能力化解别人心中的凶戾。此外，曾夫子还真顾不上这些事儿，此时他最着急的工作，是尽快找到洪秀全的下落。

洪秀全的下落终于找到了。原来，他自打发布去天堂搬救兵的诏书后，就服毒自杀了，宫中的宫女将他的尸体偷偷埋了起来，现在又被挖了出来。

曾国藩的私人日记记载说：

熊登武挖出洪秀全之尸，扛来一验。胡须微白可数，头秃无发，左臂股左膀尚有肉，遍身用黄缎绣龙包裹。验毕，大风雨约半时许。旋有一伪宫女，呼之质讯。据称道州人，十七岁掳入贼中，今三十矣，充当伪女侍之婢，黄姓。洪秀全于四月廿日死，实时宪书之廿七日也。黄氏女亲埋洪秀全于殿内，故知之最详。

原来洪秀全是一个秃头怪叔叔，专掳妙龄少女，关入他的禁宫中蹂躏。这种没人性的事儿他都干得出来，实在令人不齿。

洪秀全还有个儿子，称幼天王洪天贵福。城破之时，洪天贵福想逃出宫，却被宫女拦住，不许他到处乱跑。幸亏李秀成来了，带着洪天贵福化装成湘军逃出城去。李秀成忠心护幼主，将自己的战马让给洪天贵福骑，结果却落了单。于是李秀成躲入一座庙中，结果被搜山的百姓发现。百姓认出他是忠王，立即跪下，叩首流涕。李秀成被这些厚道的村民感动，就带着他们去庙里，去拿从南京城带出来的财宝，准备分给他们。

却不承想，庙里的财宝已经被另一支搜山队给偷走了。结果有人得到了财宝，有人什么也没得到，心理不平衡，就闹了起来。闹到最后，两个村民商量说：虽说忠王仁义忠厚，可是这年月仁义值几个钱？不如把善良的忠王绑起来，卖给官府吧。

就这样，穷途末路的李秀成，被两名村民绑了，送到湘军萧孚泗的军营求赏。李秀成被俘，终结了太平军最后的希望，天父天兄天王太平天国，从此彻底退出了历史舞台。

至少有七千万人，死于这场浩大的民族劫难之中。而洪秀全之所以能够号令河山，杀戮万方，是因为他的做法，恰好切中了我们民族最软弱的死穴。

洪秀全所行所为，不过是四个特点：

一、宣称自己是正确的、神圣的，代表群体意志的。

二、宣称自己的目标是正确的，伟大的，不容置疑的。

三、凡是不承认上述两条者，就是他的敌人，他的对手。对手是邪恶的，敌人是应该彻底消灭的，并以各种污秽的称呼来丑化对手。

四、宣称只要目的正确，就可以不择手段。正是这一点迷惑了太多的中国人。正常情况下，我们对别人的判断，是依据其行为。一个人做好事，那么他就是好人，一个人做坏事，那么他就是坏人。而洪秀全却颠倒了这个逻辑，不是以行为逻辑来判断人，而是先天自命自己是好人，污蔑对手是坏人。然后坏事做尽，杀戮妇幼，血洗城池。这其中，缺乏辨识能力的国人，先入为主地认为这个干坏事的人是好人，顺理成章地认为他所做的邪恶之事也是正义的。这就导致了史学家对洪秀全的评价颠三倒四，归结不到正道上来。